Java画韦恩图_R绘制韦恩图 | Venn图

解决方案有好几种:

网页版,无脑绘图,就是麻烦,没有写代码方便

极简版,gplots::venn

文艺版,venneuler,不好安装rJava,参见Y叔

酷炫版,VennDiagram

1. 网页版的就不说了,非常简单,直接输入数据就行;

2. 极简版

options(repr.plot.width=4, repr.plot.height=5)

vp

Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])))

6924282bb30caa93b0ad6a2f40e4abe8.png

cbfffd1e2279000d6bddbed20746da0f.png

3. 还没成功过,需安装rJava,代码如下:

set.seed(2017-11-08)

x

colnames(x)

yyplot::ggvenn(x)

4. VennDiagram,只能保存图为文件(三种可选:tiff, png or svg),非常实用和美观,但是不能做下游美化。

library(VennDiagram)

venn.diagram(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),

Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])),

fill=c("red","green","blue","yellow"), alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5),

imagetype = "tiff", category.names = rep("", 4),

height = 600, width = 600, resolution = 100,

cex=2, cat.fontface=4, filename="VennDiagram.tiff")

48e58dcb552e4fe10abd5dcf59e1c04f.png

参考:

ggplot2版本的维恩图 - Y叔公众号

标签:VennDiagram,venn,0.5,韦恩图,names,tiff,Venn,绘制,DEG

来源: https://www.cnblogs.com/leezx/p/11150524.html

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在R语言中,绘制韦恩图Venn Diagram)可以使用VennDiagram包。该包中的venn.diagram函数可以用来绘制韦恩图,下面是该函数的参数解释: 1. x:一个列表,包含需要绘制的集合的元素。 2. filename:输出像的文件名,包括文件路径和文件扩展名。 3. height:输出像的高度。 4. width:输出像的宽度。 5. units:输出像的单位,如“in”表示英寸,“cm”表示厘米。 6. type:指定韦恩图类型。可以是“elliptic”、“circles”或“square”。 7. category.names:元素名称的字符串向量,与元素在x中的顺序相对应。 8. fill:元素的填充颜色,可以是向量或字符向量。 9. lty:元素的线条类型,可以是向量或字符向量。 10. lwd:元素的线宽,可以是向量或字符向量。 11. cex:文本标签的字符扩展因子。 12. fontfamily:文本标签的字体类型。 13. fontface:文本标签的字体样式。 14. fontcolor:文本标签的颜色。 15. cat.cex:类别标签的字符扩展因子。 16. cat.fontfamily:类别标签的字体类型。 17. cat.fontface:类别标签的字体样式。 18. cat.fontcolor:类别标签的颜色。 19. cat.dist:类别标签与韦恩图之间的距离。 20. cat.pos:类别标签的位置,可以是“bottomright”、“bottomleft”、“topleft”或“topright”。 21. cat.default.pos:类别标签的默认位置。 22. cat.just:类别标签的对齐方式,可以是一个长度为2的向量,比如c(0,1)表示左对齐和顶部对齐。 23. cat.col:类别标签的颜色。 24. cat.fontsize:类别标签的字体大小。 25. euler.d:Euler韦恩图中的直径。 26. scaled:是否按比例缩放元素的大小。 27. rotation.degree:元素的旋转角度。 28. ind:一个逻辑向量,用于指定哪些绘元素应该被忽略。 29. key:是否绘制例。 30. key.position:例的位置,可以是“bottomright”、“bottomleft”、“topleft”或“topright”。 31. key.fontsize:例的字体大小。 32. key.fontfamily:例的字体类型。 33. key.fontface:例的字体样式。 34. key.col:例的颜色。 35. key.box.col:例的边框颜色。 36. key.box.lwd:例的边框线宽。 37. key.box.size:例的边框大小。 38. key.title:例的标题。 39. key.title.col:例标题的颜色。 40. key.title.fontsize:例标题的字体大小。 41. key.title.fontfamily:例标题的字体类型。 42. key.title.fontface:例标题的字体样式。 43. key.title.colside:例标题的位置,可以是“left”、“right”、“top”或“bottom”。 44. key.title.adj:例标题的对齐方式,可以是一个长度为2的向量,比如c(0,1)表示左对齐和顶部对齐。 45. key.title.position:例标题的位置,可以是“left”、“right”、“top”或“bottom”。 46. key.title.side:例标题的方向,可以是“top”或“bottom”。 47. key.title.rot:例标题的旋转角度。 48. key.width:例的宽度。 49. key.height:例的高度。 50. key.x:例的x坐标。 51. key.y:例的y坐标。 以上就是venn.diagram函数的参数解释。
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