使用TASSEL5进行候选基因关联分析

前记

候选基因关联分析是GWAS分析流程的重要步骤，同时也是确定候选基因有效变异位置的重要途径，本文主要介绍如何使用TASSEL5进行候选基因关联分析。

简要介绍如下：

TASSEL5是一个用于进行候选基因关联分析的软件工具。候选基因关联分析（Candidate gene association analysis）是一种寻找基因与特定表型关联的方法。该方法通过先验知识或基因功能的研究，选择一组候选基因，并研究这些基因与表型之间的关系。

使用TASSEL5进行候选基因关联分析需要以下步骤：

1. 数据准备：准备基因型数据和表型数据。基因型数据可以是SNP数据或基因型频率数据，表型数据可以是连续性数据或离散型数据。

2. 数据导入：将基因型数据和表型数据导入TASSEL5软件中。

3. 基因型数据过滤：根据需要，对基因型数据进行过滤，例如移除缺失数据、低频数据或不合格的样本。

4. 基因型与表型关联分析：使用TASSEL5提供的关联分析方法，如GLM（广义线性模型）、MLM（混合线性模型）等，进行基因型与表型的关联分析。可以使用单个基因型-表型关联分析，也可以进行多个基因型-表型关联分析。

5. 关联结果分析：根据关联分析的结果，评估候选基因与表型之间的关