在jupyter在安装R内核及R包,路径错误

  1. 路径出错

docker创建的jupyter镜像中,安装了python内核及R内核,原来的R在envs中,于是我在base也安装了一个R。在安装完R包的时候,打开jupyter notebook,发现已安装的R包加载不出来,用.libPaths()查询packages的安装路径发现,包的路径和我安装的路径不一致。原因是不知道什么时候kernel.json里的路径被修改了。

  1. 尝试解决一:在现在的jupyter notebook列表里显示的R包路径中重新把全部包装一遍,太费时,暂时不尝试。
  2. 尝试解决二:再安装一个R内核,对应已安装r包的路径。source activate r3.6 进入环境中,which R 找到envs里R安装的位置,输入R,进入R中输入IRkernel::installspec(name = "ir1", displayname = "R1")这个命令再安装一个r内核。(可查看R kernel for Jupyter
    再次查看jupyter notebook 内核列表:jupyter kernelspec list
    在这里插入图片描述

此时,多了一条:
在这里插入图片描述
但是,打开jupyter notebook,列表里并没有显示新安装的这个R内核.

  1. 尝试解决三:于是把kernel.json文件中的argv中的路径修改了一下:
    在这里插入图片描述
    But,不知道为什么,自动变成了这样
    在这里插入图片描述
    于是,jupyter notebook打开后,new notebook列表里干脆没有了R
  2. 尝试解决四:接着上一步, 然后mv /home/路径/ir /opt/路径/kernels
    jupyter kernelspec list

在这里插入图片描述
cd /opt/路径/kernels/ir
cat kernel.json
在这里插入图片描述

(1)“display_name”: " R",就是在jupyter notebook上显示的R的名字,随意修改;
(2)“language”: “R” 表示使用R语言,请保持不变;
(3)"/opt/conda/…/R"是R的安装路径

合适,再次打开,R packages路径已修改成功!
相信肯定有更合适的方法,但是当无法改变环境的时候,就只能去适应环境了。

  • 0
    点赞
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值