【生信学习第二天】Conda 0 基础入门安装

一、conda是什么，有什么用

• Conda是Python中用于管理不同软件包和虚拟环境的开源软件。使用Conda可以非常便利的使用数据科学、大数据处理、组学研究相关的包，Conda还可以帮助我们创建虚拟安装环境，从而方便的用于不同项目的科学研究。我们可以将其理解成 电脑软件管家。

• 而Anaconda 是一个用于科学计算的 conda 发行版，相当于conda是裸车，Anaconda安装了一些常用的配件，理解成高配车。

• 我们进行数据分析的时侯，需要下载很多版本的软件，每个软件各自依赖的环境不同，使得我们这种新手，安装软件到崩溃，conda就是拯救我们的福音，可以傻瓜式的安装软件，就像你安装了360电脑软件管家一样，轻松安装和使用软件，帮我们避免了环境依赖问题。

• 这里我们主要介绍用于大数据处理下 linux 系统下的 conda 的安装和使用。

二、下载和安装 Conda

# 2.1 下载的为linux版本
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

# 其他版本可在下面的网站下载

https://repo.anaconda.com/archive/

# 2.2 给安装包执行权限
chmod 777 Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

# 2.3 安装 conda，一路 yes 就可以
bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

# 2.4 将conda 写入环境变量，在任何位置就都可以调用 conda

vim ~/.bashrc

# 2.5 在最后一行粘贴上【anaconda3软件下 bin 文件的绝对路径】,Ese退出编辑，键盘按 shift+:  然后输入：wq 保存并退出。

export PATH=$PATH:/home/anaconda3/bin/
:wq

# 2.6 激活环境变量

source ~/.bashrc

# 命令行输入 conda 看看是否显示 conda 正常运行

conda

三、配置 conda 下载镜像

• 下载镜像可以理解成，你用 conda 从国外下载软件速度很慢，国内有一个一摸一样的仓库（镜像）存储着这些软件，你从国内下载就快了。

# 3.1 查看已经配置的下载地址

conda config --show channels

# 3.2 添加现在速度比较快的镜像地址【南京大学】

conda config --add channels https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

# 3.3 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

# 3.4 删除镜像地址，比如删除清华的镜像
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

# 3.5 一次清除所有镜像
conda config --remove-key channels

# 3.6 设置镜像可以灵活切换下载
conda config --set channel_priority flexible

四、创建虚拟环境，安装软件

• 这个虚拟环境，可以理解为 conda 是一个整栋房子，其中的一个个房间就是一个个虚拟环境，你可以配置这个环境的所有东西，而不会影响其他环境。并且很多软件因为新旧更替，不同的软件依赖的底层环境不同，因此可以将一类RNA-seq分析流程软件放在一起，或者将一些很难安装的软件单独放在一个环境中。

# 4.1 创建虚拟环境，例如创建一个名为：RNA-seq 的环境，指定 python=3.8版 本
conda create -n RNA-seq python = 3.8

# 4.2 激活 RNA-seq 环境
conda activate RNA-seq

# 4.3 开始安装软件，首先搜索软件

在这个anaconda 网站搜索软件 https://anaconda.org/

# 4.4 比如安装 bowtie，搜索 bowtie的不同版本，速度比较慢 

conda search -c bioconda bowtie

# 4.5 会搜索到 1.3.1， 1.3.0等等 ，因为我们的环境是python=3.8，选择对应的1.3.0版本安装。--yes确定安装，不需要手动再确认了，

conda install -c bioconda bowtie=1.3.0 --yes

# 4.6 软件会默认安装在当前RNA-seq环境中，安装完成，验证一下安装结果

bowtie -h 

# 4.7 如果想退出这个RNA-seq环境

conda deactivate RNA-seq

# 4.8 查看已经创建的虚拟环境

conda info -e

# 4.9 删除 RNA-seq 虚拟环境
conda remove -n RNA-seq --all

五、管理软件

# 5.1 更新 conda ,我更新我自己
conda update 软件名
conda update conda
 
# 5.2 删除软件
conda remove bowtie 

# 5.3 查看安装软件列表

conda list 

# 5.4 如果更换了电脑或者服务器，需要重新选择镜像和下载软件，很麻烦，可以用下面的方法，保存自己的所有软件名称和镜像，一次性下载。

conda list -n rnaseq --export > rnaseq_list.txt
conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml

六、conda使用的一些小技巧

• 比如用 conda 安装 软件太慢了，有没有升级版的下载软件，像IDM下载速度一样快的软件，当然有了 就是 mamba 。

# 6.1 安装mamba

## 6.1.1 首先去 搜索mamba，

https://anaconda.org/

## 6.1.2 然后通过确认符合自己环境的版本

conda search -c conda-forge mamba 

## 6.1.3 开始安装
conda install -c conda-forge mamba=0.25.0

# 6.2 使用mamba，非常简单 就是将所有的conda 都换成 mamba 命令就可以了

mamba search -c bioconda samtools
mamba install -c bioconda samtools

下载速度非常快。

• 每次都需要激活环境，命令太长，可以用ac 代替conda activate

• 同理，我们每次查看文件都是后 ls 的结果并不容易读，可以改成我下面的lr，可以更方便我们查看文件。

# 6.3 快捷键 lr 和 ac

vim ~/.bashrc
 alias lr='ls -ltAh --color' 
 alias ac='conda activate'

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每日科研小工具-20220930

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参考文献

• Anaconda 源使用帮助 — NJU Mirror Help 文档 (njuer.org)

• Conda — conda documentation

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