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单细胞测序
文章平均质量分 86
今天也是个妖精头子呀
top3读研,生物信息学与脑科学交叉研究方向。
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经验总结 | R语言批量读取目录下的文件然后按照行名对其进行整合成为data.frame
参考链接:https://www.jianshu.com/p/3f1f27fdd35b发现这哥们写得和我目前的需求是一致的,于是按照它的思路看一下。我的目录文件:path <- "F://张秀秀//过程性文件//10//26//count"fileNames <- dir(path) filePath <- sapply(fileNames, function(x){paste(path,x,sep='/')}) data <- lapply(filePath, f原创 2021-10-31 23:14:50 · 3537 阅读 · 1 评论 -
单细胞分析之标准化处理
书籍原始链接:https://www.bioconductor.org/books/release/OSCA/normalization.html本篇笔记根据书中介绍的内容,按照自己的实际操作情况,进行复现和重新整理。为什么要做标准化?要解决什么样的问题?进一步消除细胞之间的系统差异(我们前面做质控分析,其实也涉及到这一点),使得后面在比较细胞之间的表达量的时候,这种差异主要来源于生物条件的不同,而非是一些实验过程中的系统误差。补充小知识点1:标准化与批次校正的区别标准化:不管批次结构,.原创 2021-03-12 13:28:17 · 4105 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序之质控分析(QC)
一、为什么要做质控?在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败(无效的逆转录或者PCR扩增失败),往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是:细胞整体上的counts值少(列)基因的低表达(行)线粒体基因或者spike-in的比例相对较高如果这些损伤的行或者列,没有被移除的话,可能会对下游的分析结果产生影响。所以我们在进行分析之前,一定要率先移除这些低质量的行与列。(一开始的理解,后面整个流程做完之后,或许理解会更多,那么接下来在做详细的补充)二、质控的基本流程1、测试数据原创 2021-03-10 20:50:38 · 10400 阅读 · 1 评论 -
单细胞测序之在脑科学方面的应用
参考文献:Armand EJ, Li J, Xie F, Luo C, Mukamel EA. Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes. Neuron. 2021 Jan 6;109(1):11-26.doi: 10.1016/j.neuron.2020.12.010. PMID: 33412093; PMCID: PMC7808568.一、单细胞转录组在脑科学研究的应用1、细胞类型发现和表征单细胞技.原创 2021-03-10 17:27:06 · 2090 阅读 · 1 评论 -
单细胞测序之基本的数据处理基本流程
参考文献:Armand EJ, Li J, Xie F, Luo C, Mukamel EA. Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes. Neuron. 2021 Jan 6;109(1):11-26.doi: 10.1016/j.neuron.2020.12.010. PMID: 33412093; PMCID: PMC7808568.Amezquita, R.A., Lun, A.T.L., Bech.原创 2021-03-08 15:52:08 · 8860 阅读 · 2 评论 -
单细胞测序之scater包数据分析教程复现
【参考链接】http://127.0.0.1:10033/library/scater/doc/overview.R一、质控一些教程中推荐使用的calculateQCMetrics函数,现在(即2021/2/22)已经停用(这个包的更新还是挺大的)。目前这个包中用于质控分析的函数是perCellQCMetrics。...原创 2021-02-27 18:57:30 · 3446 阅读 · 1 评论 -
installation of package ‘scRNAseq’ had non-zero exit status问题解决策略
BiocManager::install(c('scRNAseq'),ask = F,update = F)使用如上代码,尝试安装R包“scRNAseq”。在安装的过程中出现如下错误,且无法加载R包。Error: package or namespace load failed for 'S4Vectors': 在从名字空间'S4Vectors'中出口方法时发现了不是S4通用的函数'%in%'错误: 无法载入程辑包'S4Vectors'此外: Warning messages:1: .原创 2021-02-21 20:59:32 · 2595 阅读 · 0 评论