R 语言读取 rda 文件时，magic number 'RDX3' 报错

当我们需要储存 R 语言的数据文件时，通常会使用 save() 函数储存为 .rda 文件的格式，然后读取时再使用 load() 函数进行读取。

通常情况下，这样做是完全不会有问题的，但最近遇到了一个之前未曾遇到过的很诡异的错误：

Error: bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded
In addition: Warning message:
file ‘...’ has magic number 'RDX3'
   Use of save versions prior to 2 is deprecated 

于是查找了大量的资料最终定位问题。

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解决方案

1. 储存时添加参数

其实问题非常简单，使用 save() 函数储存 .rda 文件时，使用的 R 版本是大于等于 3.5.0 版本的，而读取文件所使用的 R 版本是小于 3.5.0 ，此时就会出现这样的情况。

解决方法一个是，在高版本的 R 下储存数据时，添加参数 version =，指定读取时的 R 版本信息。

save() 参数说明：

Arguments
version	the workspace format version to use. NULL specifies the current default format (3). Version 1 was the default from R 0.99.0 to R 1.3.1 and version 2 from R 1.4.0 to 3.5.0. Version 3 is supported from R 3.5.0.

如果 .rda 已经储存了出来，此时需要更新读取文件所使用的 R 版本，更新到 3.5.0 以上的版本即可。

2. 更新使用 load() 函数读取端的 R 版本

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一些其它的情况

如果针对不是 .rda 文件出现类似的错误，则请不要使用 load() 函数进行读取，而应该使用 source()，或 readRDS() 进行读取，如下所示。

source("myfile.ext")

my.data <- readRDS("myfile.ext")

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参考网址

• workspace cannot be loaded in server, file has magic number ‘RDX3’
• Magic Number Error Message
• The cause of “bad magic number” error when loading a workspace and how to avoid it?