不支持卸载修补程序包_物种分布模型相关的R程序包列表

前言

最新版本参见 https://github.com/helixcn/sdm_r_packages

自从BIOMOD程序包在CRAN发布以来，众多的生态学家将注意力集中到R。

这是因为：

用R语言开发软件包相对容易，R中的数据对象类型容易学习和理解，数据读取等也非常容易。

近些年诞生的一些R程序包，让R十分方便地处理shape文件和raster文件等， 这就让物种生态位建模中加载环境图层，读写其他软件安生成的文件以及保存结果非常方便。

绘图是R的优势之一，用户一般不需要特别复杂的编程，就可以生成精美的图形，而物种生态位模型研究中用图形展示结果非常重要。

计算性能方面，R程序可以与C或C++写的代码完美结合，克服了计算瓶颈。这就让物种生态位模型中常用的random forest, boosted regression trees, randomization test, cross validation, bootstrap等都能在可接受的时间内完成。

R本身有较为完备的文档系统，近几年诞生的knitr, Rmarkdown等程序包， 让编写软件包指南变得非常容易。有了良好的文档系统， 用户也更容易学习和使用R程序包。

R拥有庞大的用户群，通过R-sig邮件组, github以及stackoverflow等网站用户可以很快找到大部分问题的解决方案，其中当然也包括很多物种生态位模型预测相关的问题。

物种生态位建模的程序包很多，大部分在CRAN集中保存。不过CRAN上的程序包已经超过12000个，虽然CRAN task view已经按照程序包所属的类别分别做了介绍， 但是目前仍然没有一个专门针对物种生态位模型的CRAN task view。这些程序包混在这12000多个程序包中，难以寻找。

为此，本人整理了CRAN或者github上与物种生态位模型分析相关的程序包列表，希望能反映近几年的最新进展，以方便相关工作人员查找和使用。

由于掌握的信息有限，难免有很多错漏，望读者提出宝贵意见。

R程序包列表

• adehabitatHS :分析动物栖息地

• adespatial: 多元、多尺度物种分布空间分析， 维护者是Stephane Dray, 该程序包中的forward.sel函数与packfor包功能相似

• ALA4R:查询澳大利亚The Atlas of Living Australia (ALA) 网站动植物分布记录

• BIEN:查询NCEAS的BIEN数据库，包括物种分布记录、性状、样方数据和系统分类位置等 http://Bien.nceas.ucsb.edu/bien/

• biogeo:用于检查分布点数据的质量，以提高物种分布模型的准确性。

• biomod2:用于多种物种生态位模型的整合建模， 这是Wilfried Thuiller研究组开发的程序包， 是biomod的继承与发展。

• bossMaps :用于将基于专家意见的物种分布图(如野外手册中的分布图)转换为连续分布面数据。用于进一步校正物种分布图

• cocorresp:基于Co-CA方法，进行群落水平的物种相关性检验

• coenocliner:群