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一、写在前面
- 1.为了承接上一篇的训练教程,我会在这篇博客中仍然采用简单的方式对如何推理进行讲述。除此之外,我会对最近的研究成果做一个总结和温习,这种温习大致会融合在整个nnUNet的推理代码中,我会尽可能详细的对代码进行解读;
- 2.尽管写出这些教程只是为了方便大家使用,但是希望有时间有精力的能够在前面三篇博客花点时间并提出质疑,毕竟最精髓的算法都在这些部分。
- 有点啰嗦,开始吧!有问题请添加私人微信号JoeVaen3。
二、nnUNet的推理很简单!(仅针对简单的推理模式,不包括ensemble)
1. 准备好你的测试集。
- 第一种情况:你认真地执行了我在上一篇给出的训练流程,并且没有对原Task08数据集做任何调整,那么恭喜你,你不需要做任何的准备,仅仅创建两个空文件夹使你的Task008文件底下像这样:
可以看出,相比原来的Task008,我多创建了两个文件夹,这是按照我的习惯进行整合的,方便我进行最后的指标的测试。labelsTs中我存放了测试集的标签,inferTs是我待推理测试集的推理结果。由于原本的imagesTs中有100多个nii文件,会花费巨额的时间,我建议你先找个地方把其他文件拷贝出来,只留一个nii.gz文件