SumGNN部署实验&lmdb.ReadonlyError: mdb_dbi_open: Permission denied

pytorch环境已经创建好了

https://github.com/yueyu1030/SumGNN

下载下来

python train.py -d drugbank -e ddi_hop3 --gpu=0 --hop=3 --batch=128 --emb_dim=32 -b=10

根据自己需要调整参数。

我报错：

Traceback (most recent call last):
  File "train.py", line 222, in <module>
    main(params)
  File "train.py", line 32, in main
    kge_model=params.kge_model, file_name=params.train_file)
  File "/home/chengbt/SumGNN-master/subgraph_extraction/datasets.py", line 71, in __init__
    self.db_neg = self.main_env.open_db(db_name_neg.encode())
lmdb.ReadonlyError: mdb_dbi_open: Permission denied

没查到和我一样的错误,定位到源码，命令行执行不方便调试，打印信息如下

报错是在71行，也就是db_name_neg（train_neg)出现问题，70行是成功的，说明大概率不是语法的问题

 lmdb不会用。。。。

python（八）：python使用lmdb数据库 - jasonzhangxianrong - 博客园

 也就是说文件夹下不一定有，只要是一个文件夹就行，然后data.mdb和lock.mdb是配套的，可能train是一个表？

 

 按照上面发的链接教程看下data里是什么东西，可以看到弹出来是一个train_pos，那么71行那个train_neg可能就是没有的。。。

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找到问题了，还没解决，我打开https://github.com/yueyu1030/SumGNN/tree/master/data/drugbank

看一看，发现这个里面是没有subgraphs_en_True_neg_0_hop_3的，可能这个是程序自己生成的。

定位到这里，生成的这个文件夹。

我先删了试试，看不懂跑通再说，好了跑通了，不知道后面会不会出问题，先存着

接上：跑了几个小时了，代码我看不懂，然后报了个dgl的错误，这代码看不懂改了这个我想还会有其他的问题，所以我决定先学一下dgl

number of relations:86
Traceback (most recent call last):
  File "train.py", line 222, in <module>
    main(params)
  File "train.py", line 32, in main
    kge_model=params.kge_model, file_name=params.train_file)
  File "/home/chengbt/SumGNN-master/subgraph_extraction/datasets.py", line 100, in __init__
    self.graph = ssp_multigraph_to_dgl(ssp_graph)
  File "/home/chengbt/SumGNN-master/utils/graph_utils.py", line 78, in ssp_multigraph_to_dgl
    g_dgl.from_networkx(g_nx, edge_attrs=['type'])
  File "/home/chengbt/anaconda3/envs/pytorch/lib/python3.6/site-packages/dgl/heterograph.py", line 6027, in from_networkx
    raise DGLError('DGLGraph.from_networkx is deprecated. Please call the following\n\n'
dgl._ffi.base.DGLError: DGLGraph.from_networkx is deprecated. Please call the following

	 dgl.from_networkx(nx_graph, node_attrs, edge_attrs)

跑一下几个小时再报错真的很头痛。。。