coxphfit+matlab,R教程:Cox回归中,不满足PH假定时该怎么处理?

本文详细介绍了Cox比例风险模型中的比例风险(PH)假设,包括其含义、判断方法和不满足时的处理措施。通过R语言的实例,展示了如何通过假设检验和图形判断PH假设,并提供了处理不满足PH假设的模型调整策略。
摘要由CSDN通过智能技术生成

作为一个临床研究工作者,在日常分析数据过程中,我们大量地使用Cox比例风险模型,却往往忽略Cox比例风险模型的一个重要假设-PH假设。这就导致我们在投文章的时候,审稿人经常会要求文章中补充如何判断PH假设的部分。

笔者就曾经遇到过这样的问题,被审稿人要求增加PH假设的判断。审稿人的comments如下:

The assumption for the proportional hazards model might have been violated, as seen in Figure 4 where the KM curves crossed each other, So a single summary measure using a proportional hazards model might not be appropriate.

所以本期我们将从三个方面展开,力图一次性地解决PH假设的相关问题,首先介绍什么是PH假设,然后介绍PH假设的判断方法,最后介绍PH假设不满足时该如何处理。

前几期的推送有读者反应内容上公式有些多,所以本期尽量使用通俗的语言来说明PH假设的问题,但是还是会保留一定的数学公式,供想深入了解的读者学习,只是想在自己文章中解决PH假设问题的读者可以跳过这些公式。

(注:本文是R教程,我们后续还会推一期如何检验PH假定的SPSS教程,敬请期待!)

什么是PH假设

PH假设,即 proportional hazard assumption,指的是在使用Cox比例风险模型处理数据时,干预组与对照组的风险比(hazard ratio)在整个随访期间为常数,不随随访时间的变化而变化。(这里进行了简化处理,因为在投文章的时候reviewer主要关注的就是对于treatment来说PH假设是否成立,其实应该是所有纳入Cox模型的协变量都要满足PH假设)

Cox回归模型如下:

从上面的式子可以看出,当X1,...,Xk一定时,treatment等于1时的hazard为

treatment等于0时的hazard为

fe8f06b8f6216de82a84654984829da0.png

同理,对于其他协变量X1,...,Xk也一样。

PH假设的判断方法

PH假设的判断方法有两种:一种是基于回归方程的,一种是基于残差的。

1)基于回归方程的判断,这种方法的思路说起来非常简单,假设我们不确定对于treatment来说PH假定是否成立,那么我们不

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R语言可以使用survival包的函数coxph()来实现COX回归PH检验。COX回归PH检验是通过检验模型的残差是否与时间无关来判断模型是否满足比例风险假设。具体步骤如下: 1. 首先,加载survival包,并准备好生存数据集。 2. 使用coxph()函数拟合COX回归模型,并将结果保存在一个对象。 3. 使用cox.zph()函数来执行PH检验。这个函数会计算出每个协变量对应的模型残差和时间的相关性。如果相关性不显著,就说明模型满足比例风险假设。 下面是一个示例代码: ```R # 加载survival包 library(survival) # 准备生存数据集 data <- lung # 示例数据集 # 拟合COX回归模型 model <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex, data=data) # 执行PH检验 ph_test <- cox.zph(model) # 查看检验结果 ph_test ``` 输出的结果会显示每个协变量的检验结果,包括协变量名称、相关性系数和p-value。如果p-value小于显著性水平(通常为0.05),则可以拒绝原假设,即认为模型不满足比例风险假设。 参考文献: 本文选自《R语言临床预测模型:分层构建COX生存回归模型STRATIFIED COX MODEL、KM生存曲线、PH假设检验》 以上是Cox回归的主要内容,大家有问题可以加群或者评论区留言,下次继续介绍时依协变量Cox回归和时依系数Cox回归。参考资料 上次介绍了生存分析的寿命表、K-M曲线、logrank检验、最佳切点的寻找等,本次主要介绍Cox回归。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* [R语言临床预测模型:分层构建COX生存回归模型STRATIFIED COX MODEL、KM生存曲线、PH假设检验...](https://blog.csdn.net/tecdat/article/details/129943298)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* *3* [R语言生存分析:Cox回归](https://blog.csdn.net/Ayue0616/article/details/128561343)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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