GCenFF生成Gromacs Topol文件用于CHARMM36力场

这是自己初学Gromacs后，第一次自己用GCenFF生成Gromacs topol 文件。此文作为自己的学堂札记便于日后回访。同时分享给刚入门Gromacs分子动力学模拟的同学。

环境准备：

Linux装有1. numpy; 2. networkx (1.11); Python 2.7.3 或Python 3.5.6

GCenFF生成topol文件整体流程如下：

1. 拿GaussianView绘制自己想要的分子并输出mol2文件。

PS：最好用GaussView绘制，自己当初用Material Studio 2019会出错

2. 进入GCenFF网站登录自己的账号。如果没有就注册一个。然后在网站上上传自己的mol2的文件，然后稍等片刻。

3. 然后“下载”网站生成的str文件。

PS：这里的“下载”并非真的下载，点开str网站会跳转新页并展示str文件里的内容，自己在电脑里新建txt的文件将文件后缀改为str，并用Notepad++打开，将网站的上全部内容复制粘贴到str文件里。

4. 回到GCenFF网页，从网页上下载名为cgenff_charmm2gmx.py的文件。

5. 去http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs网站下载最新的charmm36-XXX.ff.tgz文件，并解压得到charmm36-jul2020.ff文件夹。（写作当年为charmm36-jul2020.ff.tgz文件）

PS：下载最新版本的charmm36-XXX文件原因是为了匹配GCenFF网站生成的文件版本，不然后面转换会出现版本不匹配的错误。

6. 新建一个文件夹并将①charmm36-jul2020.ff；②xxx.str文件；③xxx.mol2；④cgenff_charmm2gmx.py 文件放在同一个文件夹下。然后将文件整体转移至linux自己的文件目录里。

7. 在linux系统自己的刚才对应的文件夹下运行以下命令

python cgenff_charmm2gmx.py XXX XXX.mol2 XXX.str XXX.ff

PS: 上述命令需要依据自己的mol2名，str名，str中的残基名和从tgz解压得到文件夹的名做出修改。还有就是linux系统下要配有python才能转化。python版本大于2.7就可以。

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实战演练——生成甲酸分子Topol

1. GaussianView绘制甲酸分子式并输出保存为mol2文件。

 

2.  登录GCenFF网站，上传mol2文件。（记得upload file）

3. 先查看是否存在错误，一般网站会给调整。然后点str输出文件。

将文件内容复制粘贴到新建str文件中（如何创建str文件，鼠标右键新建txt文件，更改后缀名为str，用notepad++打开）保存，并记下文件中的残基名，此处为Molecule。

 

4. 回到GCenFF网页，从网页More Info & Tools菜单栏Utilities下，下载名为cgenff_charmm2gmx.py的文件（这个文件仅适用Python 2.7.3）。

 

5. 去http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs网站下载最新的charmm36-jul2020.tgz文件，并解压得到charmm36-jul2020.ff文件夹（拿平常的解压软件就能解压，或者在linux下面解压）。

  

6. 新建一个文件夹并将①charmm36-jul2020.ff；②xxx.str文件；③xxx.mol2；④cgenff_charmm2gmx.py 文件放在同一个文件夹下。然后将文件整体转移至linux自己的文件目录里。

 

7.  在Linux系统自己的刚才对应的文件夹下运行以下命令（要用python 2.7.3）

python cgenff_charmm2gmx.py Molecule js.mol2 js.str charmm36-jul2020.ff

转化成功！

 

如果用的是Python 3.5.6的同学，可以去这个博主下面下载cgenff_charmm2gmx_py3.py的文件后，将①charmm36-jul2020.ff；②xxx.str文件；③xxx.mol2；④cgenff_charmm2gmx_py3.py 文件放在同一个文件夹下

除cgenff_charmm2gmx_py3.py文件有更换，其余均一致。

python cgenff_charmm2gmx_3py.py Molecule js.mol2 js.str charmm36-jul2020.ff

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文末随附实战演练文件自行练习

链接：https://pan.baidu.com/s/1Hg_k6ppwvOk31FAgJcgflw 
提取码：v1l3