ITK安装与读取DICOM序列

一：ITK功能

ITK 与 OpenCV 主打功能相似，都是面向于图像处理，但是两者在领域应用方面有一定的差别；ITK主要用于医学图像的分割与配准（有c++与python版本）。OPENCV是计算机视觉的基础（有c++与python版本），可以说做二维图像算法肯定都会用到OPENCV。机器学习，深度学习的前处理工作很多也都是由opencv完成。

二：编译

环境：

Windows10

VS2019

官网下载ITK软件包：

创建安装目录：

并在ITK5.2.0里面创建build和bin文件夹

使用Cmake开始编译：

source code:将目录改成之前下载的itk解压缩文件。

binaries:目录为之前建的build文件夹。

点击configure运行。

然后选择自己相应的配置：

上面结束后，将会弹出一堆红，然后勾选advanced。

BUILD_SHARED_LIBS 默认关闭，意味着是库是静态编译的，只生成lib，若选中，则动态编译，将生成 dll 文件（这里是选中）

找到 CMAKE_INSTALL_PREFIX 选项，这个是表示 ITK 的安装路径，（此处改成了我们之前建的bin文件夹）。然后再次点击configure运行。

直到运行到没有出现红色，如果还有红色就多点击运行几次configure。

然后生成，点击运行generate。

最终会显示generating done（证明生成成功）。

三：安装

以管理员身份打开VS2019，然后打开ITK.sln

在资源管理器找到ALL_BUILD，右键生成

如果按照流程，一般不会报什么错误。

接着找到INSTALL右键生成，开始安装。

四：环境配置

首先在系统的环境变量path中加入之前创建的bin文件夹下的bin文件，然后重启电脑。

接着用vs2019创建一个新项目，在VC++目录---包含目录中添加bin\include\ITK-5.2

在VC++目录---库目录中添加bin\lib

在连接器---输入---附加依赖项中添加许多的.lib文件（就是bin\lib文件夹下的所有.lib结尾的文件名）。

快速获取.lib文件名，在bin\lib文件夹下新建一个txt文档，然后在里面输入

DIR *.lib*  /B >LIST.TXT      再将后缀名改为.bat运行文件。双击运行，就会产生LIST.TXT文件，里面就是所有的.lib文件名。

将LIST.TXT文件中的所有.lib添加到附加依赖项。

上述环境就配置完成。

五：读取DICOM序列，并且快速获得数值。

#include<iostream>
#include "itkGDCMImageIO.h"
#include "itkImageSeriesReader.h"//用于读取图像序列
#include "itkGDCMSeriesFileNames.h"//用于读取序列文件名


using namespace std;
int main()
{


  string file = "./GTI5BZZQ";//dicom文件夹


  //初始化待读取的dicom序列的各种参数
  using PixelType = signed short;//像素数据类型
  constexpr unsigned int dims = 3;//3维
  using ImageType = itk::Image<PixelType, dims>;
  using ReaderType = itk::ImageSeriesReader<ImageType>;
  using ImageIOType = itk::GDCMImageIO;
  using NamesGeneratorType = itk::GDCMSeriesFileNames;


  //设置IO，并获取文件名
  ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
  NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
  namesGenerator->SetInputDirectory(file);
  const ReaderType::FileNamesContainer& filenames = namesGenerator->GetInputFileNames();


  //输出文件名
  for (int i = 0; i < filenames.size(); i++)
  {
    cout << filenames[i] << endl;
  }


  //读取dcm序列
  ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
  reader->SetImageIO(gdcmIO);
  reader->SetFileNames(filenames);
  reader->Update();


  //通过直接读取内存的方式获取像素值(高效率
  short* ptr = reader->GetOutput()->GetBufferPointer();//将获得首地址的指针
  //只需偏移就可以获得任何位置像素
  cout << ptr[0] << endl;


  gdcmIO->Delete();
  namesGenerator->Delete();
  reader->Delete();
  return 0;
}