R语言绘图
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使用R语言复现文献中的数据分析的图。
今天也是个妖精头子呀
top3读研,生物信息学与脑科学交叉研究方向。
一般不会回复CSDN私信。若有技术交流,可以联系邮箱2456392738@qq.com
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R语言画图 |geom_violin()
参考链接http//www.sthda.com/english/search/search.php#results。(2)通过使用RcolorBrewerpackag解决了set1颜色集中颜色不够的问题。(1)通过设置factor的level顺序,人为规定画图的顺序。原创 2022-07-17 18:30:12 · 749 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | geom_bar()使用示例
在做项目的过程中,一般会有一些重复使用的代码,这个时候,就会想把他包装成函数。每次套用的时候,只需要改变输入就可获得相应的结果。原创 2022-07-17 15:23:36 · 1575 阅读 · 0 评论 -
WGCNA与基因模块时空表达分析
分析目标:(1)梳理WGCNA的基本流程。(2)功能注释(3)对相应的基因模块进行时空表达特征评估一、WGCNA分析(基因共表达分析)我们有4000+个感兴趣的基因,希望通过这一步得到的结果是:按照基因之间的表达特征的相似性,将其分为若干基因模块(module)。本次实验使用的数据集(1)GSE25219-GPL5175数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25219(2)GSE25219-GPL5175样本注.原创 2022-05-05 16:49:10 · 2507 阅读 · 0 评论 -
R基础学习 | 处理数据的技巧整理
这里总结一下,今天老师上课的内容。我觉得跟着老师,我能学到好多东西。我要消化。我突然觉得自己很卑微,因为有那么多东西需要学习的。但是复习的侧重点在:什么是自己知道的?什么是自己不知道的?缺什么补什么?R基础知识整理(查漏补缺)S1:identicalidentical(a,i) #既检验数值又检验数据类型i==m== 仅仅是数值的比较;identical 则同时包括数值和属性的比较;S2: stringasFactor=FALSEdf3 <- data.frame(a=.原创 2022-03-25 21:37:16 · 2153 阅读 · 0 评论 -
R语言 | R语言分析琐碎
首先,文件夹下应该存在三个文件,分别命名为:barcodes.tsv.gzmatrix.mtx.gzfeatures.tsv.gz然后使用Seurat包中的,Read10X方法读取。library(Seurat)data<-CreateSeuratObject(Read10X("./"),"ACC")如上,即读取成功!如何跳过注释行(如#),读取.txt文件。使用参数:comment.chardata<-read.table("GSE25219-GPL5175_ser.原创 2022-03-10 23:53:48 · 1528 阅读 · 1 评论 -
R语言绘图 | 安装包报错:‘configure‘ exists but is not executable、whether the C++ compiler supports the long lo
Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : shared object ‘stringi.so’ not foundCalls: <Anonymous> ... loadNamespace -> namespaceImport -> loadNamespace -> library.dynamExecution haltedERROR: lazy loading failed for package ‘res原创 2022-03-05 21:29:10 · 1200 阅读 · 0 评论 -
R语言画图 | 如何看已知基因list的细胞类型特异性表达?
自己学东西,觉得举步维艰。网上的资源太多了,反而让人很容易陷入一种焦躁和慌乱中。不知道从哪里理出头绪来。是碎片化的,不成体系的。自己需要对信息进行过滤,整合成自己的方法。目标:加载作者的处理过的有细胞类型标签的数据,对数据进行差异表达分析,找到特定的组织中差异表达的基因。注明以下使用到的数据来源:http://development.psychencode.org/files/processed_data/scRNA-seq/Sestan.fetalHuman.Psychencode.Rdata.原创 2022-03-03 22:31:31 · 1229 阅读 · 0 评论 -
no applicable method for ‘depth‘ applied to an object of class “NULL“
报错信息:pheatmap(data)Error in UseMethod("depth") : no applicable method for 'depth' applied to an object of class "NULL"解决方法:再试一遍。原创 2022-03-02 18:56:43 · 7195 阅读 · 7 评论 -
R语言学习 | 想要用分隔符“|”分割字符,却出错?问题在哪里?
"|"符号在正则表达式中可以表示为“或”的含义,因此当字符串中出现该字符,而我们还想要用该字符进行分隔时,需要注意使用转义字符,且为两个斜杠。\\gene<-str_split_fixed(gene_name,"\\|",n=2)gene [,1] [,2] [1,] "ENSG00000000003" "TSPAN6" [2,] "ENS.原创 2022-03-02 16:36:31 · 1899 阅读 · 0 评论 -
R语言学习 | 如何提取指定行名的行?
想要实现的目标如题。善用属于符号:%in%,以及不要忘记XX$V1。我想要提取数据框cpm2中行名在vector interest中的行,使用如下指令解决。interest<-read.table("result_coding_gene_id_2.txt")data<-cpm2[which(rownames(cpm2)%in%interest$V1),]interestV11 ENSG000000004602 ENSG000000010843 ENSG0000000.原创 2022-03-02 16:26:57 · 17436 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 堆叠图的绘制
目标:绘制每一种亚类的堆叠图,使呈现效果更好。是时候要挑战一下自己的舒适区了。传统的barplot实在是不行了。1。首先综述一下目前用到了实现这一功能,用的是哪些package。library(ggplot2) #似乎ggplot2就能实现这一效果。2。其次创建输入数据矩阵。data<-data.frame(Sample<-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('.原创 2021-12-10 21:50:34 · 4568 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | Venn图
setwd("F://张秀秀//过程性文件//8//8//OX1931B10")new_gremline<-read.table("germline_mutations_hg38_new.txt",sep = "\t",header = T)old_gremline<-read.table("germline_mutations_hg38_old.txt",sep = "\t",header = T)dim(new_gremline) #2572dim(old_gremline) #23原创 2021-08-08 19:27:05 · 1061 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 绘制热图
每次想要绘制热图都需要重新翻找网络的资源,也怪我自己比较菜了。于是,从重视经验的储存的角度来看,是时候要好好的整理一下了。1。首先准备数据。这个数据也很简单,就是一个方方正正的data.frame。如下图所示。其实,热图说白了,就是把数值的大小给通过颜色的深浅,更加直观的“表达”出来。因此,这也是图像的价值。2。加载pheatmap包。使用pheatmap画热图是我这么多年来,一直用的。之前也用过ggplot2,好像太麻烦,就没有继续用了。library(pheatmap)pheatm.原创 2021-08-07 17:09:43 · 4861 阅读 · 2 评论 -
在UMAP图上标识我们感兴趣的基因所在的类群(单细胞数据)
参考链接: https://www.jianshu.com/p/37d2e8d68c91我们这个代码要解决的需求,就是将我们从GEO数据库中下载的表达矩阵(.csv文件)使用seurat这个包进行处理。期望的目标是绘制出UMAP图,将我们感兴趣的基因标记在上面。(1)目前,我对于seurat这个包的认识几乎为零。相当于是从头开始学。(2)另一方面,我们所使用的这个处理矩阵的处理方式是相对比较模糊的。这是我遇到的两个难题,我相信我每次都具有化险为夷的能力,我相信自己可以接下去克服难关。我希望我的.原创 2021-07-22 19:18:23 · 9662 阅读 · 1 评论