【方法篇】质谱手段分析组蛋白修饰类型

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核小体是染色质最小单元结构，由147个碱基的折叠DNA和8聚体组蛋白组成，组蛋白功能是通过一系列各种蛋白翻译后修饰来进行调节。这些修饰对于核小体的完整性至关重要，因为这些修饰控制着染色质的结构以及招募各种基因调控、DNA损伤修复和染色体凝聚的酶。尽管大部分科学家通过抗体富集的手段对组蛋白修饰进行确定，但是这些方法也有自身的限制，比如通量低，对过度修饰蛋白有偏好，因抗原表位可能被修饰所覆盖。

组蛋白修饰

表观遗传学定义为是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。表观遗传学调控对于生物体发育过程中起着非常重要作用，因为即使其DNA没有发生任何变化，但是生物体也会经历着显著的变化。

表观遗传调控需要几个关键的组成部分，包括组蛋白翻译后修饰(PTMs)、组蛋白变体、非编码RNA、DNA甲基化和DNA结合因子，每一个都通过不同的机制影响基因表达。

例如，DNA甲基化是一种较稳定的修饰，能够抑制基因翻译，而组蛋白变体和组蛋白修饰变化更为动态，并且可以通过各种形态影响染色质。组蛋白修饰主要分布在蛋白N端，是蛋白质暴露程度和变化程度最高的蛋白区域。然而，与普通蛋白相比核小体核心也有较高的修饰程度。尽管在过去十年中组蛋白修饰定义很确切，但是仍然有很多与这些修饰相关的功能并不明确。很大程度上由于大多数组蛋白并不是单独工作的，而是与其他进行协同作用，以改变特定的生物学过程例如基因转录。例如，p21基因上的组合修饰H3S10K14ac激活了它的转录，而这两个修饰中任意其中一个单独发生修饰都不会激活它的转录。HP1蛋白通过识别H3K9me2/me3将染色质聚集，并且