本文示例如何利用ITK-Snap自动分割功能进行乳腺腺体和脂肪体积的测量。
步骤:
1 选择蛇形按钮,在轴位、矢状位、冠状位调整欲分割的区域,包括乳腺。
2 点击“Segemnt 3D按钮”,进入自动分割区域。
3 选择欲采用的分割算法,针对动态增强序列,笔者尝试了Thresholding、Classification、Clustering、Edge Attraction几种方案,对于动态增强序列,以Clustering最优,其它序列可以尝试其它方法。
4 点击优化按钮进行分类优化,对腺体进行分割,首先选择该组织组织对应的类别,本例为“2”,点击next
5 添加种子点,尽量均匀可以连通到欲分割额组织全部,如图所示。
6 点击“迭代”按钮进行迭代。达到效果的时候点击完成。可以结合手动分割功能进行微调。
7 脂肪的分割如腺体。
图示步骤:
注:步骤3为选了了“clustering”之后进行优化结果,步骤4 为查看该方法的最终效果,与其它方法进行比较而点击;步骤5位设置种子点,可以设置多个,并注意调整适当的大小,使之腺体在多个种子点的作用下成为一个准确的连通区域。
效果:
最后可以点击“Segmentation”菜单里面的“Volume and Statistics”查看定量结果。
本介绍比较粗糙,需要小伙伴们对ITK-Snap的使用方法有一定的了解,细节使用可去B站搜索,有不少大牛有详细的视频介绍。