调用htslib编译执行程序

htslib库的使用示例

使用samtools的过程中，有时需要我们自己编写程序对文件进行个性化处理，本文将展示如何进行编译执行程序。
htslib库中给出使用API的例子https://github.com/samtools/htslib/tree/develop/htslib，需要的可以阅读源码。
与普通c程序编译不同，普通c程序用到的库基本都是标准库，但是当用到像htslib这样的第三方库时，编译就会相对复杂。
直接使用gcc命令编译就会报错，无法找到对应的方法。

因此需要指定到相应的路径下去寻找库文件。

上面-Ihtslib选项表示到除了标准头文件目录之外的hstlib目录下去寻找头文件；-Lhtslib选项表示到除了标准库文件目录之外的htslib目录下去寻找库文件；-lhts选项用来指定htslib库文件。编译成功后可以看到此目录下生成samtest程序，直接执行此程序会提示
./samtest: error while loading shared libraries: libhts.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
表示不能正确加载htslib.so.3的动态链库。此时需要将htslib.so.3加载到环境变量LD_LIBRARY_PATH中。

此时再执行samtest程序就能看到正确执行的结果。