使用SimpleITK对volume文件进行插值处理

本文目的

在进行dicom文件分析时，往往会对其进行插值或者重采样处理，可以使用SimpleITK轻松完成。

代码如下

import SimpleITK as sitk

def getDicomSeriesVolumeImage(folderPath):
	'''
	读取dicom序列文件
	:para folderPath:dicom文件夹
	:return volumeImage:volume
	'''
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicomNames = reader.GetGDCMSeriesFileNames(folderPath)
    reader.SetFileNames(dicomNames)
    volumeImage = reader.Execute()

    return volumeImage

def interpolate(volumeImage, newSpacing):
	'''
	插值处理
	:para volumeImage:volume格式
	:para newSpaceing:想要插值或者重采样处理后得到的物理间隔，格式为列表
	:return newVolumeImage:插值处理后的到的volume文件
	'''
    resampleFilter = sitk.ResampleImageFilter()
    resampleFilter.SetInterpolator(sitk.sitkLinear) 	##此处为线性插值，其他插值方式可以去官网查询
    resampleFilter.SetOutputDirection(volumeImage.GetDirection())
    resampleFilter.SetOutputOrigin(volumeImage.GetOrigin())

    newSpacing = np.array(newSpacing, float)
    newSize = volumeImage.GetSize() / newSpacing * volumeImage.GetSpacing()
    newSize = newSize.astype(np.int)

    resampleFilter.SetSize(newSize.tolist())
    resampleFilter.SetOutputSpacing(newSpacing)
    newVolumeImage = resampleFilter.Execute(volumeImage)

    return newVolumeImage