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RSS订阅转载 R语言数据分析120题
文章目录R语言数据分析120题P1-201（创建数据框）：将下面的字典创建为DataFrame2（筛选行）：提取含有字符串"Python"的行整个包含部分字符3（查看列名）：输出df的所有列名4（修改列名）：修改第二列列名为popularity5（统计频数）：统计grammer列中每一种编程语言出现的次数6（缺失值处理）：将空值用上下值的平均值填充7（筛选行）：提取popularity列中值大于3的行8（数据去重）：按grammer列进行去重9（数据计算）：计算popularity列平均值10（格式转换）：
2022-05-27 10:55:08
4319
原创 小提琴图：单个
library(gcookbook)library(ggplot2)library(reshape2) data <- read.csv("File_tpm.csv",row.names =1)data1 <- data[rowSums(data) > 10,]data1 <- data1[rowSums(data1) < 500,]data_melt <- melt(data1)##（1）ggplot(data_melt, aes(x = varia
2022-02-22 13:59:18
295
转载 R语言-向量字符串操作
拼接拼接_1paste和paste0paste和paste0之间的区别是拼接的字符之间是否带有空格paste (..., sep = " ", collapse = NULL)paste0(..., collapse = NULL)…：一个或者多个R对象，该对象需转换为字符向量.如果是字符串，则所有字符串拼接在一起，如果是字符串向量，则匹配。具体看实例sep：分割字符串paste("I","love","you")# 结果[1] "I love you"paste0("I",
2021-12-06 17:30:52
4780
原创 python image处理 读取image 读取灰度图边缘
python提取彩色图像RGB三通道OpenCV读取图像后，按照BGR方式排列图像矩阵PIL（python image library）库读取图像后，按照RGB方式排列图像矩阵RGB：red, green, blue1个彩色图像，可以分解为3个灰度图像，3个灰度图像合起来是一个彩色图像imgArray = np.array(image) #将image转化为一个数组；# 效果：result.shape=[width,height,channels通道:rgb 0,1,2]imgArray.s
2021-10-15 15:59:22
2539
1
原创 python列出文件中所有文件名
遍历指定文件夹下所有文件路径import globpaths = glob.glob(os.path.join(path, '*.png')) #返回所有匹配的文件路径列表。paths.sort()列出指定文件夹中所有文件名称os.walk() 方法用于通过在目录树中游走输出在目录中的文件名for root, dirs, files in os.walk(path): print(root) print(dirs) print(file.
2021-10-13 10:57:24
873
原创 pandas中dataframe部分操作总结
import pandas as pdfrom pandas import DataFrame1.构建dataframedata = {'state': ['odh2','ndeuu2','dedh6','cdhi','dcfcf','dei'], 'year':[2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005], 'pop':[1.5, 1.7, 1.8, 2.4, 2.6, 3.6]}frame = pd.DataFrame(data)
2021-05-24 15:36:18
3560
原创 r语言删除（提取）csv里指定列名的列
删除#load datadata = write.csv("testdatat.csv")#假设要删除数据库里列名为x,y,z,w的列(1)data_1 = data[,-which(names(df)%in%c("x","y","z","w")](2)data_1 = subset(data,select=-c(x,y,z,w))提取出指定列(1)data_2 = data[ , c("x","y")]data_2 = subset(data, select=c(x,y))
2021-04-01 18:05:19
10325
原创 R语言学习
csv数据加载逗号分隔组（csv）数据data=read.csv("data.csv")如果首行没有列名data = read.csv("data.csv", header=FALSE)重命名列names(data)=c("col1", "col2", "col3")空格分隔data=read.csv("data.csv", seq=' ')制表符分隔，使用\tdata=read.csv("data.csv", seq="\t")将因子转换为字符串d
2021-03-14 12:14:42
1063
原创 shell和python：传递外部参数
shelltest.sh #!/usr/bin/env shinputDir=$1outputDir=$2for i in $inputDir/*;do j=`basename $i `; echo "$i"; echo "$j";done命令bash test.sh {inputDir} {outputDir}*pythontest.pyimport sys #使用sys 模块从外部调用参数inputFile.
2021-03-04 11:01:15
351
2
原创 python，调用另一个脚本里定义的函数
A.pydef read_1(…)…C.py…假设我们要在C.py中调用A.py中的read_1函数两个脚本在同一个文件夹下 import A n = A.read_1(...) #或者 from A import read_1n = read_1(...)在不同位置 import syssys.path.insert(0, '/public/home/file/') #'/public/home/file/'是A.py存放路径 import A n = A.
2021-03-03 17:35:54
1167
1
原创 jupyter错误:Sorry，can‘t use kernel language r.
localhost：8080显示[autopep]Sorry，can’t use kernel language r.Configurations are currently only defined for the following languages：python See readme for more details.原因是勾选了Autopep8解决：禁用Autopep8
2021-03-03 14:41:22
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1
原创 linux环境变量
1.环境变量的概念通俗的讲，环境变量就是告诉电脑(实际是操作系统) 几个目录。这几个目录下存储又可执行文件，如前面显示的/usr/bin目录，大部分的系统命令都在这个目录下。当我们输入命令mkdir 时，系统就会在环境变量所代表的几个目录从前都厚去查找，哪个里面有mkdir 文件，然后去执行mkdir 命令。系统中环境变量的名字是PATH，其内容可通过下面的命令显示(根据操作系统不同和配置不同，略有差别，但格式是统一的，: 分割的一堆路径)# 查看环境变量echo $PATH# /usr/
2021-02-24 10:46:25
446
原创 jupyter notebook 配置，内核安装，python库及R包的安装
1.创建环境#查看存在的内核jupyter-kernelspec list#列出所有环境conda info --envs#创建环境，安装py3.8, R4.0.3conda create -n zpy38 python=3.8conda activate zpy38conda install -c conda-forge r-baseconda install -c conda-forge/label/gcc7 r-baseconda deactivate2.安装、配置Jupyt
2021-02-01 17:33:21
9673
1
原创 R包安装时，出现的错误解决合集
library(devtools)#error:Error in get(genname, envir = envir) : object 'testthat_print' not found#解决options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))install.packages("testthat")2.install.packages()、BiocManager::install()、devtoo.
2021-02-01 16:57:02
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原创 Linux修改权限
1、ls和ls -a和ls -l和ls -al的区别ls：显示没有隐藏的文件和文件夹ls -a：显示当前目录下的所有文件和文件夹，包括隐藏的文件ls -l：显示没有隐藏的文件和文件夹的详细信息ls -al：显示当前目录下的所有文件和文件夹的详细信息2、文件详细信息详解我们随便进入一个文件夹，执行ls -l。第1列：代表文件的类型。我们常见的是d和-。d代表是目录文件。-代表是普通文件。其他不常见的有。l代表链接文件，b代表块设备。c代表字符设备文件。每组权限中的rwx，分别代表读，写，
2021-01-05 17:44:00
1136
1
原创 cat_awk_sort_uniq命令
cat命令cat命令主要有三大功能1.一次显示整个文件 cat filename2.创建一个文件 cat > fileName3.将几个文件合并为一个文件 cat file1 file2 > file参数：-n 或 –number 由 1 开始对所有输出的行数编号-b 或 –number-nonblank 和 -n 相似，只不过对于空白行不编号-s 或 –squeeze-blank 当遇到有连续两行以上的空白行，就代换为一行的空白行-v 或 –show-nonprinting.
2021-01-04 17:25:49
420
原创 jupyter notebook目录插件
升级 【插件】1. pip install jupyter_contrib_nbextensionspip --default-timeout=100 install jupyter_contrib_nbextensions -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com2. jupyter contrib nbextension install --user --skip-running-check3. 启动 Ju
2020-10-26 13:43:31
351
原创 python修改图片尺寸
命令：python Size.py inputFilePath outputFilePathSize.py#coding:utf-8import osimport numpy as np import pandas as pdimport cv2import sys #使用sys 模块从外部调用参数#from make_transparent import *from matplotlib import pyplot as pltinputFilePath = sys.arg
2020-10-22 14:35:36
6269
原创 安装Image J 插件
1.下载imageJ，网址：https://imagej.net/Fiji/Downloads2.解压3.安装插件（1）https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html这个网址下载你需要的插件。打开toolsets或者tools。![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20201013153831165.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdG
2020-10-13 15:51:43
30211
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原创 Jupyter Notebook快捷键
一、命令模式（在编辑模式下按键Esc键进入命令模式）Enter：转入编辑模式Shift-Enter：运行本单元，选中下个单元Ctrl-Enter：运行本单元Alt-Enter：运行本单元，在其下插入新单元Y：单元转入代码状态M：单元转入markdown状态R：单元转入raw状态1：设定1级标题2：设定2级标题3：设定3级标题4：设定4级标题5：设定5级标题6：设定6级标题Up：选中上方单元K：选中上方单元Down：选中下方单元J：选中下方单元Shift-K：扩大选中上方单
2020-10-11 17:15:45
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原创 python读写txt文件和csv文件
#!/usr/bin/env python# -*- coding:utf-8 -*-import pandas as pdimport csvpath1=r"/public/home/test1.csv" #.csv文件路径path2=r"/public/home/test2.csv"path3=r"/public/home/test3.csv"path4=r"/public/home/test4.txt" #.txt文件路径with open(path1,'r') as f:
2020-10-09 14:13:34
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原创 本地使用服务器Docker中jupyter notebook
本地使用服务器Docker中jupyter notebook1.进入服务器2 .启动并进入容器#查看docker中的镜像：docker images#启动一个容器，命名为jutest:#首先在root下创建一个叫jufile的文件夹，用于存放自己的数据#将主机的/root/jufile挂载到/home/**#通过-v参数，冒号前为宿主机目录，必须为绝对路径，冒号后为镜像内挂载的路径。#容器端口号为80docker run --name jutest -p 80:8888 -tdi -v
2020-09-30 16:17:10
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1
原创 Docker基于CPU的python及R多核notebook镜像中安装python包和R包
docker镜像中安装r_py包#安装py3内核conda create -n py3#安装r内核conda create -n r3.6#查看存在的内核jupyter-kernelspec list#列出所有环境conda info --envs#激活环境py3conda activate py3#激活r3.6source activate r3.6#退出环境conda deactivate# python包安装路径cd /opt/conda/lib/python3
2020-09-30 15:54:08
354
原创 在jupyter在安装R内核及R包，路径错误
路径出错docker创建的jupyter镜像中，安装了python内核及R内核，原来的R在envs中，于是我在base也安装了一个R。在安装完R包的时候，打开jupyter notebook，发现已安装的R包加载不出来，用.libPaths()查询packages的安装路径发现，包的路径和我安装的路径不一致。原因是不知道什么时候kernel.json里的路径被修改了。尝试解决一：在现在的jupyter notebook列表里显示的R包路径中重新把全部包装一遍，太费时，暂时不尝试。尝试解决二：再安.
2020-09-23 16:51:34
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原创 docker镜像push、pull报错
CentOS 7系统的配置步骤：打开daemon.json文件：vi /etc/docker/daemon.json2、在里面输入阿里云镜像配置：{ "registry-mirrors":["https://6kx4zyno.mirror.aliyuncs.com"]}重启docker服务：sudo systemctl restart docker
2020-09-23 13:48:57
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原创 安装 Bioconductor
1.R 中安装>options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")>options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))>install.packages("BiocManager")之后可以随意安装了R包了，依赖问题解决#library('BiocManager')library('BiocMa
2020-09-21 16:49:46
4714
原创 Jupyter 同时支持python3和R内核
1.查看存在的kerneljupyter-kernelspec list2.如果没有python 3和R查看有没有安装python3python3有！查看有没有python3对应的pippython3 -m pip --version如果没有：下载pip apt-get udpate apt-get install python3-pip使用pip3安装python3 kernelpython3 -m pip install ipykernelpython3 -m ipy
2020-09-17 16:18:24
293
原创 在windows中更改jupyter notebook的工作目录
在windows中更改jupyter notebook的工作目录1.右击jupyter notebook，点击“属性”，将目标输入框中最后的“%USERPROFILE%”这个参数去掉后，点击“确定”。2.找到安装路径，例如：C:\Users\86156.jupyter下，找到jupyter_notebook_config.py的配置文件；将它用记事本打开：查询找到"c.NotebookApp.notebook_dir="这个字符串，将它前面的“#”号去掉，等号后面赋值你的默认工作目录： 保存！3
2020-09-17 11:18:49
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原创 Docker 安装与部分常用命令
Docker 安装与部分常用命令1.准备工作#检查 Linux 内核版本，Docker 要求CentOS 系统的内核版本高于3.10uname -a#查看服务器中是否安装dockeryum list docker#使用 yum 安装 Docker 之前，需要检查一下系统环境的软件是否需要更新#检查是否有软件需要更新yum check-update#更新yum update#如果已经安装了 docket，想要重新安装，则需要先卸载 docker #查看yum list install
2020-09-15 17:11:51
233
转载 Docker
Docker官方文档Get Docker | Docker Documentation https://docs.docker.com/get-docker/Docker概述Docker是一个用于开发、发布和运行应用程序的开放平台。Docker使您能够将应用程序从基础设施中分离出来，这样您就可以快速交付软件。使用Docker，您可以用与管理应用程序相同的方式管理基础设施。通过利用Docker的方法快速交付、测试和部署代码，可以显著减少编写代码和在生产环境中运行代码之间的延迟。你可以在多个平台上下
2020-09-08 17:46:57
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原创 R包安装时，该包依赖的某个辑程包不存在，解决方法
1.R包安装完后，出现载入不了的情况，显示不存在依赖的程辑包？之前是下载压缩包在本地进行安装的重新安装：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("clusterExperiment") #安装# 还是不存在 "zinbwave"这个名字的程辑包BiocManager::install("zinbwave") #安装l
2020-09-02 15:21:11
9951
1
转载 R包安装时出现有某个辑程包不存在，解决方法
R安装时出现辑程包不存在，解决方法【解决方案】1.使用命令单独安装caret，安装的时间很长。install.packages("caret", dependencies = c("Depends", "Suggests"))需要安装依赖的包全部安装之后，就可以了。依赖包如下：dependencies ‘doMC’, ‘rpvm’, ‘Rcompression’, ‘RMySQL’, ‘globaltest’, ‘OpenMx’, ‘pryr’, ‘gpclib’, ‘marray’, ‘a
2020-09-02 14:29:12
41602
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原创 windows下Rstudio安装R包“MAST”失败，解决办法
安装R包“MAST”失败，解决办法：install.packages("MAST")输出：Warning in install.packages :package ‘MAST’ is not available (for R version 4.0.2)试了以下各种方法，全部失败：install.packages("MAST",repos=NULL, type="source")install.packages("MAST", repos="https://mran.microsoft.
2020-09-01 17:06:25
1737
1
原创 修改SSH密码2113
修改SSH密码1.登录ssh后，首先输入passwd 回车2.(current) UNIX password: 然后输入现在所用的密码 回车3.New password: 再输入新密码（新的密码必须是字母数字都有，不然的话不成功） 然后回车...
2020-08-26 15:20:30
864
原创 在jupyter notebook上安装R步骤
安装R安装Rstudio关联jupyter notebook①直接打开Rsudio，在坐下角的console里写如下命令：install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools','uuid','digest'))devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')②执行完后，安装“IRkernel”包：install.packages('IRke.
2020-08-04 14:10:47
4516
1
原创 pip安装第三方库的问题
这里写自定义目录标题pip安装第三方库时出现的问题新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入pip安装第...
2020-08-04 14:02:35
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