【生信笔记】CONDA常用命令

1.下载安装

详见官方文档。

2.创建环境

#create new env
$ conda create -n <env name> python=<version> ipykernel
#clone env
$ conda create -n <B env> --clone <A env>

3.安装包及环境配置

#show envs
$ conda env list

#activate env
$ conda activate <env name>

#add channels
$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge

#install pkg
$ conda install -c <channel name> <pkg name>
#upgrade pkg
$ conda update <pkg name>
#remove pkg
$ conda uninstall <pkg name>

#quit
$ conda deactivate

#remove env
$ conda remove -n <env name> --all

#jupyter related (kernel)
$ python -m ipykernel install --user --name <env name> --display-name "kernel name" #must add ""