fileinput上传多个文件后台只拿到一个_R shiny练习一个在线火山图的Shiny应用

本文介绍了如何使用R Shiny创建一个在线火山图应用,允许用户上传DESeq2等分析结果的csv文件,自定义基因ID、logFoldChange和矫正p值列名,生成并展示火山图。详细步骤包括项目创建、网页布局设计、交互输出实现及应用部署。
摘要由CSDN通过智能技术生成

如果只学习而不练习,那么你就会一种自己好像会了的错觉。为了打破这种错觉,你就需要实际的去练习,在实践中应用你学习的知识。

如果不关心技术细节,可以直接阅读原文。

这是一个我做的画火山图的简单Shiny 应用,使用方法就是把你的DESeq2或edgeR,或limma,或者公司给你分析结果,以csv的格式上传。一定要有标题行,并且要注明你标题行中你的geneID列名是啥,logFoldChange列名是啥 矫正后的pvalue列名是啥,然后就可以上传了。


先要明确自己的要干什么:

应用能够接受用户上传的差异表达分析结果,然后返回一个好看的火山图,后续用户可以提供几个基因使其在火山图上进行高亮显示。

第一步: 创建项目

在RStudio中创建Shiny应用的项目,具体操作见GIF动图

6aa84b132f8b02874a896858b6e4680a.gif

构建网页布局

在PPT上绘制大致的布局,如下所示。

456167d18bc89125d969b32fb218dc0c.png

根据布局开始写代码,代码如下

# Define UI for application that draws a histogram

ui fillPage(

 theme = "yeti",

 tags$title("online volcano"),

 div(

   tags$header(p("在线火山图", style="font-size:40px"),

               p("作者:徐洲更", style="font-size:30px")),

   align = "center", style="color:#ffffff; background-color: #4d728d")

   ,

  # Sidebar with a slider input for number of bins

 sidebarLayout(

    sidebarPanel(

      # uploading file

      div(

      fileInput("csvFile", "Choose defferential analysis result File",

                accept = c(

                  "text/csv",

                  "text/comma-separated-values,text/plain",

<
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