文献积累
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今天也是个妖精头子呀
top3读研,生物信息学与脑科学交叉研究方向。
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文献阅读 | 基于单细胞RNA测序数据的谱系追踪
Overcoming Genetic Drop-outs in Variants-based Lineage Tracing from Single-cell RNA Sequencing Data文献链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.01.892562v1.full#page研究背景谱系追踪(lineage tracing)有哪些研究方法?低通量、侵入性的技术用染料或者放射性同位素标记细胞引入遗传因素高通量、非侵原创 2021-05-05 22:34:35 · 1530 阅读 · 0 评论 -
文献阅读 | 基于ATAC-seq数据的SNV与indels的发现
Discovering single nucleotide variants and indels from bulk and single-cell ATAC-seq文献链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.433126v1.full研究背景1、genetic variants的发现WGSATAC-seq特点成本高,大部分的reads来自非调控区、非编码区低成本,reads来自调控区(有功能的突变)原创 2021-05-05 22:30:06 · 572 阅读 · 0 评论 -
文献阅读 | 利用体细胞的mtDNA的突变追踪细胞的分化命运
文献来源:https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.01.0221、为什么用体细胞的mtDNA的突变而不用体细胞的核基因的突变?体细胞的核基因突变具有较高的错误率(high error rates),有限的规模(limited scale),以及并不能有效的捕捉细胞状态信息(cell state information)。2、ATAC-seq与Chip-seq的区别是什么?ATAC-seq(assay for transposase accessible c.原创 2021-04-26 22:11:11 · 1810 阅读 · 0 评论