容器资料: Docker和Singularity

容器资料

Docker和Singularity

Docker比较适合测试: 环境适配,每种环境对应一个容器。Docker需要host宿主机上运行Docker服务(root权限),隔离性很高，但会牺牲性能，对GPU环境支持不好(需要安装NVIDIAN公司的插件才能把GPU暴露给container)

Sigularity可认为专为HPC环境开发的容器工具,提供对MPICH和OpenMPI并行开发支持，提供对GPU支持，几乎无性能损失。一个打包的应用镜像，到处部署使用。

---

核心概念解释

概念	说明	备注
镜像(Image)	Singularity打包好的运行环境	一般以单个文件(SIF)存在，只读(read-only)
容器(Container)	在宿主机上启动运行的容器镜像	用singularity命令启动，启动运行时可配置运行环境，绑定(bind)宿主机文件路径等
沙箱(sandbox)	Singularity将只读镜像转成可写的沙箱形式	可根据需要配置运行环境，之后可生成定制后的新镜像
宿主机器(host)	指制作容器镜像和运行容器的机器	制作镜像的宿主机需要有root权限;运行容器的宿主机不需要root权限
绑定(bind, -B选项)	指运行容器时将宿主机器上的文件路径映射到容器内指定文件路径	借助绑定，容器内运行的程序可以操作宿主上的文件内容
DEF文件(Definition File)	定制化镜像的描述文件	主要包含指定OS版本基础镜像,和用户自定义的安装软件包命令

---

网络资料

• Running Intel® MPI Library in Containers
• PITT: Singularity Containers
• Singularity Doc 3.5
• Singularity: GPU Support (NVIDIA CUDA & AMD ROCm)
• Singularity: MPI支持
• Singularity-tutorial.github.io
• Introduction to containers and Singularity
• singularity和docker的安装使用
• singularity 安装与使用
• Singularity——生信流程搭建的新宠儿
• Github: Singularity/apptainer
• NASA: Singularity使用
• UL HPC Tutorial: HPC Containers with Singularity
• Singularity 容器使用介绍
• Building Singularity containers locally
• Singularity在wsl2中安装
• NVIDIA HPC SDK容器