Ubuntu 18.04 下如何安装ANTs

ANTs（Advanced Normalization Tools）是医学图像中配准效果比较稳定的软件之一，下面总结一下如何在Ubuntu 18.04 系统下面进行安装：

一、安装 git , cmak 和 c++ 编译器，命令如下：

sudo apt-get install git  # 安装git
sudo apt-get install build-essential # 安装gcc和一些库函数，提供C/C++编译环境
sudo apt install cmake # 安装cmake

注意上面安装的版本可能不是最新的版本，如果后面在安装ANTs的过程中，发生错误可能是cmake和ccmake版本不一致导致，此时，可以通过下面的命令卸载和选择合适的cmake版本，在进行安装的时候，推荐cmake和ccmake版本一致，且均选择最新的版本。修改cmake版本命令如下：

1）去该网站下载合适的cmake安装文件：如 cmake-3.21.1.tar.gz，并解压

tar zxvf cmake-3.15.1.tar.gz

2）依次运行命令：

sudo apt remove cmake # 移除旧版本
cd cmake-3.15.2
./configure
make
sudo make install
cmake --version  #可查看到camke版本，若cmake ../ 时提示没有那个文件或目录。使用sudo cmake ../

二、基于源码安装 ANTs

1 ) 在命令行里运行：

git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git  #从github上克隆相应的仓库，保存在当前目录下的ANTs文件夹下
mkdir antsbin  #创建antsbin文件夹
cd antsbin  #进入antsbin文件夹
ccmake ../ANTs  #进入cmake界面，然后依次按下'C'键，稍作等待，再按下'C'键和'G'键，分别完成设置和生成后回到命令行

此步骤常见的报错原因是cmake和ccmake版本不匹配导致，解决方案如前。

2 ）进行编译，此步骤时间较长，常常由于网络不佳可能会失败，可重复运行该命令：

make -j 4  #进行编译，需要运行较长时间

3）编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：

# 在 antsbin 目录下
mkdir bin #在antsbin下建立bin目录
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin # 将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin #将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin #将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

4）设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件

cd ~  #回到home文件夹下
vi ~/.bashrc  #打开vi进行编辑，按'i'进入插入模式，并在文档末尾插入以下内容
export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/
export PATH=“$ANTSPATH:$PATH” 
#以上路径要和真实路径一致，然后依次按'ESC'键,'Shift'+':'键，'w'键和'q'键，然后回车保存并退出
source ~/.bashrc  #激活相应的环境配置

5 ）ANTs 的使用

在 ANTs/Scripts 路径下有各种各样的 .sh 文件，较为常用的有antsRegistrationSyN.sh 等，为了方便调用可以将 .sh 文件的路径添加到环境变量中去：

vi ~/.bashrc  #打开.bashrc文件并在末尾添加以下内容
export PATH=$PATH:/home/username/ANTs/Scripts
#保存并退出
source ~/.bashrc  #使环境变量生效

6 ）然后直接在命令行使用 antsRegistrationSyN.sh ，如果给出该命令的使用方法，则配置成功，如果给出报错信息则配置失败。

antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f fixed_img.nii.gz -m moving_img.nii.gz -o output

 结果解读：output0GenericAffine.mat ， output1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系，outputWarped.nii.gz 表示将 moving_img.jpg 配准到 fixed_img.jpg 后的图像，outputInverseWarped.nii.gz 表示将 fixed_img.jpg 配准到 moving_img.jpg 后的图像。
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本日志参考博客链接：https://blog.csdn.net/zuzhiang/article/details/104930000；https://blog.csdn.net/jiujiujijuu/article/details/104342652；https://www.cnblogs.com/jsdy/p/11759247.html；

最后附上GitHub安装说明链接：https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac-OS#get-the-latest-code