如果只学习而不练习,那么你就会一种自己好像会了的错觉。为了打破这种错觉,你就需要实际的去练习,在实践中应用你学习的知识。
如果不关心技术细节,可以直接阅读原文。
这是一个我做的画火山图的简单Shiny 应用,使用方法就是把你的DESeq2或edgeR,或limma,或者公司给你分析结果,以csv的格式上传。一定要有标题行,并且要注明你标题行中你的geneID列名是啥,logFoldChange列名是啥 矫正后的pvalue列名是啥,然后就可以上传了。
先要明确自己的要干什么:
应用能够接受用户上传的差异表达分析结果,然后返回一个好看的火山图,后续用户可以提供几个基因使其在火山图上进行高亮显示。
第一步: 创建项目
在RStudio中创建Shiny应用的项目,具体操作见GIF动图
构建网页布局
在PPT上绘制大致的布局,如下所示。
根据布局开始写代码,代码如下
# Define UI for application that draws a histogram
ui fillPage(
theme = "yeti",
tags$title("online volcano"),
div(
tags$header(p("在线火山图", style="font-size:40px"),
p("作者:徐洲更", style="font-size:30px")),
align = "center", style="color:#ffffff; background-color: #4d728d")
,
# Sidebar with a slider input for number of bins
sidebarLayout(
sidebarPanel(
# uploading file
div(
fileInput("csvFile", "Choose defferential analysis result File",
accept = c(
"text/csv",
"text/comma-separated-values,text/plain",