python 按照空格分割 的结果_python可视化三维分割结果

三维医学图像分割中，经常需要查看下分割结果，一种方法是保存下来，用专门的看图软件打开，比如ITK-SNAP，这样的弊端是太麻烦。

如何在IDE里直接显示分割结果呢？

用下面这个包就可以，是ImagePy作者开放的，非常轻量级，速度也很快。

https://github.com/Image-Py/myvi​github.com

使用方法如下：

1. 下载数据和代码

https://github.com/JunMa11/myvi​github.com

跟原始代码相比，笔者fork的代码增加了spacing参数

2. 运行下面的代码（比如spyder）

"""
Created on Fri Mar 20 11:17:17 2020

@author: MA
"""
import nibabel as nib
from myvi import myvi
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndimg

# get img data and spacing
nii = nib.load(r'path todataorgan.nii.gz')
imgs = nii.get_data()
zoom = nii.header.get_zooms()
# smooth (may loss details)
organ_1 = ndimg.gaussian_filter(np.float32(imgs==1), 1)
organ_2 = ndimg.gaussian_filter(np.float32(imgs==2), 1)
organ_3 = ndimg.gaussian_filter(np.float32(imgs==6), 1)

# vts, fs, ns, cs是节点，表面，法向量，颜色
vts, fs, ns, vs = myvi.util.build_surf3d(organ_1, 1, 0.5, zoom)
vts2, fs2, ns2, vs2 = myvi.util.build_surf3d(organ_2, 1, 0.5, zoom)
vts3, fs3, ns3, vs3 = myvi.util.build_surf3d(organ_3, 1, 0.5, zoom)

manager = myvi.Manager()
manager.add_surf('spleen', vts, fs, ns, (1,0,0))
manager.add_surf('pancreas', vts2, fs2, ns2, (0,1,0))
manager.add_surf('liver', vts3, fs3, ns3, (0,0,1))
manager.show('Organ 3D Demo')

显示结果如下