LAMMPS 分子动力学软件使用指南

LAMMPS 分子动力学软件使用指南

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一款开源的分子动力学模拟软件。以下是基本使用方法和步骤：

1. 安装 LAMMPS

Linux 系统安装

# 下载最新版本
git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git

# 编译安装
cd lammps
mkdir build
cd build
cmake ../cmake
make -j4

Windows 系统

建议使用 WSL (Windows Subsystem for Linux) 或预编译版本

2. 基本使用方法

运行模拟

lmp_serial -in input_script.in   # 串行运行
mpirun -np 4 lmp_mpi -in input_script.in  # 并行运行(4进程)

3. 输入脚本结构

典型的 LAMMPS 输入脚本包含以下几个部分：

# 1. 初始化设置
units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic

# 2. 创建模拟体系
lattice         fcc 3.61
region          box block 0 10 0 10 0 10
create_box      1 box
create_atoms    1 box

# 3. 力场设置
pair_style      eam
pair_coeff      * * potential.file element

# 4. 模拟参数设置
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 10 delay 0 check yes

# 5. 定义计算量
compute         pe all pe/atom
compute         ke all ke/atom

# 6. 模拟运行
thermo          100
thermo_style    custom step temp press vol
fix             1 all nve
timestep        0.001
run             10000

4. 常用命令

• 体系创建: lattice, region, create_box, create_atoms
• 力场设置: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style
• 模拟控制: fix, run, minimize
• 输出控制: thermo, dump, compute

5. 后处理

LAMMPS 支持多种输出格式，常用的是 dump 文件：

dump            1 all atom 100 traj.xyz

可以使用 OVITO、VMD 等软件可视化结果。

6. 学习资源

• 官方文档: https://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html
• 示例脚本: https://lammps.sandia.gov/doc/Examples.html
• 用户论坛: https://matsci.org/c/lammps

7. 简单示例

以下是一个简单的 Lennard-Jones 流体模拟示例：

# Lennard-Jones 流体模拟示例

units           lj
atom_style      atomic

# 创建体系
lattice         fcc 0.8442
region          box block 0 10 0 10 0 10
create_box      1 box
create_atoms    1 box

# 力场设置
mass            1 1.0
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5

# 初始速度
velocity        all create 1.44 87287 loop geom

# 模拟设置
neighbor        0.3 bin
neigh_modify    every 20 delay 0 check yes

fix             1 all nve

thermo          100
thermo_style    custom step temp press vol

timestep        0.005
run             1000

要运行此脚本，保存为 lj_fluid.in 然后执行：

lmp_serial -in lj_fluid.in