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docker
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docker使用,jupyter-notebook中python内核和r内核的安装配置与使用
闻人玲珑
这个作者很懒,什么都没留下…
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jupyter notebook 配置,内核安装,python库及R包的安装
1.创建环境#查看存在的内核jupyter-kernelspec list#列出所有环境conda info --envs#创建环境,安装py3.8, R4.0.3conda create -n zpy38 python=3.8conda activate zpy38conda install -c conda-forge r-baseconda install -c conda-forge/label/gcc7 r-baseconda deactivate2.安装、配置Jupyt原创 2021-02-01 17:33:21 · 8891 阅读 · 1 评论 -
Docker基于CPU的python及R多核notebook镜像中安装python包和R包
docker镜像中安装r_py包#安装py3内核conda create -n py3#安装r内核conda create -n r3.6#查看存在的内核jupyter-kernelspec list#列出所有环境conda info --envs#激活环境py3conda activate py3#激活r3.6source activate r3.6#退出环境conda deactivate# python包安装路径cd /opt/conda/lib/python3原创 2020-09-30 15:54:08 · 313 阅读 · 0 评论 -
在jupyter在安装R内核及R包,路径错误
路径出错docker创建的jupyter镜像中,安装了python内核及R内核,原来的R在envs中,于是我在base也安装了一个R。在安装完R包的时候,打开jupyter notebook,发现已安装的R包加载不出来,用.libPaths()查询packages的安装路径发现,包的路径和我安装的路径不一致。原因是不知道什么时候kernel.json里的路径被修改了。尝试解决一:在现在的jupyter notebook列表里显示的R包路径中重新把全部包装一遍,太费时,暂时不尝试。尝试解决二:再安.原创 2020-09-23 16:51:34 · 1142 阅读 · 0 评论 -
安装 Bioconductor
1.R 中安装>options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")>options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))>install.packages("BiocManager")之后可以随意安装了R包了,依赖问题解决#library('BiocManager')library('BiocMa原创 2020-09-21 16:49:46 · 4609 阅读 · 0 评论 -
docker镜像push、pull报错
CentOS 7系统的配置步骤:打开daemon.json文件:vi /etc/docker/daemon.json2、在里面输入阿里云镜像配置:{ "registry-mirrors":["https://6kx4zyno.mirror.aliyuncs.com"]}重启docker服务:sudo systemctl restart docker原创 2020-09-23 13:48:57 · 301 阅读 · 0 评论 -
Jupyter 同时支持python3和R内核
1.查看存在的kerneljupyter-kernelspec list2.如果没有python 3和R查看有没有安装python3python3有!查看有没有python3对应的pippython3 -m pip --version如果没有:下载pip apt-get udpate apt-get install python3-pip使用pip3安装python3 kernelpython3 -m pip install ipykernelpython3 -m ipy原创 2020-09-17 16:18:24 · 251 阅读 · 0 评论 -
Docker 安装与部分常用命令
Docker 安装与部分常用命令1.准备工作#检查 Linux 内核版本,Docker 要求CentOS 系统的内核版本高于3.10uname -a#查看服务器中是否安装dockeryum list docker#使用 yum 安装 Docker 之前,需要检查一下系统环境的软件是否需要更新#检查是否有软件需要更新yum check-update#更新yum update#如果已经安装了 docket,想要重新安装,则需要先卸载 docker #查看yum list install原创 2020-09-15 17:11:51 · 217 阅读 · 0 评论 -
Docker
Docker官方文档Get Docker | Docker Documentation https://docs.docker.com/get-docker/Docker概述Docker是一个用于开发、发布和运行应用程序的开放平台。Docker使您能够将应用程序从基础设施中分离出来,这样您就可以快速交付软件。使用Docker,您可以用与管理应用程序相同的方式管理基础设施。通过利用Docker的方法快速交付、测试和部署代码,可以显著减少编写代码和在生产环境中运行代码之间的延迟。你可以在多个平台上下转载 2020-09-08 17:46:57 · 113 阅读 · 0 评论