(五:2020.07.31)nnUNet最简单的推理教程(让我的奶奶也会用nnUNet(下))

这篇博客提供了一个nnUNet推理的简单教程,适用于基础的推理模式。内容包括准备测试集(保持原始格式或转换为nii.gz)、下载预训练模型或使用自训练模型,以及执行推理命令。作者还提醒注意多线程设置,以避免电脑过载。此外,文章预告了nnUNet推理中的复杂情况将在后续内容中解析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

一、写在前面

  • 1.为了承接上一篇的训练教程,我会在这篇博客中仍然采用简单的方式对如何推理进行讲述。除此之外,我会对最近的研究成果做一个总结和温习,这种温习大致会融合在整个nnUNet的推理代码中,我会尽可能详细的对代码进行解读;
  • 2.尽管写出这些教程只是为了方便大家使用,但是希望有时间有精力的能够在前面三篇博客花点时间并提出质疑,毕竟最精髓的算法都在这些部分。
  • 有点啰嗦,开始吧!有问题请添加私人微信号JoeVaen3

二、nnUNet的推理很简单!(仅针对简单的推理模式,不包括ensemble)

1. 准备好你的测试集。

  • 第一种情况:你认真地执行了我在上一篇给出的训练流程,并且没有对原Task08数据集做任何调整,那么恭喜你,你不需要做任何的准备,仅仅创建两个空文件夹使你的Task008文件底下像这样:
    2
    可以看出,相比原来的Task008,我多创建了两个文件夹,这是按照我的习惯进行整合的,方便我进行最后的指标的测试。labelsTs中我存放了测试集的标签,inferTs是我待推理测试集的推理结果。由于原本的imagesTs中有100多个nii文件,会花费巨额的时间,我建议你先找个地方把其他文件拷贝出来,只留一个nii.gz文件
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