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撰写论文时如何复制参考文献公式----Mathpix及Mathtype教程
文档插入作图转载 2023-03-10 23:17:01 · 1956 阅读 · 1 评论 -
Matlab 画热力图(heat-map)
如何用Matlab画热了图(heat-map)原创 2023-03-04 01:11:20 · 3145 阅读 · 0 评论 -
如何用Matlab进行曲线拟合
Matlab 绘制散点图 拟合曲线原创 2023-02-09 00:26:44 · 6401 阅读 · 0 评论 -
R语言Logistic回归模型深度验证以及Nomogram绘制
R语言Logistic回归模型深度验证以及Nomogram绘制小易学统计互联网医疗统计师|自立,爱家人15 人赞同了该文章01 研究背景 本章将常用的基于R语言实现二元Logistic回归模型临床预测模型的构建和验证,以及诺曼图的绘制记录下来,更为复杂的生存分析中的Cox回归将在后续章节介绍。临床预测模型的思路总结如下:①明确临床问题,确定科学假设。②查找文献,确定预测模型的研究思路。③确定模型中结局变量。④确定模型中的预测因子。⑤构建模型,计算模型预测值。⑥模型区分度评估。⑦模型校准度评估。⑧临床实转载 2021-11-06 17:58:50 · 8500 阅读 · 1 评论 -
R语言作图:坐标轴设置
R语言作图:坐标轴设置 偷闲阁 2018-02-04 20:51:24 209654...转载 2021-11-06 17:51:26 · 2434 阅读 · 0 评论 -
FSL处理DTI数据详细流程
FSL处理DTI数据详细流程(本人亲身经历的流程) txapples 2020-09-10 10:21:08 ...转载 2021-10-14 11:47:22 · 6192 阅读 · 3 评论 -
图解医学影像纹理特征
在医学影像分析中,纹理(texture)特征被广泛地应用于定量化描述病灶的特性。相比病灶影像的统计学特征和形状特征,纹理特征的计算往往较为复杂,不易于搞懂其背后的原理。然而,学习过程中建立对概念直观的认识(intuition)对理解问题的本质很有帮助,这也是本文的出发点。 本文尝试解决如下问题: 医学影像特征包的官方文档给了纹理特征数学定义,但是理解起来不够直观 网络上有许多介绍纹理特征的帖子,但是每个帖子介绍的内容有限; 少有文章关注不同类型纹理特征之间...转载 2021-10-12 21:47:33 · 1679 阅读 · 0 评论 -
影像组学一阶统计量含义白话介绍
直方图特征值又称为一阶统计量,因为一阶统计量就是指直接基于原始图像的像素灰度分布而计算出来的特征值,这些特征值均可以通过直方图的分布特征来反应出来,因而实际应用的时候并没有特别严格的区分。直方图特征共有19个,下面以上图为例,逐一解释:为了方便大家的英文写作,把官网的英文解释一道保留了下来,大家可以重点看中文释义,英文可以写文章的时候参考。1 最小值:minimum=min(X);最大值:The maximum gray level intensity within the ROI:m...原创 2021-10-12 19:11:50 · 4916 阅读 · 1 评论 -
ITK-SNAP自动分割应用示例:如何进行乳腺腺体脂肪体积测量
本文示例如何利用ITK-Snap自动分割功能进行乳腺腺体和脂肪体积的测量。步骤:1 选择蛇形按钮,在轴位、矢状位、冠状位调整欲分割的区域,包括乳腺。2 点击“Segemnt 3D按钮”,进入自动分割区域。3 选择欲采用的分割算法,针对动态增强序列,笔者尝试了Thresholding、Classification、Clustering、Edge Attraction几种方案,对于动态增强序列,以Clustering最优,其它序列可以尝试其它方法。4 点击优化按钮进行分类优化,对腺体进行分割原创 2021-10-11 23:01:33 · 3982 阅读 · 4 评论 -
matplotlib 绘制直方图和拟合正态曲线
首先,还是看看matplotlib中hist函数的语法hist( x, bins=None, range=None, normed=False, # 超重要 density=False, weights=None, cumulative=False, bottom=None, histtype='bar', align='mid', rwidth=None, # 选用 orientation='vertical', color=None, edgecolor=None, label=No原创 2021-10-09 10:17:13 · 10362 阅读 · 1 评论 -
seaborn.distplot() 绘制直方图和核密度估计
首先介绍seaborn.distplot()函数seaborn.distplot(a, bins=None, hist=True, kde=True, rug=False, fit=None, hist_kws=None, kde_kws=None, rug_kws=None, fit_kws=None, color=None, vertical=False, norm_hist=False, axlabel=None, label=None, ax=None)其中:参数:a:Series、1原创 2021-10-09 09:52:28 · 3178 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 如何安装Rstudio
1安装R4.0,注意以下命令均需要管理员权限# update indicesapt update -qq# install two helper packages we needapt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos# To verify key, run gpg --show.原创 2021-09-22 17:37:54 · 3487 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装Python虚拟环境
进行python项目开发的时候,由于不同的项目需要使用不同的资源包和相关的配置,因此创建多个python虚拟环境很有必要,现在介绍一下在Ubuntu如何安装虚拟环境。1 打开Linux终端(快捷键Ctrl+Alt+T),输入命令,在此推荐使用pip安装,前提是安装了pip,一般python自带了pip: sudo pip install virtualenvsudo pip install virtualenvwrapper 注意:安装的顺序不能颠倒,virtualenvwrapper必须转载 2021-09-22 16:46:10 · 1692 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 18.04 如何调整桌面图标大小
Ubuntu 18.04 与其它版本不一样,调整桌面大小非常不方便。现在介绍一种比较便捷的方法。1 打开任何一个带有图标的文件夹2 按住“Ctr”,同时滚动鼠标滑轮,可以调整该文件夹内的图标。3 桌面图标会同时进行调整...原创 2021-09-07 21:16:38 · 5625 阅读 · 3 评论 -
Ubuntu 下如何安装FSL
网上关于FSL安装的介绍很多,大部分都不完整,最近刚刚安装完一次,把步骤总结如下,供小伙伴参考。1 还是要去官网下载安装文件 和测试文件官网链接:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/安装文件:fslinstaller.py测试文件:fsl-6.0.5-feeds.tar.gz2 安装安装FSL需要用Python2,因为Ubuntu默认的安装是Python3,因此需要安装Python2,安装方法如下:sudo apt install py原创 2021-09-07 18:47:40 · 2584 阅读 · 15 评论 -
Ubuntu 系统利用shell函数批量替换文件夹下的空格为下划线
函数一、# replace space with underline batch under a directoryfunction replace_space_with_underline() {dir=$1cd $dirfind $dir -name "* *" |while read name; dona=$(echo $name | tr ' ' '_')mv "$name" $nadone}函数二、# replace the space under a d原创 2021-08-30 21:44:47 · 589 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 18.04 下如何安装ANTs
ANTs(Advanced Normalization Tools)是医学图像中配准效果比较稳定的软件之一,下面总结一下如何在Ubuntu 18.04 系统下面进行安装:一、安装 git , cmak 和 c++ 编译器,命令如下:sudo apt-get install git # 安装gitsudo apt-get install build-essential # 安装gcc和一些库函数,提供C/C++编译环境sudo apt install cmake # 安装cmake注意上面原创 2021-08-15 19:56:02 · 1496 阅读 · 1 评论 -
Windows环境下如何安装Python虚拟运行环境及常见问题
1 虚拟环境的优势:搭建独立的python运行环境,不与其他产生冲突;虚拟环境有助于包的管理和防止版本冲突;删除卸载方便。2 如何安装创建安装虚拟环境:1)在文件夹下直接建立(一般可以考虑在现行运行环境的上一级菜单下安装,方便运行环境管理):先新建文件夹 python_ven_demo,然后进入该文件夹 cd python_ven_demo,然后搭建虚拟环境:python -m venv . (注:venv 之后一个空格加上一点“.”)2)初步骤1)外,还可以用下面命令. 在桌面上直接建立虚拟环原创 2021-07-17 23:14:18 · 431 阅读 · 0 评论