求Seurat 3.1.2包激活无效

最新推荐文章于 2024-06-22 09:40:19 发布
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library(Seurat)
错误: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘multcomp’这个名字的程辑包

packageVersion(“Seurat”)
[1] ‘3.1.2’
3.6.3和1.2.5033的R,怎么解决？

乾晟
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用Seurat包来实现
06-01
好的，下面是在R语言中使用Seurat包进行主成分分析、计算p值以及执行t-SNE分析的示例代码： 1. 主成分分析 ```R library(Seurat) # 假设我们的数据存储在data矩阵中，每一行代表一个样本，每一列代表一个变量 seurat_obj <- CreateSeuratObject(data, project = "my_project") # 创建Seurat对象 seurat_obj <- NormalizeData(seurat_obj) # 标准化数据 seurat_obj <- ScaleData(seurat_obj) # 缩放数据 seurat_obj <- RunPCA(seurat_obj, pcs.compute = 20) # 进行主成分分析，设定计算20个主成分 ``` 2. 计算p值 ```R library(multtest) # 假设我们已经进行了t检验，并将结果存储在t_values中 # 假设我们要计算每个变量的p值 p_values <- mt.rawp2adjp(t_values, n = nrow(data), "BH") # 使用Benjamini-Hochberg方法校正p值 seurat_obj[["pvals"]] <- p_values # 将p值存储在Seurat对象中 ``` 3. t-SNE分析 ```R library(Seurat) # 假设我们要将数据降至20维，并进行t-SNE分析 seurat_obj <- FindNeighbors(seurat_obj, dims = 1:20) # 计算每个样本之间的邻居关系 seurat_obj <- FindClusters(seurat_obj, resolution = 0.5) # 根据邻居关系进行聚类 seurat_obj <- RunTSNE(seurat_obj, dims = 1:20) # 进行t-SNE降维，设定降至20维 ``` 需要注意的是，以上代码仅为示例代码，具体实现需要根据自己的数据和分析需求进行调整和修改。同时，Seurat包提供了丰富的可视化函数，可以帮助我们更好地理解和解释分析结果。
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