Singularity容器常用命令

最新推荐文章于 2024-03-12 21:58:12 发布
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分类专栏： 云原生 文章标签： bash linux 容器
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版权

从一个外部源下载一个预构建镜像

singularity  build

管理本地缓存

singularity cache

从库中删除请求的图像

singularity delete

外部主机上将指定的command运行在指定的容器内

singularity  exec

下载这个镜像文件到的系统中

singularity  pull

将图像上载到提供的URI

singularity  push

运行镜像的定义文件中%runscript内指定的指令

singularity  run

在容器库中搜索图像

singularity search

在容器内启动一个shell

singularity  shell

将数字签名附加到镜像上

singularity sign

在容器中运行用户定义的测试

singularity test

男孩李
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专栏目录
Singularity基本命令学习
qq_40256654的博客
02-23 284
Singularity定义文件（.def文件）是一个文本文件，用于指定如何构建一个Singularity容器。它包含了一系列的预定义部分，如Bootstrap（定义基础镜像），%post（构建后执行的脚本），%runscript（容器启动时运行的脚本），等等。实例：一个简单的定义文件，基于Ubuntu，安装了一个web服务器。通过使用这些基本命令和理解定义文件的结构，你将能够开始使用Singularity来容器化你的应用和工作流，进一步提高你的科学计算和数据分析的效率和可复制性。
Singularity（三）| 将docker转化为singularity容器
long_1998的博客
03-12 1460
如果准备使用的 Docker 镜像已经上传到 Docker Hub (https://hub.docker.com/) 或 Quay (https://quay.io/) 等 Docker 托管存储库中，我们可以直接下载并将其转化为 Docker 容器。然而，在测试和调试期间，我们一般会需要一个可改写的沙箱（sandbox）格式（实际上就是一个目录）。对于想移植到其它主机上的 Docker 镜像，例如，biobakery/lefse，镜像ID为 c6ab05d10f7f，使用。
singularity基本用法
iTom's blog
05-02 6815
singularity 基本用法
Ubuntu中的安装卸载及删除方法
Qx_cd的博客
06-15 1万+
重 新配制一个已经安装的包，如果它使用的是 debconf (debconf 为包安装提供了一个统一的配制界面)。然后进入到解压出的目录中，建议先读一下README之类的说明文件，因为此时不同源代码包或者预编译包可能存在差异，然后建议使用ls -F --color或者ls -F命令（实际上我的只需要 l 命令即可）查看一下可执行文件，可执行文件会以*号的尾部标志。apt-get clean && apt-get autoclean # --------清理下载文件的存档 && 只清理过时的包。
Ubuntu卸载软件：3种卸载方式
热门推荐
栗少的博客
01-03 5万+
1.使用Synaptic软件包管理器进行卸载 打开软件包管理器。Ubuntu自带了一个GUI（Graphical User Interface，图形化用户界面）软件包管理器，它可 以让你在一个可视化窗口中卸载程序。如果你不习惯使用命令行，这一工具将非常有用。 点击系统，然后选择管理。在管理菜单中，选择Synaptic软件包管理器。 某些较新版本的Ubuntu没有预装Synaptic。要安装它，打开终端并输入：sudo apt-get install synaptic 如果你使用Unity，可以打开dash
浅谈Singularity容器
小男孩儿的博客
04-18 3956
1.容器简介 简而言之，容器是系统环境的封装。通常，容器技术被设计为解决企业的单一主要实例：微服务虚拟化。 Docker是最广为人知和使用最多的容器平台主要为网络微服务虚拟化而设计， 方便创建、维护和分发容器图像；容器是可以再生的；易于安装、记录完善、标准化。由于这些优势，Docker得到了广泛的使用 。它对当地和私人资源非常有用。你可以使用Docker-hub 来开发和分享你 的作品。如果您需要扩展到本地资源之外，这可能是一条死路！Docker 和其他以企业为中 心的容器不是为传统 H...
国科大超算平台上Singularity 容器实践.pdf
08-24
中科科学院大学超算平台上的 Singularity 容器实践
singularity-cri:Kubernetes 容器运行时接口的 Singularity 实现
05-31
Singularity-cri 和 wlm-operator 项目由 Sylabs 创建，用于探索 Kubernetes 和 HPC 世界之间的交互。 2020 年，我们没有将我们的精力分散在大量项目上，而是专注于 Singularity 本身和我们的支持服务。 我们还期待...
singularity-rstudio:单一容器中的RStudio服务器
05-22
您可以使用以下命令构建名为singularity-rstudio.simg的本地奇点映像： sudo singularity build singularity-rstudio.simg Singularity 部署 您可以使用以下方法从下载预构建的图像，而不用自己构建它： ...
containerize-conda：将现有的conda环境转换为Docker或Singularity容器
03-03
使用以下说明，可以将现有环境打包到Docker或Singularity容器中，该容器应具有更高的可移植性，并且还可以轻松地集成到基于的。先决条件Docker，Podman或Singularity 源conda环境必须在linux x64机器上。用法包装...
singularity-compose:奇异容器的编排（正在开发中）
05-05
奇点组成 这是一个类似于Docker Compose的用于Singularity容器的简单编排库。 有关详细信息，请参见和，或以下更多示例。例子请参阅我们的存储库，以查找或提供使用scompose的示例。
Singularity实践教程 + Docker 转 Singularity 的避坑指南
Qy_sfsh的博客
07-08 9432
因研究需要，复现某论文，使用的是某校的服务器集群。他们服务器使用的容器是Singularity，而之前自己在院里用的时docker。docker学了没多久，就开始Singularity。恰恰是会一点docker，所以在转用singularity的过程中，踩的坑比较多（造孽啊）。记录一下，前事不忘，后世之师.........
在Linux系统下安装部署Singularity容器
小男孩儿的博客
07-09 3604
我们分别介绍了Singularity容器以及Singularity容器的常用命令，相信大家对高性能计算容器Singularity并不陌生了。这次我们将重点描述如何安装部署Singularity容器。
Singularity（四）| 自定义容器
long_1998的博客
03-12 1055
除了从 Docker Hub 等官方容器存储库的基本镜像（如 Ubuntu、Debian、CentOS、Arch 和 BusyBox）开始构建容器之外，我们还可以使用主机系统上的现有容器作为基础容器。def 文件中各节的顺序并不重要，在构建过程中可以包含多个同名的节，并将它们相互追加。参考上述基于 def 文件的容器构建方法，我们可将这一容器构建为 sandbox，在此基础上进入容器后安装我们所需的各类软件。前面我们提到，sif 格式为只读的压缩文件，因此如果我们现有为 sif 格式容器，我们需要。
Apptainer_Singularity容器原理
weixin_43537820的博客
03-26 1180
Singularity容器技术是劳伦斯伯克利国家实验室开发专门用于高性能计算场景的容器技术（Slurm系统是劳伦斯利弗莫尔国家实验室研发），Singularity完全基于可移植性进行虚拟化，更加轻量级，部署更快，Singularity目前被广泛地各高性能计算中心。后由于Singularity项目加入Linux基金会，改名为Apptainer，以下还是按照原称即Singularity展开介绍。
singularity 使用
qq_53666171的博客
08-29 1784
生信平台搭建之-singularity的运用
singularity容器的技术基础
qq_40256654的博客
02-23 221
Singularity容器技术是专为科学计算、数据密集型工作和高性能计算（HPC）环境设计的。与其他容器技术如Docker相比，Singularity提供了一些独特的特性和设计考虑，使其在科学和研究社区中受到欢迎。
Singularity（五）| 容器挂载和环境
long_1998的博客
03-12 1747
然而，在日常使用场景中，已安装至容器中的应用程序的输入和输出文件往往存储在主机文件系统中，因此，我们需要从容器内读取和写入主机系统上的文件。这意味着容器内的进程和宿主机系统的进程是完全隔离的，容器内的PID命名空间与宿主机的PID命名空间分离。：通过隔离环境变量，可以防止容器内的应用程序访问或修改宿主机上的环境变量，这有助于保护敏感信息并确保容器内应用的运行环境独立于宿主机环境。前面我们在容器简介中提到，开发容器的目的之一主要是为了解决依赖库的安装、软件环境的隔离以及软件环境的移植问题。
Singularity（九）| 配置深度学习容器
最新发布
long_1998的博客
03-12 1196
例如，nvcc 是 CUDA 的编译器，用于将 CUDA C/C++ 代码编译为可在 GPU 上执行的二进制代码。R 的 TensorFlow 包会扫描系统中各种版本的 Python，还会扫描可用的虚拟环境和 conda 环境，所以在很多情况下，不需要我们进行额外的操作。要控制在 SingularityCE 容器中使用的 GPU，可以在运行容器之前设置 SINGULARITYENV_CUDA_VISIBLE_DEVICES，或者在容器内设置 CUDA_VISIBLE_DEVICES。
国科大超算平台上singularity 容器实践
12-02
国科大超算平台上的Singularity容器是一种用于软件打包和部署的工具。通过使用Singularity容器，用户可以在不同的操作系统环境中运行其软件，而无需担心与主机系统不兼容的问题。 在国科大超算平台上，使用Singularity容器可以提供以下好处： 首先，Singularity容器可以使软件的部署更加简便和灵活。用户只需将其软件及其相关依赖项打包进Singularity容器中，就可以在超算平台上运行，而无需额外的配置和安装。这种打包的方式可以大大简化软件部署流程，节省用户的时间和精力。 其次，Singularity容器具有良好的可移植性。一旦在国科大超算平台上成功使用Singularity容器运行软件，用户可以将该容器轻松地迁移至其他系统或平台中，而不会受限于特定的操作系统环境。这样，用户可以更加方便地分享和传播其软件，同时也能够在各种不同的计算环境中使用。 此外，Singularity容器还具有较好的安全性。由于Singularity容器是基于用户空间隔离技术实现的，因此容器之间的进程是相互隔离的，不会相互干扰或共享资源。这样可以有效地防止恶意软件或未经授权的访问，保护用户的数据和计算环境的安全。 总的来说，国科大超算平台中采用Singularity容器实践能够提供更加便捷、灵活、可移植和安全的软件运行环境，为用户的科学计算工作提供了有力的支持。
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