（三十七：2021.01.13）Pre-MICCAI 2019学习（二）《前列腺近距离放射治疗中，检测粒子在CT中的3D位置和方向》

images for prostate brachytherapy》)

讲在前面

• 一.Pre-MICCAI是我为了进一步了解MICCAI某些相当有意义论文的发展历史而采取的一种追根溯源的方法，在这个系列中我会将这篇论文所提到的之前的论文进行一定的了解，便于更深层次的学习和了解整个算法要解决哪些之前的问题，同时借鉴前人的思想来丰富自己的知识库；
• 二.我设计了几种字体颜色用于更加醒目地表现关键的思想和主题：
  • 红色表示尚未理解透彻的一些概念
  • 蓝色表示对原来的理解做的一些修改或补充
  • 绿色表示此处需要参考的论文其他部分
  • 橙色表示本文的重要关键字
  • 我会用删除线将自己曾经不到位的理解进行删除
• 三、本文基于论文《A Deep Regression Model for Seed Localizationin Prostate Brachytherapy》

摘要

在前列腺近距离治疗中，对每个植入的粒子的3D姿势信息的分析是剂量计算和质量评估的关键问题之一。 本文介绍了一种用于前列腺粒子的分离、定位和3D方向估计的自动图像处理解决方案。 该解决方案将对CT图像中的一组候选粒子的初始检测（使用阈值和连接成分方法）与使用主成分分析（PCA）的方向估计结合在一起。 这项工作的主要创意是能够根据先验强度和体积信息对检测到的物体进行分类，并使用改进的k均值方法将种子分组。 在体模和患者的CT图像上进行了实验，目的是在检测性能和计算时间方面将建议的解决方案与手动分割或其他先前的工作进行比较。

论文内容

1.介绍

前列腺癌具有2006年至2010年全球每年每100,000名男性中152人的发病率，被认为是男性具有第二大发病率的癌症。 前列腺癌的诊断和治疗方法的改进变得越来越重要。 使用低剂量放射性粒子的低风险前列腺近距离放射疗法是一种处理局部前列腺癌的常见且高效的方法。 通过平行针将散落或搁浅的粒子插入前列腺。 在实践中，植入前列腺的粒子数量通常为40到100。手术的目的是定位种子，以在整个前列腺中获得适当的剂量覆盖，同时限制对邻近器官的风险。 理论上，粒子应与针插入方向对齐。然而，实际上，粒子植入取决于许多生物力学因素以及人类经验。 因此，尽管在放置针头和运送种子时进行了任何特殊的护理或努力，粒子仍可能掉出位置。 这也可能导致成排紧密排列的粒子。 我们将这样的重叠粒子命名为union-seed（图1）。 为了进行治疗质量评估，通常在手术后一个月进行PID，一旦前列腺的任何炎症反应消失，便会进行基于CT的剂量测定。 CT检查通常显示粒子在植入方向上未对齐，并且粒子可能会迁移。尽管美国医学物理学会建议根据实际粒子的位置和方向确定近距离放射治疗粒子的3D剂量分布，但大多数治疗计划软件仍在假设所有粒子均与CT的轴对齐这个前提。因此，粒子的最佳位置和方向（包括分离union-seed的能力）是评估前列腺近距离放疗的主要挑战。
图1：

因此粒子的定位已被广泛研究和发表。 例如，在[《. Kuo et al., “Mri-based prostate brachytherapy seed localization,” ISBI, pp. 1397–1400, 2010》]中考虑使用高斯的拉普拉斯算子进行斑点检测来确定IRON图像（利用共振水抑制进行反转-恢复）中的粒子位置，而没有明确提及粒子的方向。（笔者人已经傻了，在之前的工作中我恰恰是使用了这样的算子检测手段，实现了粒子的检测，真没想到在这儿遇到了祖师爷。）Wei等人在[《. Wei et al., “Automated localization of implanted seeds in 3d trus images used for prostate brachytherapy,” Medical Physics, vol. 33(7), pp. 2404–2417, 2006》]中从背景图和植入后的超声图像之间的减影图中分割出粒子，然后将PCA方法应用于方向检测。 还报道了粒子在X射线图像中的定位，例如在[《 Lee et al.,“Prostate Brachytherapy Seed Localization with Gaussian Blurring and Camera Self-calibration”,MICCAI, pp. 636-643, 2008.》]中使用高斯模糊图像进行体积重建，取得了有意义的进展。 Chng等人在[《Chng et al., “Prostate brachytherapy postimplant dosimetry: Seed orientation and the impact of dosimetric anisotropy in stranded implants,” Medical Physics, vol. 39, pp. 721–731, 2012.》]中估计了从切向量到粒子链的粒子切线的方向，该粒子链在植入CT后的每个粒子位置处确定。 大量论文都考虑了粒子的发散，其实际方向通常更接近计划的粒子。 但是，这些类型的粒子限制了临床医生规划剂量的能力。 而且，这些方法不能处理union-seed。
我们已经开始在机构中开发植入手术后图像处理软件，强调较小的计算复杂性和粒子检测的高效率。 在这项研究中，我们利用CT图像中放射性粒子的高强度外观，寻求一种基于阈值化和关联成分分割的解决方案。除了精确定位粒子位置和方向外，我们还进行了对union-seed的分割。 在此，将PCA方法用于方向估计，并改进了k均值分割方法。 本文的组织结构如下：在第二节中，介绍了此工作中使用的材料；在第三节中，我们描述了建议的解决方案；在第四节中报告了对来自体模和一名匿名患者的数据集的评估。 然后，我们将在第五节中讨论该方法的主要贡献和潜在扩展。

2.材料

格勒诺布尔大学医院的临床团队使用BEBIGIsoSeed®$I-125$种子。 种子由圆柱形陶瓷材料制成，并在中心充满了放射性碘125化合物和金标记，它们全部被激光密封的钛管包围。 种子的外部物理尺寸为$l=4.5\pm 0.2mm$长和$r=0.4\pm 0.02mm$外部半径。碘125同位素以35keV的最大能量发射光子，半衰期为59.46天。 该信息由制造商提供。
3DCT图像是使用GE Lightspeed RT16扫描仪获得的，默认X射线管参数为：120kVp，380-440mA.s。切片宽度为0.625mm，每个切片为16帧/秒。图像重建矩阵以512x512的DICOM 3.0格式归档，具有16位灰度级。

3.方法

3.A 使用连接对象分割进行粒子定位

初始步骤是使用分割方法检测候选粒子列表。已经提出了图像处理中的许多方法来分割图像中的单个对象，例如图像分割、分水岭转换和水平集。 在本文中，由于仅使用强度阈值 $t$ 很简单且计算效率高，因此考虑了连接组件标记方法。 确实，我们首先根据 $t$ 对原始体积进行阈值分割，然后为每个连接的组件（26个像素为一个连接域）分配一个标签 $i$。与连接的组件相对应的所有体素都具有相同的标签，该标签对于其特定组件是唯一的。 将每个组件的位置确定为其质心 $c_i$。
在这项工作中，强度阈值 $t$ 的选择可以基于粒子的X射线吸收的图像特征和物理特征来启发式设置。 图2显示了在患者的CT图像中检测到的连接组件的示例。 我们可以假设骨盆骨骼是非常大的组成部分，其体积比种子的实际体积大100倍（表示为$RV=r^{}$