计算化学软件 & Schrodinger | 资源收集

最新推荐文章于 2025-06-28 18:02:55 发布
原创 最新推荐文章于 2025-06-28 18:02:55 发布 · 829 阅读 · 2 ·
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该博客详细介绍了如何利用PubChem、ZINC和Schrödinger的Ligprep模块处理和优化小分子结构。接着，它阐述了采用Schrodinger的MM_GBSA方法来计算分子结合自由能的过程，特别是针对黄芩素这种双黄连活性成分进行了自由能微扰计算。这一工作对于药物发现和设计中的分子对接研究具有重要意义。
化学仿真软件：ChemCAD二次开发_ChemCAD二次开发基础
kkchenjj的博客
10-20 1035
ChemCAD API 是 ChemCAD 提供的一组编程接口，允许用户通过编程语言与 ChemCAD 进行交互。API 提供了丰富的函数和对象，可以用于访问和修改 ChemCAD 的数据模型、运行计算、生成报告等。自定义计算模型是指用户根据特定的化学反应或热力学模型，编写自己的计算代码，并将其集成到 ChemCAD 中。这可以通过编写 C# 或 Python 脚本来实现。定义输入参数：确定需要从 ChemCAD 中获取的输入参数，如温度、压力、组分浓度等。编写计算代码：根据特定的模型编写计算代码。
化学分子式计算器
12-21
化学分子式计算器，可以计算复杂分子的分子量，并且在未知化合物的推测中起到非常重要的作用。
超级计算机 计算化学,计算化学软件使用经验-超算中心.PDF
weixin_36379084的博客
07-20 905
计算化学软件使用经验-超算中心计算化学软件使用经验计算化学软件使用经验计计算算化化学学软软件件使使用用经经验验张宝花中国科学院超级计算中心2012.11.09提纲� 量子化学软件� 分子模拟软件� Gaussian软件� VASP软件� MS软件——DMOL3和CASTEP� 总结量子化学软件� 量子化学——应用量子化学的基本原理和方法研究化学问题。� 基于第一性原理，主要处理体系电子效应相关�...
计算化学软件套件CHARMM在KeyarchOS系统上安装教程
weixin_49230371的博客
09-30 189
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接id=12126。CHARMM（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）是一款强大的计算化学软件套件，主要用于分子动力学模拟和生物分子结构分析。
计算机模拟生物/化学反应有哪些软件？
belldeep的专栏
05-30 1819
计算机模拟生物/化学反应的软件。这是一个专业性较强的问题，用户可能是从事化学、生物或材料科学研究的人员，或者是相关专业的学生。用户需要了解当前主流的模拟软件工具，以便进行科学研究或学习。
计算化学近似与误差：深入MS建模的方法与分析
[计算化学近似与误差：深入MS建模的方法与分析](https://www.schrodinger.com/wp-content/uploads/2024/03/all-product-mobile-screenshot-1.jpg?w=1024) # 摘要 计算化学作为研究化学体系的理论和数值模拟方法，...
鱼藤素模拟的计算化学基础：构建坚实研究基石
本文通过计算化学工具和方法，结合模拟实验设计与实施，深入研究了鱼藤素的分子结构和活性。我们介绍了分子建模、分子动力学模拟和量子化学计算在鱼藤素研究中的应用，并对模拟实验的设计、控制和评估
量子计算：概念、技术与模拟的全面解析
# 量子计算：概念、技术与模拟的全面解析 ## 1. 量子计算与化学基础概念 ...当前所有量子化学计算都使用带有特殊插件的标准量子力学软件，以运行在量子处理器上表现最佳的量子算法。 ### 1.3 重要量
【数值计算深度剖析】：沈艳教授带你探索其边界并优化计算效率
![【数值计算深度剖析】：沈艳...随后，本文深入讨论了当前流行数值计算软件工具，如MATLAB、Python科学计算库以及其他专用软件和库的应用。通过一系列工程、物理及经济金融领域的实践案例，分析了数值计算在具体场景
【数据统计】配体结合自由能计算：分子对接与亲和性评估
![【数据统计】配体结合自由能计算：...自由能计算可以帮助科研人员预测结合亲和力，优化药物候选分子的化学结构。本章将带你走进配体结合自由能的世界，从基础概念开始，逐步深入到实际应用，为你揭开这一领域神秘的面
Schrodinger软件介绍（以及Glide的工作流）
01-24
1、计算机辅助药物设计薛定谔软件； 2、虚拟筛选之分子对接； 3、Glide。
ASKCOS:用于计算机辅助综合计划的软件包
05-09
ASKCOS： 用于预测通向所需化合物的可行合成路线的软件包以及与合成规划有关的关联任务。 最初由DARPA Make-It计划开发，现在由开发。 请注意，此存储库的MPL 2.0许可证不适用于数据和训练有素的模型。 数据和经过训练的模型在CC BY-NC-SA下发布（即，仅用于非商业用途）。 贡献者包括Connor Coley，Mike Fortunato，Hanyu Gao，Pieter Plehiers，Matthew Cameron，Max Liu，Yuran Wang，Thomas Struble，Liannan Liu和Moyiming。 快速开始使用Google Cloud # (1) Create a Google Cloud instance # - recommended specs: 8 vCPUs, 64 GB memory # - sele
【Schrodinger 薛定谔】MacBook 安装 Schrödinger 全攻略（含 M1/M2/M3 芯片配置 + 授权教程） Mac 上安装 Maestro / Desmond M芯片
最新发布
GHZ2443063059的博客
06-28 2810
本文针对Mac电脑（M系列芯片）安装Schrodinger软件的特殊需求，提供了一套完整的安装方案。目前该软件在macOS平台安装面临三大难点：M芯片架构特殊、官方文档稀缺、依赖环境复杂。文章详细解析了从获取DMG安装文件、配置环境变量到License授权的全流程，并验证了Maestro、Glide、Desmond等核心模块的可用性。相比于Windows系统，macOS安装虽然存在技术门槛，但在命令行操作和图形渲染方面具有独特优势。文末为需要远程协助的用户提供了技术支持渠道。
cuda和cudnn安装教程
ASKCOS博客
11-08 456
cudnn需要注册账号 检查cuda是否正确安装 解压缩下载的cudnn 将三个文件夹复制到cuda的安装目录下 切换到demo的文件夹下执行程序结果为pass则cudnn安装成功 ...
linux医学软件,Schrodinger Suites 2015-2 Linux版简单安装经验分享
weixin_29234239的博客
05-03 2707
首先感谢网友蔡剑雄药物制剂提供的安装文件。我是在ubuntu16.04桌面系统里安装的。1. 挂载schrodinger2015-2.iso2. 打开终端，进入刚挂载的安装光盘所在目录(cd /nmt/schrodinger2015-2 [这是我的挂载位置])3. 按照安装文件说明，先检查系统要求(./platform -s)，检查机器配置(./platform -l)。如果没有问题就进行下一步...
ASKCOS：预测合成路线的强大工具
gitblog_00042的博客
04-19 1110
ASKCOS：预测合成路线的强大工具 项目介绍 ASKCOS是一款专注于预测目标化合物合成路径的开源软件包。该项目最初在DARPA Make-It计划下开发，并现在由MLPDS联盟继续推进。ASKCOS能够帮助化学家规划合成路线，提高合成效率，降低实验成本，是化学合成领域的一项重要技术创新。 项目技术分析 ASKCOS的核心是一个基于机器学习的预测引擎，它可以从大量的化学数据中学习并预测出实现特定...
化学空间可视化(chemical space visualization)开源软件ChemPlot的安装及使用
Blockbuster_drug
02-19 2960
数据可视化提供了将高维分子数据减少到二维（2D）或三维（3D）空间的实用手段。在低维化学空间中的数据的视觉检查使得能够更真实地筛选具有用户期望的性质的分子，用于化学库设计，高通量筛选，多样性分析和离群值检测。 本文介绍开源化学空间可视化工具ChemPlot从conda环境在本地安装及使用方法，避免化学信息数据上传，帮助化学工作者使用不同的降维方法可视化数据库。
CUDA & C++ | 测试环境安装成功 Hello，CUDA！
ASKCOS博客
11-09 649
#include <iostream> #include <stdio.h> __global__ void myfirstkernel(void) { } int main(void) { myfirstkernel << <1, 1 >> > (); printf("Hello, CUDA!\n"); return 0; } __global__告诉编译器在这个限定符后面的函数定义应该在设备上（gpu）而不是主机上（cpu）上运行
计算生物化学中计算RMSD的方法
hdpai2018的博客
06-08 2508
vmd 中计算RMSD的方法:(http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node7.html） amber中计算RMSD的方法:（http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial1/)
常用化学软件新版本功能与应用解析
资源摘要信息: 《【推荐】常用化学软件新版本简介.ppt》是一份面向化学领域科研人员与技术人员的专业资料，旨在介绍当前主流化学软件在最新版本中所实现的功能升级、性能优化及应用扩展。随着化学研究的不断深入，...
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