linux
camma
这个作者很懒,什么都没留下…
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Linux终端只显示base,不显示用户名跟路径
Linux原创 2022-11-21 19:22:11 · 2146 阅读 · 1 评论 -
SnpSift对vcf文件变异位点dbsnp注释
人类变异参考基因组:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/docs/human_variation_vcf/#file-updatehttps://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/SnpSift文档:https://pcingola.github.io/SnpEff/ss_annotate/进行rsId Annotate脚本:for chr in {1..22}; do java -ja原创 2021-12-21 16:42:31 · 842 阅读 · 0 评论 -
pysam
仅在Linux上工作安装:pip install pysam对于pysam,我是利用fetch方法来查询VCF文件,调用fetch方法需要先对vcf文件建立索引:/home/user/htslib/htslib-1.14/bgzip -c chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf > chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf.gzbcftools index -c chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf.gz然后生成一个csi文件。pytho原创 2021-12-19 22:25:02 · 1952 阅读 · 0 评论 -
shell脚本传参数
原创 2021-12-14 16:33:35 · 316 阅读 · 0 评论 -
shell脚本统计文件行数
https://www.jb51.net/article/61943.htm原创 2021-11-14 10:04:36 · 689 阅读 · 0 评论 -
awk传入变量
for chr in {1..22}; do awk -v nvar="${chr}" '{print $1"\t"$nvar"\t"$4"\t"$3"\t"$4}' chr"${chr}"_LD.map >chr"${chr}"_LD1.map; done原创 2021-10-25 09:05:53 · 521 阅读 · 0 评论 -
linux 运行shell 出现未预期的符号 `$‘do\r‘‘ 附近有语法错误
https://blog.csdn.net/lkwan123/article/details/79648852原创 2021-10-08 11:03:01 · 337 阅读 · 0 评论 -
bcftools安装
bcftools下载地址:http://www.htslib.org/download/Linux安装wget -c https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.13/bcftools-1.13.tar.bz2tar xjvf bcftools-1.13.tar.bz2^Ccd bcftools-1.13makemake install编译echo 'PATH=$PATH:/home/luoyang/bcftools/b原创 2021-10-07 15:35:45 · 6907 阅读 · 0 评论 -
awk新增一列
$ awk '{print "chr22",$1}' chr_pos.list>chr22_pos.list原创 2021-10-04 10:26:23 · 796 阅读 · 0 评论 -
awk截取某列某个字段
原始数据:我需要_后面的数值,即使用命令:less ld.prune.in | awk -F '_' '{print $2}'其中,awk -F"[a|b]" 指定分隔符是或的关系,即a或b作为分隔符。这里同时用冒号和逗号作为分隔符。参考:http://blog.sina.com.cn/s/blog_86186c970102yqxr.html...原创 2021-10-03 17:34:40 · 2243 阅读 · 0 评论 -
PyCapsule_Import could not import module “datetime“
linux环境下运行python脚本,出现错误:OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create failed for thread 11 of 64: Resource temporarily unavailableOpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 20 current, 24767342 maxOpenBLAS blas_thread_init: pthread_create failed for thread 12原创 2021-10-02 08:17:16 · 4495 阅读 · 1 评论