WES分析4-质控

质控

#/home/lzn/WES/rawdata/
mkdir qc
fastqc -t 8 -o qc *.fastq &

multiqc qc/
firefox multiqc_report.html
#查看数据质量
#测序数据质量比较好直接进行后续分析

#之前进行数据质控的代码
cat data_id.txt| while read f1 f2; do java -jar ~/trimmomatic/trimmomatic-0.38.jar PE -threads 8 $f1.fastq.gz $f2.fastq.gz $f1.fastq $f1.unpaired.fastq $f2.fastq $f2.unpatred.fastq LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 HEADCROP:13 MINLEN:105; done
#trimmomatic也可去去除接头序列，若只是去除接头序列，trim-galore更加方便