nnUnet数据推理阶段一些不必要的步骤

最新推荐文章于 2024-05-30 17:12:38 发布

yanglei29029

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文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/u012512501/article/details/128458701

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nnUnet在数据预处理阶段，默认执行2D和3D的推理计划，这在处理大量数据时消耗时间。通过设置-pl2d None或-pl3d None，可以避免不必要的一方计划，提高效率。例如，对于2D模型，使用nnUNet_plan_and_preprocess -t 120 -pl3d None -pl2d ExperimentPlanner2D_v21_RGB_scaleTo_0_1，而3D模型则用nnUNet_plan_and_preprocess -t 2 -pl2d None -pl3d ExperimentPlanner3D_v21_customTargetSpacing_2x2x2，以此简化流程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

nnUnet预处理指令

nnUnet在经过nnUNet_convert_decathlon_task指令转换为标准数据格式后，下一步进行的就是数据的推理。nnUNet_plan_and_preprocess -t XXX 是默认的推理指令
nnUNet_plan_and_preprocess -t XXX --verify_dataset_integrity，加上verify后是对数据集的完整性进行检查，也可以不加。

pl2d和pl3d的简化

推理阶段生成的一些数据文件

数据推理过程会默认将2D和3D的推理计划都运行一次(就是plan_2D和plan_3D)，当数据量比较大的时候，这会非常耗费时间。官方git给出了下面这样一条指令：
nnUNet_plan_and_preprocess -t 2 -pl2d None -pl3d ExperimentPlanner3D_v21_customTargetSpacing_2x2x2

可以看到-pl2d None，表示的是不需要推导2D计划。当我们的模型只适用于2D或者3D的情况，那么就不需要推导不对应的pld，不需要的计划直接使用None即可，举个例子：
2D模型
nnUNet_plan_and_preprocess -t 120 -pl3d None -pl2d ExperimentPlanner2D_v21_RGB_scaleTo_0_1

3D模型
nnUNet_plan_and_pr