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RSS订阅原创 生物信息基因处理工具 Biopython、pysam
参考：https://github.com/biopython/biopythonhttps://github.com/pysam-developers/pysam1、BiopythonDNA、RNA、蛋白数据处理参考：https://biopython.org/wiki/Documentation序列处理 Seqreverse_complement_rna和reverse_complement结果是与原序列反着的pip install pysampysam - 多种格式基因组数据（sa
2022-10-30 18:51:08
811
原创 化学分子 降维算法umap、聚类算法hdbscan和kmeans
参考：https://github.com/iwatobipen/chemo_info/blob/master/chemicalspace2/HDBSCAN_Chemoinfo.ipynbhttps://www.cnblogs.com/liulunyang/p/14275612.html代码：这是聚类0中心的数据展示这是聚类20中心的数据展示
2022-10-27 17:32:36
1305
原创 化合物分子可合成性打分 SA_Score；rdkit QED定量评估类药性
参考：https://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Contrib/SA_Score化合物分子可合成性打分 SA_Score
2022-10-27 09:55:33
2838
原创 rdkit 计算环GetRingInfo、芳香环数GetIsAromatic；化合物去盐SaltRemover；带电荷数计算GetFormalCharge
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87350161。
2022-10-26 10:34:00
1812
原创 linux ufw与firewalld防火墙问题产生端口或外网访问ip失败
参考：https://blog.csdn.net/universsky2015/article/details/127181579https://blog.csdn.net/qq_39505065/article/details/107234211
2022-10-24 21:49:56
1999
原创 smilesDrawer 网页前端可视化化合物simles分子；flask 集成显示smilesDrawer插件；3Dmol.JS 前端页面显示插件；rdkit simles转svg格式html文件
layout.html 模板文件供上面主html调用。base.html 主入口html文件。3）static js或css存放文件。2）templates html文件。
2022-10-23 13:13:30
1167
原创 rdkit 同一个化合物的多种SIMLES格式生成；片段分子 两个R-groups基团字符串拼接
片段生成可参考：https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127377633。正常处理字符串可能会有上诉的问题，所以这里简单调用本文章第一个用rdkit接口同一个化合物生成的多个smiles，然后选取连接点（*星号）在最后的那个拿来做对接。（*星号）都在前面，字符串拼接前需要处理反转下；正常字符串反转simles没有很简单，特别在括号，等号，和括号对应的侧链位置都可能丢失。1）两个片段结构：“*OCCOc1ccccc1” ,'
2022-10-22 17:23:32
736
原创 mol2vec 分子向量相似度算法
需要把github项目下载下来才能正常使用；gensim版本安装3.6，不要安装大于等于4。参考：https://github.com/samoturk/mol2vec。
2022-10-21 19:44:55
844
原创 rdkit分子指纹生成；相似性检索
pubchempy包可以下载pubchem网站上分子，但速度慢。数据源：1.txt是找的一些pubchem 分子id值。
2022-10-20 22:12:40
1189
原创 rdkit Recap、BRICS分子片段拆分与合成
主要是这个函数Chem.FragmentOnBonds 的拆分实现，dummyLabels=[(0, 0)] 第一个0表示前面替换，后一个对应后端;这里元组只能是数字()(,)((),())
2022-10-17 22:16:49
1846
原创 远程可视化控制ubuntu桌面；ubuntu安装搜狗输入法、微信；google浏览器代理访问不了系统不受支持问题解决
远程ubuntu系统会因为不同桌面导致链接黑屏或灰屏；如果ubuntu系统是自带的GDM（gnome）
2022-10-17 15:19:28
1263
原创 rosetta软件ubuntu编译安装；PatchDock 安装使用问题
参考：下载（需要先注册License）：https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download安装文档：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build#downloading-rosetta。
2022-10-17 14:54:02
1926
3
原创 rdkit 子结构查询HasSubstructMatch、替换ReplaceSubstructs、删除DeleteSubstructs；片段切割FragmentOnBonds
参考：https://blog.csdn.net/wufeil7/article/details/113056171。
2022-10-15 17:29:18
790
原创 rdkit读取sdf、mol2 转换图片保存、sdf转smiles；PandasTools AddMoleculeColumnToFrame增加列图像展示及SaveXlsxFromFrame保存到表格
注意： 1、AddMoleculeColumnToFrame产生的格式 molCol='ROMol’不能为空 none不然保存会报错。参考：https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1。
2022-10-14 23:23:25
4645
5
原创 免费快捷小工具：图片翻译；pdf 阅读器软件、pdf翻译工具
google翻译也可以，这里推荐沙拉查词，直接在浏览器应用商店可以搜索。b、pdf翻译工具===copytranslator。a、pdf 阅读器软件，偏科研—棵岩阅读。
2022-10-09 15:19:30
838
原创 pymol安装使用；vscode蛋白质可视化插件 protein viewer；rcsb pdb，fasta蛋白wget下载
a、 ctrl +shift+ p 调出框输入 Start Protein Viewer ，命令后即可输入PDB or AlphaFoldDB 库的蛋白质id。1） a Protein Structure from the PDB or AlphaFoldDB 支持pdb库蛋白搜索和本地文件导入。参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296。可以申请教育学生，可以不是学校邮箱一般也可以。2、 也可以直接下载安装包安装。
2022-10-09 11:06:18
2756
原创 蛋白质结构预测 AlphaFold2、ColabFold、Uni-Fold、ESMFold
AlphaFold2：官方地址 https://github.com/deepmind/alphafoldColabFold：高效封装加速AlphaFold2及 Alphafold2-multimer（四级结构，多条氨基酸预测）Uni-Fold：深势科技参考AlphaFold2推出版本。
2022-10-01 22:32:05
6390
3
diffusers-flask-streamlit AIGC文生图代码案例，前端后端代码
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unidic-mecab 字符文件unidic-3.1.0下载
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yolov9 自有数据训练代码参考
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中文语音唤醒模型sherpa-onnx-kws-zipformer-wenetspeech-3.3M-2024-01-01 (C
2024-03-01
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