【生信笔记】文献原始数据下载

一、查找数据信息

在文章中找到获取原始数据的相关描述，访问相应的数据库进行下载（如下图所示）。

二、下载数据

方法一：使用sratoolkit下载

从SRA Run Selector下载所有样本SRR号（SRR_Acc_List.txt）。

下载命令：

$ prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

这种方式下载的数据格式为.sra，需要转为.fastq。

$ for i in $(find . -name '*.sra');do fastq-dump --gzip --split-files $i;done

方法二：使用aspera下载

这种方式可以直接下载.fastq文件。

1）在ENA数据库搜索数据号，下载包含aspera链接的文件。

2）简单处理链接文件并下载数据

$ for i in $(cut -f8 link.file |sed 's/;/\n/g' | tail -n +2);do ascp -v -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${i} ./;done