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RSS订阅原创 棕榈酰化的重要性揭示：从细胞信号传导到疾病治疗的新思路
该论文讨论了蛋白质棕榈酰化的功能和机制，这是一种可逆的脂质修饰，将许多信号蛋白锚定到质膜的胞质侧[1][1]。例如，论文指出，Ras蛋白的棕榈酰化对于N-Ras的激活和生长因子信号通路中的信号传播是必要的[1]。棕榈酰化的可逆性使其成为调节蛋白质活性的一个有吸引力的机制，这个特性引发了对负责棕榈酰化和去棕榈酰化的酶的密集研究[2]。然后，论文描述了蛋白质棕榈酰化的机制，包括负责添加和去除棕榈酸酯的酶，以及棕榈酰化在蛋白质-膜和蛋白质-蛋白质相互作用中的作用[1]。
2023-06-28 10:33:20
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转载 DIA技术在乙酰化修饰定量方面如何提高准确性
综上所述，DIA技术通过实现位点水平的乙酰化修饰定量、多离子片段的测量和高分辨率的定量分析等方法，提高了乙酰化修饰定量的准确性。高分辨率的DIA谱图可以提供更清晰和准确的峰形，从而减少信号重叠和混叠，提高定量结果的准确性。通过扫描整个蛋白质组，DIA技术可以检测到更多的乙酰化修饰位点，提供更全面的乙酰化修饰图谱，有助于发现新的乙酰化修饰位点和相关的功能调控网络。DIA技术允许全面扫描样本中的离子特征，从而实现更高的蛋白质组覆盖度和更准确的定量结果。
2023-06-16 11:19:14
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转载 科学家揭示S-去棕榈糖酶的基于活动的传感：化学技术和生物发现
S-棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰，棕榈酰链通过硫酯键连接到半胱氨酸残基上。2019年11月，Azizi团队在《ACCOUNTS CHEM RES》发表题目为《Activity-Based Sensing of S-Depalmitoylases: Chemical Technologies and Biological Discovery》的研究成果。该研究表明结论：虽然脂质最初被视为重要的疏水性屏障，但我们对脂质在细胞和生物体水平上的作用的理解仍在继续增长。它们不仅是重要的独立操作员，为细胞内
2021-04-05 22:14:40
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转载 揭示基孔肯雅病毒nsP1中的棕榈酰化半胱氨酸对于靶向富含胆固醇的血浆膜微结构域具有病毒基因组复制的功能性后果至关重要
S-棕榈酰化通过影响与蛋白质的结合来决定蛋白质的运输和稳定性。2020年5月，Bakhache团队在《J VIROL》发表题目为《Palmitoylated Cysteines in Chikungunya Virus nsP1 Are Critical for Targeting to Cholesterol-Rich Plasma Membrane Microdomains with Functional Consequences for Viral Genome Replication》的研究成果。
2021-04-04 23:13:36
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原创 【方法篇】液质联用（LC-MS）结合BAP方法分析蛋白泛素化修饰
此文1300字，阅读需要6分钟。泛素化是一种高度保守的多肽（76个氨基酸组成），可通过酶机制与底物蛋白结合，存在于所有真核细胞中。通过一系列的酶级联反应，通过E3或泛素连接酶将泛素部分转移到目标蛋白。泛素连接酶不仅可以将泛素偶联到靶蛋白上，还可以进行重复组装形成多聚泛素链。此多聚泛素链的化学性质决定其生物学功能，赖氨酸上48个泛素多聚链通过蛋白酶体促进底物的降解，蛋白酶体也是一种多聚蛋白酶复合物，泛素化蛋白被蛋白酶体水解的的过程在清除错误折叠蛋白中具有普遍作用，也是信号通路调控的一种常见机制。此外其他线.
2021-01-07 09:12:41
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原创 【分享篇】谷胱甘肽化蛋白的分析方法小结
此文1400字，阅读需要6分钟。谷胱甘肽是一种小的三肽(c- l-谷氨酰胺- l-半胱氨酸-甘氨酸)，以还原形式(GSH)或氧化形式(GSSG)存在，其中两个谷胱甘肽分子之间通过一个二硫键链接。谷胱甘肽通常被认为是维持细胞内还原环境中的氧化还原缓冲液，它保护许多类型的细胞免受活性氧（ROS），外源物质，以及重金属的伤害。例如在植物中，谷胱甘肽同样参与许多重要的生物学过程，包括开花, 细胞分化，细胞程序性死亡，病原体耐药性，共生和细胞周期。最新研究表明，谷胱甘肽也参与翻译后修饰即谷胱甘肽酰化，蛋白巯基化.
2021-01-04 09:23:55
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原创 【喜讯篇 IF=14.28 】Aims质谱客户在《Molecular Cell》发表最新文献
2019年1月28日，Cell系列子刊《MolecularCell》在线发表了题为"Pacer is a mediator of mTORC1 andGSK3-TIP60 signaling in regulation of autophagosome maturation and lipidmetabolism" 的研究论文。该文主要是由浙江大学基础医学院及浙大附属第二医院孙启明课题组完成，程侠卫博士（课题组博后）是论文的第一作者，孙启明研究员是该论文通讯作者。该课题受到科技部重大研发计划、国家自然科学
2021-01-04 09:13:02
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原创 【思路篇】一种研究蛋白甲基化修饰新思路
此文1000字，阅读需要5分钟蛋白甲基化是一种普遍存在的翻译后修饰，并且在生物体中参与转录，信号转到与DNA损伤修复等重要过程。甲基化反应是由甲基转移酶（MTase）介导的，它将活化的甲基集团从S-腺苷-L-甲硫氨酸（SAM）转移到氮氧硫为核心的氨基酸残基上。通过对甲基化蛋白组进行全局分析能够提供一些关于甲基化蛋白和和甲基转移酶的有用信息，同其他翻译后修饰一样，利用液相色谱串联质谱法（LC-MS/MS）直接从完整的蛋白质酶解产物中能够直接鉴定出数十种甲基化蛋白。另外，有一些特异性的富集方法应用在甲基化.
2021-01-04 08:51:27
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原创 【方法篇】不同处理方法对质谱分析互作蛋白的影响
特殊名词：AP-MS 亲和纯化-质谱联用PPIs 蛋白质-蛋白质相互作用on-beads 对亲和珠子上结合蛋白直接进行酶切处理elution-digestion 洗脱后溶解内进行消化mass spectrometry interaction statistics(MiST) 质谱相互作统计on-bead digestion in ammonium bicarbonatebuffer ABC法on-bead digestion in trifluoroethanolbuffer .
2020-12-31 09:06:01
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原创 【方法篇】研究RNA互作结合蛋白（RBPs）的方法
由于RNA结合蛋白（RBPs）显著的生物学功能，它们的表达情况和活性状态能否提供细胞系统的诸多信息。科学家们最近开发了一种新的技术手段，可称为相互作用体捕获手段，用于识别细胞中的活性RBPs。利用紫外线交联RBPs与RNA聚合物，并通过寡聚dT磁珠共价结合蛋白质。经过清洗后，再通过质谱检测结合蛋白。此实验方法大概耗时3天，并且该方法可以用在不同生物状态下，包括代谢、细胞周期、分化、发育或者对药物的反应等。已经有许多方法用于研究mRNA相互作用蛋白，例如采用全基因组矩阵和荧光RNA探针对酵母RBPs进行系.
2020-12-31 08:16:52
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原创 【方法篇】S-棕榈酰化蛋白修饰质谱鉴定方法
本文1000字，阅读需要5分钟S-脂酰化是长链脂肪酸主要是棕榈酸酯（C16:0, S-棕榈酰化）通过与蛋白质上的硫酯连接与半胱氨酸（Cys）残基共价链接。此可逆的翻译后修饰在真核生物中调节蛋白定位，哺乳动物生理学过程以及人类疾病。此处文章主要简单介绍了脂肪酸化学标记物与羟胺介导的S-脂酰化蛋白富集的整合和优化，以及直接标记修饰过的Cys残基以定位蛋白上脂质修饰位点。与以前方法相比较起来改进了富集的方法，此方法能够对许多蛋白质S-酰基化位点直接鉴定。蛋白的主要酰化作用包括S-脂酰化，N-豆蔻酰化，O-.
2020-12-30 09:56:00
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原创 【方法篇】基于LC-MS/MS手段分析与MHC结合的肽序列
此文1200字，阅读需要5分钟肽抗原与主要组织相容性复合体（MHC）编码的分子结合，并呈现在细胞表面形成T淋巴细胞的靶分子。自适应免疫系统这一关键环节可有助于消灭病原体感染细胞和癌症细胞，以及产生相应抗体，那么对这些抗原肽的鉴定，给新疫苗开发带来新的契机，新疫苗的目标就是产生有效的适应性免疫。在《Nature Protocols》上科学家发现了一种通过使用LC-MS/MS的方法对这些抗原肽进行分析的方法。该方法通过对MHC-肽段复合物进行免疫亲和捕获着手，然后提取其中的抗原肽并采用反向高效液相色谱-质.
2020-12-30 09:52:32
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原创 【方法篇】通过标记手段分析蛋白N-肉豆蔻酰修饰
蛋白标记手段在研究和辨别蛋白发生修饰类型实验中有重要作用。此篇介绍的是被称为肉豆蔻酰化的蛋白翻译后修饰位点，肉豆蔻酰化是一种由肉豆蔻酰CoA（后文简称NMT）催化的反应，将肉豆蔻酸（C14饱和脂肪酸）转移到蛋白质N端的反应。大肠杆菌是内源性不含有NMT，用来共表达NMT和被标记的目标蛋白，含有一个可以进行豆蔻酸反应的“点击”标签，此标签是一个功能集团，可以通过“点击”化学反应，例如叠氮化合物，可作为体外特异性位点标记的“手柄”。在此方法中提供了体内重组蛋白N端标记的实验方案，以及通过点击化学方法，可对蛋.
2020-12-28 21:50:37
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原创 【方法篇】质谱手段分析组蛋白修饰类型
本文2220字，阅读需要7分钟核小体是染色质最小单元结构，由147个碱基的折叠DNA和8聚体组蛋白组成，组蛋白功能是通过一系列各种蛋白翻译后修饰来进行调节。这些修饰对于核小体的完整性至关重要，因为这些修饰控制着染色质的结构以及招募各种基因调控、DNA损伤修复和染色体凝聚的酶。尽管大部分科学家通过抗体富集的手段对组蛋白修饰进行确定，但是这些方法也有自身的限制，比如通量低，对过度修饰蛋白有偏好，因抗原表位可能被修饰所覆盖。组蛋白修饰表观遗传学定义为是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传
2020-12-28 08:52:21
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原创 【分享篇】癌症蛋白相互作用与AP-MS
本文1400字，阅读需要5分钟大多数的细胞信号和监控回路是通过密集的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs)维持的。基因突变，表观遗传学的改变，以及细胞微环境的改变干扰PPIs的模式，从而导致癌细胞肿瘤生长。越来越多的证据表明，靶向特异性PPI的药物可能比抑制原癌基因蛋白活性的药物具有更高的特异性和疗效。因此，在一个特定的癌症中识别PPIs不仅提高了我们对个别癌症的认识，而且为治愈特定的癌症提供了治疗机会。图1非小细胞肺癌中异常互作蛋白的形成最新研究表明，表皮生长因子受体(EGFRs)显著改变了肺癌
2020-12-27 10:40:27
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原创 TOB1在T172和S320位点的磷酸化对胃癌的增殖和进展至关重要
本文1200字，阅读需要5分钟人ErbB2转录因子1或ErbB2-1 (TOB1)基因的换能器在抑制肿瘤的增殖、侵袭和转移中发挥重要作用。在肺癌、甲状腺癌、乳腺癌和皮肤癌中，称TOB1基因表达减少。在乳腺癌中，TOB1基因在MCF-7细胞中具有诱导凋亡的作用，TOB1可增加MDA-MB-231乳腺癌细胞对辐射的敏感性。TOB1可通过负调控c-myc表达、阻断PI3K/PTEN信号通路等多种途径抑制肿瘤细胞增殖。肿瘤抑制蛋白TOB1磷酸化的增加可能促进胃癌的进展。研究人员使用胃粘膜上皮细胞系GES-1和三
2020-12-26 11:28:03
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原创 【Cancer Research】由Y染色体LINC00278编码的新型微肽与AR信号通路介导的男性食管鳞状细胞癌相关
长链非编码rna (lncRNA)已被证实在许多疾病中发挥重要作用，包括食管鳞状细胞癌(ESCC)。 最近的研究报道了一些lncRNA编码功能性微肽。然而，ESCC与lncRNA编码的微肽之间的关系尚不清楚。在该文章中，研究人员鉴定了一个y -连锁lncRNA, LINC00278，它在男性ESCC中下调。LINC00278编码一种阴阳1(YY1)结合微肽，命名为YY1BM。YY1BM参与了ESCC的进展，抑制了YY1与雄激素受体(AR)的相互作用，而雄激素受体(AR)相互作用减弱通过AR信号通路表达eEF
2020-12-26 11:21:10
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原创 【IF=10.812 Molecular Plant】HDA9和WRKY53共同在植物胁迫中起拮抗调节作用
盐引起的非生物胁迫是植物所承受的常见环境胁迫之一，它对植物施加进化压力，反过来植物已经发展处复杂的反应去应对。因此对于盐胁迫反应机制的了解在许多生物技术应用中具有深远的意义，包括提高植物生产力和环境保护。盐胁迫反应的调节是一个受发育信号通路和环境信号通路控制的复杂过程。动态组蛋白乙酰转移酶（HATs）和组蛋白去乙酰化酶之间的平衡（HDACs）控制核小体组蛋白乙酰化水平，影响染色质结构和基因活性。HATs促进基因转录，而HDACs通常与转录抑制和基因沉默有关。HDACs是真核生物中高度保守的酶。在拟南芥中.
2020-12-26 11:19:59
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原创 【修饰篇】异戊烯化修饰蛋白的生物学功能
生物体在数十亿年的进化过程中，已经发展出来大量的翻译后修饰种类，以扩大和提高蛋白质功能的复杂性，以应队复杂的外部刺激和内部调整。异戊烯类脂质体对于真核蛋白质的修饰，即所谓的异戊烯修饰，控制着蛋白质定位和活性等一系列在生物调控的重要功能。异戊烯化修饰蛋白在不同物种之间比较保守，这就突出了脂质修饰途径在生物学和进化过程中的重要性。蛋白异戊烯修饰基于基因抑制以及药理学的抑制剂的相关机制，已经在不同细胞过程和疾病病理学方面深入研究。大部分异戊烯化蛋白是CAAX蛋白，异戊烯修饰通常是通过蛋白法酰基转移酶（FTas
2020-12-25 09:41:55
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