BIB|LDAformer：基于拓扑特征提取和Transformer编码器的lncRNA-疾病预测

BIB|LDAformer：基于拓扑特征提取和Transformer编码器的lncRNA-疾病预测

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今天给大家推荐的是四川大学朱敏教授团队发表在期刊Briefings in Bioinformatics上的一篇关于lncRNA-疾病关联预测文章。

摘要

长非编码RNA（lncRNA）-疾病关联的识别对疾病诊断和治疗具有重要价值，目前常用计算方法预测潜在的lncRNA-疾病相关性。然而，现有的方法在数据处理过程中没有充分提取关键特征，学习模型部分要么功能不够强大，要么过于复杂。因此，通过改进这两个方面，仍有可能实现更好的预测性能。在这项工作中，本文提出了一种新的基于拓扑特征提取和Transformer编码器的lncRNA-疾病关联预测方法LDAformer。通过整合lncRNAs、疾病和microRNAs（miRNAs）之间的关联来构建异构网络。层内相似性和层间关联表示为lncRNA-disease-miRNA加权邻接矩阵，以统一语义。接下来，设计了一个拓扑特征提取过程，以进一步获得隐含在邻接矩阵中的多跳拓扑路径特征。最后，为了捕获异构路径之间的相互依赖关系，使用基于全局自注意机制的Transformer编码器来预测lncRNA-疾病关联。高效的特征提取和直观而强大的学习模型带来了理想的性能。对两个数据集的计算实验结果表明，本文的方法优于最先进的基线方法。此外，案例研究进一步表明，它能够准确地发现新的关联。

参考资料：

Zhou Y, Wang X, Yao L, et al. LDAformer: predicting lncRNA-disease associations based on topological feature extraction and Transformer encoder[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022.