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RSS订阅原创 RFdiffusion使用报错:RuntimeError: nvrtc: error: invalid value for --gpu-architecture (-arch)
将torch升级到13.0或者以上的版本。Python 版本 3.9.19。即可解决，代码也可以运行。在执行以下代码时报错。
2024-05-07 20:03:13
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原创 报错解决： Error in idx[i, ] ＜- res[[i]][[1]] : number of items to replace is not a multiple of replace
原因：IntegrateData在整合对象时，如果有对象细胞数小于100就会报错。
2024-04-01 15:26:04
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原创 报错解决：Error in getClassDef(x@superClass, package = packageSlot(x))@virtual : no applicable method
Matrix版本问题。降级到1.6.1 即可解决。看版本是否为1.6.1。
2024-03-27 16:04:45
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原创 chip-seq测序分析流程
在ChIP-Seq分析的最后阶段，结果的整合和可视化是非常重要的步骤。IGV更适合于个体样本的深入查看和分析，而UCSC Genome Browser则更适合于呈现和分享数据。通过这些工具，您可以有效地展示您的ChIP-Seq数据，并对其进行深入的分析。在ChIP-Seq分析中，峰值调用可以以两种主要方式进行：对每个样本单独进行峰值调用，或者在结合对照组数据的情况下进行峰值调用。请注意，这些示例代码是基于您已经有了MACS2等工具产生的峰值文件（通常是.bed或.narrowPeak格式）。
2024-01-04 20:46:05
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原创 cellranger处理单细胞数据的一些错误记录
2、确认化学版本：确保您使用的是与您的测序实验相匹配的正确的化学版本。错误消息指出，FASTQ 文件 “T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz” 在第 0 行出现问题，可能是由于文件格式不正确或未被正确压缩。您可以使用 zcat T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz | head 命令来检查文件的前几行，确认它们是否以 ‘@’ 开头。4、重新下载或生成 FASTQ 文件：如果文件确实损坏或格式错误，您可能需要重新从您的测序平台获取或重新生成 FASTQ 文件。
2023-12-15 09:56:52
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原创 Error in h(simpleError(msg, call)) : error in evaluating the argument ‘con‘ in selecting a method
报错Error in h(simpleError(msg, call)) : error in evaluating the argument 'con' in selecting a method for function 'import': invalid class “GFF2File” object: undefined class for slot "resource" ("characterORconnection")Calls: suppressMessages -> withC
2022-04-27 10:46:01
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原创 ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
安装包时总是遇到各种问题，如下：ERROR: configuration failed for package ‘stringi’removing ‘/mnt/data4/zengwanqin/Rpackage/stringi’下载的程序包在‘/tmp/RtmpELrR7H/downloaded_packages’里Warning message:In install.packages(“stringi”) : 安装程序包‘stringi’时退出狀態的值不是0Error in dyn.l
2021-08-04 11:03:37
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原创 已解决：使用conda install 安装报错
使用conda install 安装报错Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Collecting package metadata (repodata.json): doneSolving environment: failed with initial f
2021-07-27 23:02:05
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原创 pip安装报错
安装fa2时报错：pip install fa2Looking in indexes: http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/WARNING: The repository located at mirrors.aliyun.com is not a trusted or secure host and is being ignored. If this repository is available via HTTPS we recommend you use
2021-07-25 18:43:14
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原创 各种组织的marker gene
最近做单细胞分群，总结一下我自己查文献查到的各种组织有哪些细胞，这些细胞的marker gene 是什么。一、bladder 膀胱bladdergenes_EC = c("Pecam1", "CD31") #endothelial cells genes_IC = c("Cd14")#immune cellsgenes_BEC = c("Epcam","Upk3a","Upk1b")# bladder epithelial cellsgenes_UIC = c("Grhl3")#umbrella
2021-04-21 17:23:25
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原创 报错： package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’
下载org.Hs.eg.db时报错：Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for ‘org.Hs.eg.db’, details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors这个问题我解决了很久，我也尝试用不同的安装方法安装，但是还不行然后通过师兄
2021-04-15 16:09:54
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原创 报错：ERROR: lazy loading failed for package
ERROR: lazy loading failed for package常用的服务器崩了 只能换台服务器，新的服务器好多R包都没有安装，今天安装DESeq2居然报错了各种R包，如果不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上我是用的以下安装方法，然后报错BiocManager:：install('DESeq2')然后我使用Github（https://github.com/）的devtools包，然后用devtools包里的install_github函数来进
2021-04-12 22:43:35
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原创 RNA-Seq数据分析，质控，STAR比对步骤
一、需要下载的软件fastqc、multiqc、starGitHub上STAR的网站：https://github.com/alexdobin/STARSTAR 我下的软件是2.6.1a版本的，自己根据需要下载合适的版本。 wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/2.6.1a.tar.gz tar -xzvf 2.6.1a.tar.gz#解压 chmod -R 755 STAR-2.6.1a#给执行权限
2021-04-04 18:04:39
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原创 报错：Error in int_abline(a = a, b = b, h = h, v = v, untf = untf, ...) : plot.new has not been called
当我进行以下代码时，报错hist(log2(rowSums(counts(dds) + 1)), breaks = 100, main = "Histogram of log2 gene counts")abline(v = log2(10 + 1), col = 2)错误信息：int_abline中的错误（a = a，b = b，h = h，v = v，untf = untf等）：plot.new尚未被调用解决办法：两行代码一起跑，不要单独跑。...
2021-04-02 16:32:24
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原创 单细胞质控：Singleron CeleScope使用方法
官方使用手册： https://gitee.com/singleron-rd/celescope/wikis/一、下载软件git clone https://gitee.com/singleron-rd/celescope.gitcd celescopeconda create -n celescopeconda activate celescopeconda install --file conda_pkgs.txt --channel conda-forge --channel bioco
2021-03-31 11:25:19
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翻译 空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）
使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。尽管分析流程类似于单细胞RNA序列分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互作用和可视化工具，特别着重于空间和分子信息的整合。本教程将涵盖以下任务，我们认为这些任务在许多空间分析中都是常见的：Normalization标准化Dimensional reduction and clustering降维和聚类Detecting spatially
2021-03-26 10:29:59
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原创 RNA编辑分析流程
首先需要安装reditools软件，这是2.0版本的下载链接wget -c https://github.com/tflati/reditools2.0/archive/master.zip解压unzip master.zip然后软件就安装好啦但是我准备安装1.0.3版本，代码如下：wget -c http://sourceforge.net/projects/reditools/files/REDItools-1.0.3.tar.gztar -xzvf REDItools-1.0.3.t
2021-03-25 18:10:21
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原创 xshell:安装软件的一些命令。
写这篇文章主要是因为自己下软件会遇到问题，有时候解决问题了后面就忘了，所以想记录一下一些下软件的方法一、wget命令wget有很多参数，一般用的比较多的是我们需要把软件下在指定路径下面，这时可用-P指定： wget -P 指定路径 下载链接当然，你也可以先cd进入你要下载到的路径，然后wget当下载比较大的文件时，遇到网络状况不好的情况，会中断我们的下载，所以一般下载软件时，可加-c参数，如下：wget -c 下载链接这样，可以实现断点下载，就不用担心网络问题啦。除此之外，wg
2021-03-25 17:51:27
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原创 报错：Error in value[[3L]](cond) : failed to connect reason
Error in value[[3L]](cond) : failed to connect reason: Timeout was reached: [bioconductor.org] Operation timed out after 10001 milliseconds with 0 out of 0 bytes received Consider rerunning with 'localHub=TRUE'出现这个报错说明当前网络不好。...
2021-03-22 21:25:56
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原创 报错：Error in unloadNamespace(package)
当我加载这个包的时候：library("spatstat")出现以下报错：Loading required package: spatstat.dataLoading required package: spatstat.geomspatstat.geom 1.65-5Loading required package: spatstat.coreLoading required package: nlmeError in value[[3L]](cond) : Package ‘nl
2021-03-22 10:10:11
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原创 SeuratData安装得用devtools安装
报错：或者用Bioconductor下载也会出现上图的报错解决方法：先下载devtools包然后通过devtools下载：library("devtools")devtools::install_github('satijalab/seurat-data')就可以下载成功啦！
2021-03-18 11:09:44
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原创 单细胞数据分群的几种方法
检验分群正确与否方法Findmarkers 函数singleRSeruat4.0一、Findmarkers 函数首先需要加载所需的R包和数据集library(Seurat) tiss<- #数据集加载以下为自己数据示例levels(tiss)markers_df <- FindMarkers(object = tiss, ident.1 = 1, min.pct = 0.25)markers_df #Fabp4", "Cdh5", "Cav1"文章中提到的pri
2021-03-17 19:33:10
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原创 报错：path not writeable、 package ‘XXX’ is not available
**Installation path not writeable, unable to update packages:xxx,xxx,xxxWarning message: package ‘scuttle’ is not available (for R version 4.0.2)**## 首先第一个报错：Installation path not writeable, unable to update packages:xxx,xxx,xxx原因：安装的R包的位置有多个解决方法：Sys.
2021-03-17 15:26:41
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原创 报错：加载Seurat包时object ‘markvario’ is not exported by ‘namespace:spatstat’
Error: object ‘markvario’ is not exported by ‘namespace:spatstat’ERROR: lazy loading failed for package ‘Seurat’解决方法：remove.packages(grep(“spatstat”, installed.packages(), value = T)).rs.restartR()devtools::install_version(“spatstat”, version = “1.64-
2021-03-16 19:18:26
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翻译 Seurat 4.0学习笔记（测试数据与参考数据集的比对）
Multimodal 参考数据的比对Intro: Seurat v4 Reference Mapping这篇文章介绍了将查询数据集比对到Seurat中并且将其注释的过程。在此示例中，我们将10X Genomics of 2,700 PBMC发布的第一个scRNA-seq数据集映射到我们最近描述的用228种抗体测量的162,000 PBMC的CITE-seq参考序列。我们选择了此示例来说明参考数据集指导下的监督分析如何帮助枚举在无监督分析中很难找到的细胞状态。在第二个示例中，我们演示了如何将从不同个体剖析
2021-03-09 16:09:12
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转载 Sublime Text3快捷键大全
Sublime Text3快捷键大全选择类Ctrl+D 选中光标所占的文本，继续操作则会选中下一个相同的文本。Alt+F3 选中文本按下快捷键，即可一次性选择全部的相同文本进行同时编辑。举个栗子：快速选中并更改所有相同的变量名、函数名等。Ctrl+L 选中整行，继续操作则继续选择下一行，效果和 Shift+↓ 效果一样。Ctrl+Shift+L 先选中多行，再按下快捷键，会在每行行尾插入光标，即可同时编辑这些行。Ctrl+Shift+M 选择括号内的内容（继续选择父括号）。举个栗子：快速选中删除
2021-03-09 15:14:16
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原创 外显子测序数据分析流程
外显子测序数据分析流程1、数据下载2、与参考序列比对（采用bwa）3、标记PCR重复4、碱基矫正5、质量控制6、VEP标记**数据下载**数据下载方式：/mnt/raid61/Personal_data/zhouran/soft/linuxnd login -u X101SC20030543-Z01-J077 -p cxpez225 /mnt/raid61/Personal_data/zhouran/soft/linuxnd cp -d oss://CP2018091214925/
2021-03-09 15:07:29
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空空如也
安装celldex老是出现以下问题怎么办？
2021-03-16
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