htslib/tbx.h库使用说明

简介

根据我的了解，这个库主要用来读取bed文件，以下在我的使用过程中整理出来的说明

由于bam bed文件比较大，pysam处理起来十分缓慢，因此需要使用C语言来处理。

读取文件

hts_open("filename_gz","r")   读bed文件

 tbx_index_load("tbi_filename")  读索引文件

查询

sprintf(reg,"%s:%d-%d",chr,pos,pos);

hts_itr_t *itr = tbx_itr_querys(bed->tbx,reg)   查询区域里的bed区间

迭代

tbx_itr_next(bed->fp,bed->tbx,itr, &bed->ks)    会将查询到的区间挨个迭代，保存到bed->ks.s

item->chr = strtok_r(bed->ks.s, "\t", &save);

item->beg = atoi(strtok_r(NULL, "\t", &save));

item->end = atoi(strtok_r(NULL, "\t", &save));

示例代码：

#include <htslib/tbx.h>
#include <htslib/faidx.h>

typedef struct
{
    htsFile *fp;  //文件
    tbx_t *tbx