蛋白+小分子配体md（详细保姆教程）

最新推荐文章于 2024-09-10 19:40:24 发布

DS_HY

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分类专栏：生物信息文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_36215255/article/details/123379711

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本文提供了一个详细的GROMACS模拟蛋白和小分子配体的教程，涵盖从生成小分子到模拟的全过程。涉及GROMACS中文教程链接， Charmm GUI使用，6kyk/PDBID的处理，力场下载，Gro/Top文件编辑，以及能量最小化和NPT平衡模拟。在模拟过程中还解决了报错问题，并分享了在深圳超算的运行速度和存储大小的经验。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

继续搬一点近期飞书文档模拟的到博客里

参考博客：

Gromac中文教程：https://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-5/#%E6%A6%82%E8%BF%B0
https://www.jianshu.com/p/b10fe4b4af11
https://www.bilibili.com/read/cv6496041/

生成小分子过程

生成：charm gui 官网：https://charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader&step=0
- PDBID：6kyk，6kyh。生成时注意选择第一个。

在GNP文件中的mol2
CGenFF上传 mol2:https://cgenff.umaryland.edu/userAccount/userLogin.php#20220227_5/6kyk_gnp.err。
下载str，生成prm、itp、pdb

python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py GNP GNP.mol2 gnp.str charmm36-mar2019.ff

注意NetworkX版本，若是最新版不一致，将self.G.node替换成新版语法self.G.nodes
力场下载地址：http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#charmm
生成gro文件

gmx pdb2gmx -ignh -ff charmm36-mar2019 -f 6kyh_mg.pdb -o 6kyh.gro -p 6kyh.top -water tip3p

gmx editconf -f gnp_ini.pdb -o gnp.gro

将小分子gro坐标添加进6kyh.gro，修改gro原子数,32399 prm，itp文件include到6kyh.top，，增加GNP 1到top。一定要注意include prm文件的位置，一定要在所有的分子itp文件之前，力场文件之下，否则会导致GROMACS无法识别加入的小分子。

# add gro , +49

# vim 6kyh.top，注意位置，prm一定要在所有的itp之前，而在力场之下。

; Include ligand topology

#include "gnp.prm"

#include "gnp.itp"

模拟

水盒子

gmx editconf -f 6kyh.gro -o 6kyh-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.0

真空最小化

gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c 6kyh-PBC.gro -p 6kyh.top -o em-vac.tpr

gmx mdrun -v -deffnm em-vac

em-vac-pme.mdp

; 传递给预处理器的一些定义
define          = -DFLEXIBLE    ; 使用柔性水模型而非刚性模型, 这样最陡下降法可进一步最小化能量

; 模拟类型, 结束控制, 输出控制参数
integrator      = steep         ; 指定使用最陡下降法进行能量最小化. 若设为`cg`则使用共轭梯度法
emtol           = 500.0         ; 若力的最大值小于此值则认为能量最小化收敛(单位kJ mol^-1^ nm^-1^)
emstep          = 0.01          ; 初始步长(nm)
nsteps          = 50000          ; 在能量最小化中, 指定最大迭代次数
nstenergy       = 1             ; 能量写出频率
energygrps      = Syste