生物网络文章
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菜鸡博士一枚
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CBM|用于lncRNA-疾病关联预测的数据资源和计算方法(综述)
CBM|用于lncRNA-疾病关联预测的数据资源和计算方法(综述)原创 2023-01-06 16:19:14 · 657 阅读 · 0 评论 -
BIB|LDAformer:基于拓扑特征提取和Transformer编码器的lncRNA-疾病预测
BIB|LDAformer:基于拓扑特征提取和Transformer编码器的lncRNA-疾病预测原创 2023-01-06 12:49:20 · 345 阅读 · 0 评论 -
Bioinformatics|MGPLI:探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示
Bioinformatics|MGPLI:探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示(protein-ligand)原创 2023-01-06 12:46:33 · 264 阅读 · 0 评论 -
Bioinformatics|BRWCP:异构信息中修正不完全信息影响的药物-蛋白相互作用预测
Bioinformatics|BRWCP:异构信息中修正不完全信息影响的药物-蛋白相互作用预测(drug-protein prediction)原创 2023-01-06 12:34:53 · 210 阅读 · 0 评论 -
欢迎投稿关注
最近新创建了一个公众号,用于介绍一些应用生物信息学的人工智能算法和研究进展以及网络表示学习算法研究。欢迎大家关注投稿,解析自己的or自己组的or自己阅读的论文原创 2022-03-02 16:19:26 · 822 阅读 · 0 评论 -
MDNN: A Multimodal Deep Neural Network for Predicting Drug-Drug Interaction Events论文解析
MDNN: A Multimodal Deep Neural Network for Predicting Drug-Drug Interaction Events论文解析(MDNN:一种用于预测药物互作事件的多模态深度神经网络)由中南大学高建良老师组发表在2021IJCAI上文章目录Abstract1 Introduction二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成原创 2021-09-05 16:05:21 · 1660 阅读 · 2 评论 -
文献阅读总结:生物网络方向的论文
本文是对生物网络方向的已读文献的归纳总结,长期更新欢迎做生物信息学、计算生物学、复杂网络计算、图表示学习的同学联系加群讨论,互帮互助,需要文献的请联系文章目录论文1 :Predicting human microbe–disease associations via graph attention networks with inductive matrix completion(通过带非负矩阵补全的图注意力进行预测人类microbe-疾病关联)论文2:Identifying drug–targe原创 2021-03-24 21:18:52 · 948 阅读 · 4 评论 -
An end-to-end heterogeneous graph representation learning-based framework for drug–target interactio
An end-to-end heterogeneous graph representation learning-based framework for drug–target interaction prediction(一种端到端异构图表示学习的基于药物-靶标相互作用预测的框架)由西北工业大学彭老师组发在BIB上的一篇论文文章目录Abstract一、Introduction二、MethodologyConstruct a heterogeneous network2.Heterogeneous n原创 2021-03-16 20:23:33 · 1803 阅读 · 10 评论 -
GAERF: predicting lncRNA-disease associations by graph auto-encoder and random forest(通过图自动编码器和随机森林)
GAERF: predicting lncRNA-disease associations by graph auto-encoder and random forest(通过图自动编码器和随机森林预测lncRNA-疾病的关联)是2021年才接收的论文,由安徽大学郑老师组的发表在Briefings in Bioinformatics上文章目录摘要一、Introduction二、Materials and methods1.Matrix representation2.Construction of LM原创 2021-03-10 21:49:00 · 1869 阅读 · 5 评论 -
Biological network analysis with deep learning(使用深度学习的生物网络分析)
Biological network analysis with deep learning(使用深度学习的生物网络分析)很少有关于生物网络的综述类论文,这是今年发在 Briefings in Bioinformatics期刊上的一篇。随着深度学习的发展及广泛应用,这篇论文可以读读看。文章目录摘要一、Introduction二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结摘要实验高通量技术的最新进展扩大了生物学中分子数据的可用性和数量。鉴于生物过程中相互作用的重要性,例如蛋白质之间的相互作用或化合物中的键,原创 2020-12-04 12:54:40 · 1902 阅读 · 1 评论 -
Deep-DRM a computational method for identifying disease-related metabolites based on graph dee(论文解析)
Deep-DRM a computational method for identifying disease-related metabolites based on graph deep learning approaches论文解析(Deep-DRM:一种基于图形深度学习方法的识别疾病相关代谢物的计算方法)由哈尔滨医科大学 发表在《Briefings in Bioinformatics》文章目录摘要一、Introduction二、Methods1.Construction of networks2原创 2020-11-27 15:05:59 · 1377 阅读 · 1 评论 -
A graph auto-encoder model for miRNA-disease associations prediction 论文解析
A graph auto-encoder model for miRNA-disease associations prediction(用于miRNA-disease关联预测的图自动编码模型)该文章由中科院新疆理化所的尤老师组,发表在《Briefings in Bioinformatics》期刊上文章目录前言一、pandas是什么?二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言提示:这里可以添加本文要记录的大概内容:例如:随着人工智能的不断发展,机器学习这门技术也越来越重要,很多人都开启了学习机器原创 2020-11-19 11:55:43 · 1483 阅读 · 2 评论 -
Predicting drug–disease associations through layer attention graph convolutional network 论文解析
Predicting drug–disease associations through layerattention graph convolutional network(通过层注意力的图卷积网络预测药物-疾病关联)该篇论文出自华中农业大学章文老师组,发表在期刊《Briefings in Bioinformatics》文章目录Abstract一、Introduction二、Materials1.Datasets2.Construction of the heterogeneous network原创 2020-11-11 20:46:18 · 2934 阅读 · 2 评论 -
Predicting microRNA–disease associations from lncRNA–microRNA interactions via Multiview Multitask
Predicting microRNA–disease associations from lncRNA–microRNA interactions via Multiview Multitask Learning (通过多视角多任务学习从lncRNA-miRNA互作中预测miRNA-disease关联)该论文出自于中科院新疆理化所尤老师和香港城市大学王老师组(发表在Briefings in Bioinformatics)文章目录摘要一、Introduction二、Materials三、Methods原创 2020-11-04 21:49:37 · 1528 阅读 · 2 评论 -
Predicting Human Microbe-Drug Associations via Graph Convolutional Network with Conditional Random F
l论文题目:Predicting Human Microbe-Drug Associations via Graph Convolutional Network with Conditional Random Field(基于条件随机场的图卷积网络预测人体微生物-药物关联)文章目录摘要一、引言二、相关工作2.1 Graph convolutional networks2.2 Conditional random field三、材料与方法3.1 Heterogeneous network for micr原创 2020-10-12 21:17:52 · 1941 阅读 · 0 评论 -
AEMDA: Inferring miRNA-disease associations based on deep autoencoder
AEMDA: Inferring miRNA-disease associations based on deep autoencoder文章目录摘要一、引言二、材料与方法2.1.Human miRNA-disease associations2.2 Disease semantic similarity2.3 miRNA functional similarity2.4 Gaussian interaction profile kernel similarity for miRNA and disea原创 2020-09-23 21:23:46 · 1592 阅读 · 3 评论 -
Identifying drug–target interactions based on graph convolutional network and deep neural network 论文
Identifying drug–target interactions based on graph convolutional network and deep neural network文章目录摘要一、引言二、方法1.Construction of the DPP network2.GCN-based feature representation3.Classification by DNN三、结果1.Datasets2.Experiment setup四、结论五、个人理解摘要新药-靶向相原创 2020-09-22 21:07:08 · 1857 阅读 · 1 评论 -
Predicting human microbe–disease associations via graph attention networks with inductive matrix论文解析
Predicting human microbe–disease associations via graph attention networks with inductive matrix completion论文解析文章目录摘要一、引言二、材料1.Human microbe–disease associations2.Microbe functional similarity3.Disease functional similarity4.Gaussian interaction profile.原创 2020-09-22 14:45:00 · 2175 阅读 · 22 评论