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一、写在前面
重要!!!
各位读者有时间请务必到我第十七篇博客查看更多的细节,包括如何使用nnUNet的残差网络、如何选择模型其中一个去训练等。更多的细节会慢慢更新,建议直接把那篇收藏了。
1.更新于8.02,添加“如何训练自己的数据集”部分。
2.更新于9.07,修改恶心的apex部分,新更新的torch1.6支持混合精度训练,即你不用再安装apex啦!!!
3.更新于9.09,修改五折交叉验证理解!以及在整理好训练的数据集以后如何自动化地生成对应的json文件。
3.更新于11.05,添加如何在Windows上使用nnUNet。windows的使用仍然面临很多问题,预处理是可以跑的,但是在推理或者训练的时候就会出现torch的一些环境和兼容问题,现在仍未解决,也不是目前的工作重心,有时间有能力的读者可以自己挖掘一下,非常的不好意思。
4.更新于21.04.20,解决windows平台无法使用nnUNet问题。
- 1.笔者对nnUNet的使用也才一个多月,真正进入医疗影像领域也才三个月。对于nnUNet的理解肯定还停留在表层,希望大家在使用的时候能抱着一种纠错的态度,我会很感谢大家的指点!
- 2.nnUNet是德国癌症研究中心的工程师编写的框架,迄今为止依旧在维护和更新,希望大家共勉,“抄”出自己的水平的同时,协助框架的维护,也是在帮助中国医疗行业(手动狗头)。
- 3.此框架仅在Ubuntu18.04上进行过安装,win上需要键入参数运行,框架作者的建议也是在linux系统。作者建议不在conda的环境下,但我的框架在两个服务器三台主机上都未遇到什么conda的问题。1.5.1+cu10.1
- 4.本篇博客的目的是为了让大家在迅速上手的同时更深入的研究,如此有魅力的框架,希望大家别玩玩就浪费,好好看看原论文及代码(作者代码中已经给出了相当详细的安装教程),或者我之前的博客(有很多错误的地方,但我一有时间就会更新理解,望海涵!)
- 5.这个教程是在本地主机进行,服务器上的操作就是对服务器进行接下来的所有操作。教程不需要修改源码中的任何成分,我会在之后的博客中对源码如何调参做说明,刚接触的铁子们先完全按照步骤走。如果服务器是看不到图形界面的,需要用ssh进入服务器进行接下来的所有操作。
- 有点啰嗦,开始吧!有问题请添加私人微信号JoeVaen3。
二、nnUNet框架如何安装?
1. 你应该配置哪些环境?
- ① anaconda + pytorch1.5.1 + cuda10.1:
pytorch和anaconda的安装应该不用多说,这里着重说一下,安装torch时装上的cuda10.1为阉割版,会不利于我们接下来安装Apex,所以请安装完整版的,B乎的这个还可以cuda10.1安装。
当我后面想玩一下TensorRT的时候,发现TensorRT7不支持cuda10.1,所以有其他需求的,装cuda10.2也ok。 - 因为支持新更新的nnunet使用了最近更新的
pytorch1.6,所以可以使用混合精度训练而不必再使用APEX,这一步我删除了,安装变得更简单了,直接下一步。
* ② 安装NVIDIA-Apex:
这是英伟达的一个用于混合精度训练的插件,请不要直接pip,跟着下面的操作来:
第一步:打开