关于TASSEL_5的一个小问题

最新推荐文章于 2024-04-06 23:40:09 发布
最新推荐文章于 2024-04-06 23:40:09 发布
阅读量1.2k 收藏
点赞数
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43077327/article/details/82257610
版权

请问如何在linux系统下通过命令用TASSEL中的 Sort Genotype File功能对.VCF文件重新排序？

hx_purple
关注
Linux环境下安装TASSEL_5_standalone
沉香best的博客
12-12 1863
【代码】Linux环境下安装TASSEL_5_standalone。
Windows版TASSEL5的下载及安装
沉香best的博客
01-20 5313
TASSEL5是一款用于研究表型和基因型关系的软件，由美国康奈尔大学Buckler实验室所研发。，选择Windows环境安装包下载并安装。1.安装成功后TASSEL5界面。
TASSEL5.rar
06-24
用于基因关联分析
tassel软件
01-21
用于关联分析，获得分子标记与性状之间的关系，为找到目标基因提供最基本的定位信息。
TASSEL 关联分析软件最新版本
05-16
做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的
TASSEL:TASSEL是一种生物信息学软件包-开源
04-29
TASSEL（Trait Analysis ...对于开发者来说，这是一个深入理解TASSEL内部工作原理、定制功能或者开发新插件的好资源。源代码的学习和研究有助于提升对TASSEL的理解，同时也能为生物信息学研究提供更高级别的定制服务。
TASSEL5进行GWAS主成分分析
沉香best的博客
01-20 1891
主成分分析，又名PCA分析。本文以软件示例文件mdp_genotype为例，进行主成分分析如下所示：
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总
邓飞----育种数据分析之放飞自我
07-31 4916
参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https...
GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程
热门推荐
genetics的博客
10-26 1万+
TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/ 在TASSEL的下载文件夹中…\TASSEL5\TutorialData有示例数据 用此数据进行演示 依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据（这里面包含了分群、表型性状、群体结构）、群体结构、表型性状。 实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。 一、加载数据 点击File → Open 将基因型数据、群体结构和表型性状导入进来。（mdp_genotype.hmp、mdp_p
使用TASSEL5进行候选基因关联分析
最新发布
沉香best的博客
04-06 1673
候选基因关联分析是GWAS分析流程的重要步骤，同时也是确定候选基因有效变异位置的重要途径，本文主要介绍如何使用TASSEL5进行候选基因关联分析。简要介绍如下：TASSEL5是一个用于进行候选基因关联分析的软件工具。候选基因关联分析（Candidate gene association analysis）是一种寻找基因与特定表型关联的方法。该方法通过先验知识或基因功能的研究，选择一组候选基因，并研究这些基因与表型之间的关系。
TASSEL GWAS分析用的
03-31
TASSEL GWAS分析用的
GWAS（1）——文件格式及linux上的转换
小八四爱吃甜食的博客
03-05 7742
目录数据格式hapmapvcf数据格式转换hmp转plink 数据格式 hapmap hapmap格式的介绍网站：https://max.book118.com/html/2017/0524/108715467.shtm 主要是存储基因型的文件。 vcf VCF是用于描述SNP，INDEL，SV的文本文件。是GATK表示遗传变异的一种文件格式。 详细介绍见网站：https://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/ 第一部分是注释信息，以##开头。
TASSEL5中利用GLM模型进行GWAS分析
沉香best的博客
01-24 1538
GLM（General Linear Model），指一般线性模型，其直接将基因型X和表型数据Y进行线性拟合，使用计算公式表示为：Y = Xα + Zβ + e。公式各组分含义如下：y：表型性状；Xα：群体结构，作为固定效应（Fix Effect）；Zβ：标记效应（Marker Effect）；e：残差。
TASSEL5中利用MLM模型进行GWAS分析
沉香best的博客
01-27 1552
MLM，Mixed Linear Model，混合线性模型，是一种方差分量模型。在方差分量模型中，把既含有固定效应，又含有随机效应的模型，称为混合线性模型（百度百科：MLM模型用公式表示如下：Y：代表表型性状；Xα：固定效应（Fixed Effect），主要指群体结构；Zβ：标记效应（Marker Effect SNP）；Wμ：随机效应（RandomEffect），这里一般指个体的亲缘关系。e: 残差。
next-generation sequencing analysis method——paper3
weixin_42953727的博客
10-02 597
Abstract: available software to align reads to a reference; use resulting alignments to call, annotate, view, and filter small sequence variants; variant calling includes read alignment with novoalig...
Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用
Pele_Lee的博客
11-30 6519
之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。但是关于命令行的操作就要麻烦一些，但是运算起来不像GAPIT那样消耗大量的内存，下面做一些简单的示例。 安装 Java JDK 8.0的安装 java下载下载地址 #下载 wget http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/8u...
全基因组关联分析（GWAS）软件：Tassel5
Gossie的博客
03-12 4614
Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。 参考： Tassel5：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/Home MLM：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM 1. 计算kinship run_pipeli
Genotype&&陨石的秘密
weixin_30681121的博客
07-09 248
Genotype： Genotype 是一个有限的基因序列。它是由大写的英文字母A-Z组成，不同的字母表示不同种类的基因。一个基因可以分化成为一对新的基因。这种分化被一个定义的规则集合所控制。每个分化的规则可以用三个大写字母A1A2A3表示，含义为基因A1可以分化成A2A3 我们用S代表特种基因，繁殖genotype是从特种基因序列开始。根据给定的规则，它由被选择控制规则对基因不断进行繁殖而成...
动态规划问题系列---word break问题
bh_xiaoxinba的博客
09-12 412
题目 给定一个字符串和一个字典，在字符串中添加空格来构造一个句子，使句子中的每个单词在字典中都存在； 输入 ：字符串 输出：所有可能的句子例如： s=”catsanddog” dict=[“cat”,”cats”,”and’,”sand”,”dog”] 输出：cats and dog和cat sand dog分析 将字符串分割成2部分s1和s2,如果s1包含在字典中，则递归计算s2;然
#include <timer.h> void TIM_init(void) { TA0CTL|= TASSEL_1 + MC_1 + TACLR + ID_3; //2^15/2^3=2^12; TA0CCTL1 |= CCIE; TA0EX0 |= TAIDEX_3; //2^10 1024hz; TA0CCR0 = 1024; TA1CTL |= TASSEL_1+TACLR; TA1CCTL1 = OUTMOD_7; TA1CCR0 = 16484; TA1CCR1 = 8096; TA1CTL |= MC_0; } void GPIO_init(void) { P2DIR &= ~(BIT4+BIT5); //输入 P2DIR |= BIT0; P2SEL |= BIT0; //定时器输出 } 这段代码是什么意思
06-10
这段代码是 MSP430 微控制器上的定时器和 GPIO 端口初始化代码。其中，TIM_init() 函数初始化了定时器 TA0 和 TA1，TA0 用于产生 1 秒钟中断一次的时钟信号，TA1 则用于控制 GPIO 端口 P2.0 的输出电平。GPIO_init() 函数则初始化了 P2.0、P2.4 和 P2.5 端口的输入输出方向。具体解释如下： 1. TA0CTL |= TASSEL_1 + MC_1 + TACLR + ID_3;：这行代码设置 TA0 定时器的时钟源为 ACLK（TASSEL_1）、计数模式为增计数（MC_1）、计数器清零（TACLR）以及分频系数为 2^3（ID_3），即将时钟信号分频为 2^3=8 倍。 2. TA0CCTL1 |= CCIE;：这行代码使能 TA0 的第 1 个捕获比较器中断，用于产生定时器中断。 3. TA0EX0 |= TAIDEX_3;：这行代码设置 TA0 的扩展分频系数为 2^3（TAIDEX_3），即再将时钟信号分频为 2^3=8 倍，最终得到的时钟信号频率为 32.768 kHz/8/8 = 512 Hz。 4. TA0CCR0 = 1024;：这行代码设置 TA0 的计数器上限为 1024，即 TA0 定时器每计数到 1024 时会产生一次中断，从而实现 1 秒钟中断一次的功能。 5. TA1CTL |= TASSEL_1+TACLR;：这行代码设置 TA1 定时器的时钟源为 ACLK（TASSEL_1）并清零计数器（TACLR）。 6. TA1CCTL1 = OUTMOD_7;：这行代码设置 TA1 的第 1 个捕获比较器输出模式为“复位 / 设置模式”（OUTMOD_7），即当 TA1 计数器计数到 TA1CCR1 时，P2.0 端口输出低电平；当 TA1 计数器计数到 TA1CCR0 时，P2.0 端口输出高电平。 7. TA1CCR0 = 16484;：这行代码设置 TA1 的计数器上限为 16484，即 TA1 定时器每计数到 16484 时会产生一次中断。 8. TA1CCR1 = 8096;：这行代码设置 TA1 的第 1 个捕获比较器比较值为 8096，即当 TA1 计数器计数到 8096 时，P2.0 端口输出低电平。 9. TA1CTL |= MC_0;：这行代码将 TA1 定时器的计数模式设置为停止计数（MC_0）。 10. P2DIR &= ~(BIT4+BIT5);：这行代码将 P2.4 和 P2.5 端口设置为输入模式。 11. P2DIR |= BIT0;：这行代码将 P2.0 端口设置为输出模式。 12. P2SEL |= BIT0;：这行代码将 P2.0 端口的功能设置为定时器输出。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值