Ubuntu18.04下安装blast+（一）

【注：笔记于2019年10月6日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】

1.配置环境：Ubuntu18.04

2.下载BLAST软件到本地桌面

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATESET/下下载安装包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz。

注：或者通过wget直接下载到服务器指定的目录

3.解压到本地桌面

 4.通过Xftp在  /usr/local/  目录下新建文件夹 blast

 5.通过Xftp将解压后的安装包拷贝到blast目录下

6.添加环境变量：

     （1）通过Xshell打开终端，切换为root用户，执行 vim  /etc/profile 打开编辑文件，在末尾添加：

              export PATH=/usr/local/blast/bin:$PATH

              保存退出。若此处执行成功，执行 blastn -version会出现版本信息。

     （2）若不成功，切换到根目录，执行 vim  /etc/environment ，在末尾添加:

              :/usr/local/blast/bin

              保存退出，在执行一遍 blastn -version。

 7.准备装各种数据库的文件夹：

     （1） 在目录/usr/local/blast/下新建一个一个文件夹命名为db；

     （2）在 /usr/local下新建一个文件，命名为.ncbir（注：文件名是以点开头的）。

     （3）切换到 /usr/local下，执行 vim .ncbir，在文件中添加如下内容：

              [BLAST]

              BLASTDB=/usr/local/blast/db

8.下载FASTA格式的数据库：（下载到本地解压，然后将文件上传到/usr/local/blast/db目录下）

     （1）在uniprot官网上下载uniprot_sprot数据库

     （2）下载FASTA格式的数据库: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

          例如：下载nr.gz、nt.gz（ 文件很大！很大！很大！解压之后更大！更大！更大！）

9. 建立BLAST+可用的数据库:

 打开终端（Terminal），切换到/usr/local/blast/db目录下：

     （1）执行下面的命令（以蛋白质库nr为例）安装nr库：

              makeblastdb  –in  nr  -parse_seqids  -hash_index  -dbtype prot   

              注：若要安装nt库，就将 nr改为 nt

     （2）执行下面的命令安装uniprot库（具体操作请参考下一篇笔记）

              makeblastdb  –in ./uniprot_sprot.fasta  -parse_seqids  -hash_index  -dbtype prot 

10.  使用程序，如使用psiblast：

在目录/usr/local/blast/下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output

设待查询序列所在文件的名字为a.fasta（一个文件放一条序列，且必须为fasta格式）

执行命令：

psiblast  -comp_based_stats 1  -evalue 0.001  -num_iterations 3  -db swissprot   -query input/a.fasta  -out output/a.txt  -out_ascii_pssm pssm/a.pssm

注：/表示的路径，根据自己所安装的数据所在位置填写，不是固定的