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camma
这个作者很懒,什么都没留下…
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vcftools-linux-conda安装、使用
conda install -c bioconda vcftools原创 2021-09-08 09:30:53 · 2743 阅读 · 1 评论 -
aspera:Linux上安装使用
下载地址:https://www.ibm.com/products/aspera/downloads解压并安装:设置环境变量:下载千人基因组数据示例:#-v(详细模式)#-Q(用于自适应流量控制,磁盘限制所需)#-T(取消加密)#-k1(断点重连)#-l(限速)#-P (用于SSH身份验证的TCP端口,一般都是P33001)#-i (密钥路径)...原创 2021-08-23 15:49:45 · 2786 阅读 · 0 评论 -
VCF变异文件读取和详细
下载了千人基因组variants数据,是.vcf.gz和.vcf.gz.tbi文件格式,需要在linux上打开,此时我还是一个生信小菜鸡,记录一下vcf文件读取和详细解释。在服务器先解压再打开,gunzip 文件.vcf.gzcat 文件.vcf结果如下,60G+的文件太大了,只好读取一部分:VCF各列意义说明各列之间用tab空白隔开;前面9列为固定列,第10列开始为样品信息列,可以无限多个;#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMAT后面原创 2021-08-02 18:53:23 · 14448 阅读 · 24 评论