知识图谱
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未空blog
沙弥虽小,终成法王
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DrugBank总结
DrugBank是一个药物数据库,最近复现论文的时候总是用到这个数据库,但都是github上作者处理好的数据,我一直想看看drugbank长得啥样,就从官网上拿到了DrugBank数据集来看看获取:drugbank是一个开源数据集,可以在官网上下载,但是是需要获得别人的许可的,要给人家发邮件,得到许可之后就可以下载啦,过程挺漫长的。。。其实也就来回几封邮件的事,但是人家在加拿大,每次回我邮件都是凌晨,2点3点5点。。。而我回人家的时候就下班了。。。然后还有周末人家可能不上班,来来回回四五天才拿到。格原创 2022-03-26 15:17:23 · 6341 阅读 · 14 评论 -
DESC_MOL-DDIE模型复现记录(发现问题)
只是做记录哈,遇到的问题,不知道跑不跑的通还,如果能够对后来人有帮助就是最好了1.首先就是下载语料库数据集GitHub - isegura/DDICorpus找到2013版本.zip,这里我看到一个BRAT一开始不知道是什么,还查了一下,我们应该用不到这个把数据集下载下来然后看readme,主要是LINUX命令不熟悉在这里兜了一会儿圈,遇到的奇怪LINUX命令总结_未空blog的博客-CSDN博客这个是将xml格式语料转成BRAT 再存进tsv文件里的代码,还有一个很...原创 2022-03-28 16:32:29 · 1905 阅读 · 5 评论 -
DGLHeteroGraph object has no attribute ‘parent_eid‘
subgraph.edata['type'] = self.graph.edata['type'][self.graph.subgraph(nodes).parent_eid]AttributeError: 'DGLHeteroGraph' object has no attribute 'parent_eid'这个应该是版本的问题,我查到的结果是:# 从 0.5 开始,通过 DGL API 提取的子图自动继承父图的节点和边特征。DGL 还保存原始节点/边 ID subg.ndata[dgl.N.原创 2022-03-13 21:12:16 · 1607 阅读 · 0 评论 -
dgl.from_networkx()报错
raise DGLError('DGLGraph.from_networkx is deprecated. Please call the following\n\n'dgl._ffi.base.DGLError: DGLGraph.from_networkx is deprecated. Please call the followingdgl.from_networkx(nx_graph, node_attrs, edge_attrs), which creates a new DGLGrap原创 2022-03-13 15:28:58 · 2226 阅读 · 5 评论 -
SumGNN部署实验&lmdb.ReadonlyError: mdb_dbi_open: Permission denied
pytorch环境已经创建好了https://github.com/yueyu1030/SumGNN下载下来python train.py -d drugbank -e ddi_hop3 --gpu=0 --hop=3 --batch=128 --emb_dim=32 -b=10根据自己需要调整参数。我报错:Traceback (most recent call last): File "train.py", line 222, in <module> m原创 2022-03-10 16:25:40 · 2255 阅读 · 4 评论 -
Network embedding in biomedical data science
目前大多数基于网络的方法都存在时空复杂度高的问题,在生物医学网络中,如何操作高维的稀疏向量仍然存在挑战。最近的网络嵌入技术发展提供了一种有效的范式来解决网络分析问题。在将网络映射到一个低位空间同时最大限度保留结构属性。这样下游的任务(链路预测,节点分类)就可以用传统的机器学习方法来解决了。本文综合调研了应用network embedding 来提高生物领域的内容。本文先简单介绍一些广泛使用的网络嵌入模型。然后仔细讨论网络嵌入方法是怎么被执行在生物医药网络上和他们怎么在生物科学下游任务上起到加速作用。生物原创 2022-01-20 11:47:41 · 810 阅读 · 0 评论