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作为生物信息学的从业者，与软件的安装打过不少交道了。这样一个小的集子，将对软件安装过程或者代码书写过程中遇到的报错及其解决方案进行总结。
今天也是个妖精头子呀
top3读研，生物信息学与脑科学交叉研究方向。
一般不会回复CSDN私信。若有技术交流，可以联系邮箱2456392738@qq.com
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ModuleNotFoundError: No module named ‘_sysconfigdata_x86_64_conda_cos7_linux_gnu‘
我执行正确的代码是，将长得很像的那个cos6文件，拷贝为缺失的文件cos7，这样顺利解决了问题。原创 2024-06-11 16:46:00 · 235 阅读 · 0 评论 -
Office2013 | Office Professional Plus 2013
使用指南。原创 2024-02-21 15:36:32 · 259 阅读 · 0 评论 -
cannot coerce class ‘“igraph“’ to a data.frame
参考链接：https://lists.nongnu.org/archive/html/igraph-help/2018-02/msg00019.html。原创 2023-01-12 12:31:05 · 1636 阅读 · 1 评论 -
bash: line 5: bgzip: command not found
无。原创 2022-10-21 11:42:04 · 1205 阅读 · 0 评论 -
tar: Exiting with failure status due to previous errors
tar: Exiting with failure status due to previous errors原创 2022-10-21 10:11:33 · 547 阅读 · 0 评论 -
Perl语言的“解引用”法则
perl语言的解引用。原创 2022-06-09 19:03:03 · 198 阅读 · 1 评论 -
R语言报错 | Error in scan(file = file）， line 5503 did not have 12 elements
一般是读取txt文件的时候遇到上述问题，原因是读取table的时候，不同的行有空格，导致列数不同，无法对齐。Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :line 5503 did not have 12 elements解决方法一般有三步：（1）跳过注释行。probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",commen原创 2022-03-17 11:25:19 · 16920 阅读 · 7 评论 -
出错记录：Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’：没有这个DLL ‘BiocParallel’：是不是没有为此架构安装？
出错记录：Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’ in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL ‘BiocParallel’：是不是没有为此架构安装？解决策略：强制重装缺失的那个R包。BiocManager::install("BiocParallel",force = TRUE)...原创 2022-03-15 16:19:46 · 3700 阅读 · 0 评论 -
如何比较两个文件的内容，去除一个文件中，在两个文件中有overlap的部分？
后来尝试下来，使用daff包可行。data1<-read.table("L2-3-IT.txt") #待比较A文件data2<-read.table("L2.txt") #待比较B文件install.packages("daff")library(daff)d<-diff_data(data1,data2)render_diff(d)将结果保存为xlsx格式，放到excel中进行简单筛选即可。...原创 2021-12-07 09:11:47 · 662 阅读 · 0 评论 -
win10任务栏以及开始菜单点击无反应的故障修复
1。通过某种方式，进入电脑的安全模式。进入安全模式需谨慎，因为需要填写账户下的密码，此密码是window账户的密码，并非一般登录的密码，一定要记得。2。进入安全模式之后，再通过某种方式进入命令行方式。在命令行方式下输入指令：bcdedit /deletevalue {default} safeboot重新进入普通模式，即可。最后记住一句话：若是用户在win10系统下遇到故障不知道怎么解决，可以通过进入安全模式解决。不要信网上的，重启资源管理器等，没啥用。也不要被网上的一些严重到要重装系原创 2021-10-29 17:24:53 · 2083 阅读 · 0 评论 -
如何批量删除指定目录下的空文件夹：find&rm
find -type d -empty | xargs rm -rf原创 2021-10-25 14:55:28 · 641 阅读 · 0 评论 -
R语言问题解决：拆分字符串想得到一个data.frame
问题描述：R语言中，传统的字符串拆分的方法strsplit（）对于一个数据框的一列的字符串进行拆分的时候。会得到一个list的返回结果，但是这个结果实际上并不是我想要的，我想要的是数据框的返回结果。...原创 2021-09-30 22:17:23 · 1866 阅读 · 0 评论 -
Win RAR解压错误
之前把压缩后的文件上传到百度网盘上，再从百度网盘上下载的时候就出现了：文件格式不明或文件损坏。当初遇到这个问题的时候有困惑了好一阵儿。但是后来想了想主要的问题可能是“将文件从百度网盘下载的这个过程出了问题”，后来使用百度网盘自己的解压劵解压成功！这件事情给我的教训就是，（1）以后最好不要把那么大的文件整个的上传到百度网盘上（无论是下载还是上传都是特别大的烦恼）。（2）能不解压就不解压（3）Win RAR 是一个很垃圾的解压软件，必要的话，请尝试使用百度网盘的解压劵。...原创 2021-09-24 09:50:42 · 404 阅读 · 0 评论 -
[Exception type: IndexError, raised in _HTSeq.pyx:376] 问题解决
这个问题困惑了我好久。后来在一个偶然的机会下解决了，分享给大家，如果你在使用htseq-count的时候遇到同样的问题。首先，直接分享这个问题的解决方案。出现该错误的主要原因是：（1）这个GTF/GFF3 文件不是常规渠道下载下来的。比如我，是自己仿照UCSC官网上的注释文件的格式，自己“合成”的。（2）gff文件是1-based，所谓1-based指的是，从1开始的坐标，所以最小值应该是1。而我合成的gtf文档之所以出错的原因是坐标是0-based，最小值是0。之所以会发现问题的原因在这里，原创 2021-09-26 10:07:12 · 396 阅读 · 0 评论 -
no SQ lines present in the header解决方案
解决思路来源链接：https://blog.csdn.net/g_r_c/article/details/8252256 samtools faidx hg38.fasta#生成hg38.fai的索引文件 samtools view -bt hg38.fasta.fai chr5_pair_nos.sam >chr5_pair_nos.bam#生成我们想要的bam文件，并且解决了sam==>bam难以转换的问题...原创 2021-09-11 15:55:33 · 1804 阅读 · 0 评论 -
错误再纠正 | perl 环境重新配置
每次登陆服务器的时候，总会显示缺少XX模块！这可真是太烦人了！今天晚上，我决定把它根除掉。错误信息：Can’t locate local/lib.pm in @INC (you may need to install the local::lib module)(@INC contains:/opt/ActivePerl-5.26/lib/perl5/lib/perl5 /home/xxzhang/perl5/lib/perl5/5.26.3/x86_64-linux-thread-mult.原创 2021-08-02 21:23:47 · 6255 阅读 · 1 评论 -
出错解决 | Error: cannot allocate vector of size 109.7 Mb
最近要处理蛮大的数据。结果这个数据放到R中，却出现了内存不够的问题。关于计算机的基础的知识，是我一直以来的薄弱项。我现在拥有足够的精力和时间，所以，我希望能够认真解决这个问题。解决方法，并没有想象的那么复杂。在要处理的大数据的代码前，添加gc()即如下所示：coverage_cutoff <- 3 coverage_percentage <- 0.2cell_percentage <- 0.2artefact_percentage <- 0.03gc() #.原创 2021-07-30 17:19:34 · 16195 阅读 · 2 评论 -
typora编辑器运行变慢？
最近在用typora写笔记，今天下午输入的时候（非源代码模式），运行非常的慢。主要表现为，输入一个词或者作出什么删除等操作，都要反应半天。我以为是自己的电脑内存不行，后来用任务管理器关闭几个后台运行的应用，重启typora仍然不能解决问题。后来通过检索，发现一篇文章，https://www.zhihu.com/question/47414134 。我才明白不是我一个人存在这样的问题。于是接受建议，在源代码模式下编写，输入速度上有改进。...原创 2021-04-30 13:14:48 · 4273 阅读 · 0 评论 -
FDR（矫正后的P值）问题
最近在分析数据的时候，遇到一个问题。因为在文献中大家好像都在用FDR作为指标来判断。但是我的结果中FDR普遍为0.99且一样，而P值则小于0.05,这就让我比较迷茫？为什么会出现这种情况？是我在处理的哪个环节出错了吗？在这种情况下，是否应该根据FDR来判断，FDR处理的意义是什么？于是以下，就这个问题进行探究。我处理后的部分数据：gene logFC A...原创 2020-03-19 22:11:03 · 29059 阅读 · 60 评论 -
CHIP-SEQ 芯片分析时，对于来自重复实验的数据，怎样进行MACS peaks calling 分析？
解决方法：将bowtie得到的bam文件，转换为bed文件，并使用cat指令，将其所有重复实验文件合并,将合并文件作为输入文件，进行peaks calling。参考链接：MACS官网http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/00README.htmlNotes:3) For the experiment with several replicat...原创 2019-10-08 15:36:50 · 2171 阅读 · 0 评论 -
peak calling——MACS
macs2 callpeak -t /home/s45/downloads/SRR6178271.bam -f BAM -g mm -n SRR6178271 -B -p 0.0001原创 2019-09-29 18:02:15 · 677 阅读 · 0 评论 -
Bowtie2错误：Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/home/s45/mouse"
(base) s45@HP45:~/下载$ bowtie2 -x /home/s45/mouse SRR3151474.fastq -S SRR3151474.samCould not locate a Bowtie index corresponding to basename "/home/s45/mouse"Error: Encountered internal Bowtie 2...原创 2019-09-27 19:35:51 · 5275 阅读 · 3 评论 -
RNA-seq分析实验出错记录及其解决方案
我的操作平台为linux64bit,所以一切代码均在linux平台下运行。1.linux解压缩file.gz格式文件。【参考链接】[1]https://blog.csdn.net/z69183787/article/details/81739901[2]https://www.cnblogs.com/wangshouchang/p/7748527.html【解决方案】gzi...原创 2019-06-12 16:16:19 · 1814 阅读 · 0 评论 -
如何用手机访问电脑上的本地服务器？
前提：手机和电脑连接同一个局域网。 方法：打开手机的热点，电脑端连接手机的热点。启示来源：https://blog.csdn.net/lrh15980692010/article/details/82464202?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromBaidu-3.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-..原创 2020-12-29 15:50:59 · 4053 阅读 · 2 评论 -
使用Word 进行“邮件合并“操作
利用Word的邮件合并操作，可以通过编写模板，快速生成多个信件。还是蛮神奇的一个工具。将上述编辑完成的excel文件存为“人事信息.xlsx”文件。 打开Word，依次选择上方菜单栏中的“邮件-->选择收件人-->使用现有列表”。具体操作如下图所示。选择刚刚保存的“人事信息.xlsx”表格文件中sheet1作为目标列表导入。导入表格之后，邮件那一栏的图标即如下图②所示。 导入表格文件之前 导入表格文件之后 ..原创 2020-12-29 15:47:12 · 5378 阅读 · 0 评论 -
Microsoft Office 2019 正式版 安装记录
最近打算更新一下PC机自带的office，换成2019最新版。遇到了很多问题，最终一一克服，终于安装完成。体验绝佳~现在将安装记录写在此，分享给有相似经历的大家。1、下载office2019我是在学校提供的下载平台上下载的。因为学习已经购买，所以我在安装的时候，不需要产品密钥。下载完成之后，保存在一个目录文件下。是一个如图所示的一个以“.iso”结尾的文件。2、卸载完全系统之前的office下载使用这篇博客推荐的工具完成，非常好用。3、下载Daemon（虚拟光驱）.原创 2020-12-29 15:32:08 · 1489 阅读 · 0 评论 -
此主机支持Intel VT-x,但Intel VT-x 处于禁用状态。
使用VM ware软件安装虚拟机的时候遇到以上问题。看网上的教程知道是要讲电脑切换到BIOS界面设置。我的电脑是联想超极本（具体的版本号不知道）。尝试在重启和开机的时候拼命按F1或者F2或者F1+Fn等等，但是都不奏效。后来尝试在电脑关机状态下，用细铁丝插入电源线边上的“重启”孔内，才得以切换到BIOS界面。成功进入到BIOS界面。按照其他教程所示，修改Intel(...原创 2019-03-10 20:44:59 · 545 阅读 · 0 评论