json解析图片_WDL教程解析hello world与一些小坑

WDL教程-解析Hello world

与一些小坑

新的学期 再接再厉

上一篇

介绍了一个初次运行的例子，但是即便是Hello world中我们也是有一些东西可以展开聊一聊的。在这一篇当中，我们重点说说几个细节。

01

WDL文件解析

workflow Whello{String abc call hello{   input:   abc=abc } call gzip{   input:   txt=hello.echo_out_file }}task hello {  String abc  command {     echo ${abc} >a.txt  }  output {    File echo_out_file = "a.txt"  }}task gzip {  File txt  command {     gzip -c ${txt} >a.txt.gz  }  output {    File gzip_out="a.txt.gz"  }}

1. 在这个WDL中，首先定义了一个workflow,"Whello",它有一个输入，字符串“abc”，它一共call了两个tasks，“hello”和“gzip”。task “hello”的输入是workflow的输“abc”，task “gzip”的输入是一个文件，是来自task “hello”的“echo_out_file”。

2. 在task hello中，定义了输入字符串“abc”，与workflow的adc相比，类似于全局变量与局部变量概念。它的command是执行echo命令，输出则是定义了“a.txt”

3. 在task gzip中，定义了输入文件“txt”，它的command是gzip压缩输出文件。

4. 细心的话，可以注意到，workflow叫“Whello”，有个task叫“hello”，除了能看出来我取名字的随意程度之外，不难想到workflow与task不能同名。

02

json文件解析

{  "Whello.abc": "abc"}

1. workflow中的变量可以通过这个json格式的输入文件来传入。

2. json文件的格式为"workflow名字.workflow变量名"："变量的值"。

3. 如果你习惯在workflow和task取名的时候使得“.”符号的话，请尽快改掉这个习惯吧。

4. 记得检查json的逗号……

03

输出目录解析

1. 运行结束会在当前目录生成cromwell-executions和cromwell-workflow-logs两个文件夹。

2. cromwell-executions目录结构为cromwell-executions//<随机码job id>//executions,所有的输入会在这里

3. cromwell-executions/>/<随机码job id>/>/inputs，在这里文件夹中是每一个task的输入。

   这里额外强调一下，每一步的File类型的input都会保存在这里，不管task是流程的第几步，都是如此。默认是硬链接。平时大家软链可能用的多一些，硬链虽然看上去像是普通文件，du查看也占存储空间，但实际上并不会浪费空间。

以上就是cromwell的安装、与初运行。后面我们将对一些细节进行补充说明。

过往教程：

WDL教程-基本概念篇

WDL教程-cromwell篇

本文所有内容，包括文字、图片、音频、视频、软件、程序、以及网页版式设计等均在网上搜集。欢迎转发，转载请注册出处。