rdkit&indigo | 化学反应标准化

最新推荐文章于 2023-11-08 04:39:29 发布
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本文介绍了化学反应标准化的过程，通过rdkit和indigo库进行化学结构的转换，例如将'CC(=O)c1ccccc1.C(=N/c1ccccc1)c1ccccc1>>O=C(CC(Nc1ccccc1)c1ccccc1)c1ccccc1'和'CN©CC#CCSCCN.COC1=NS(=O)(=O)N=C1OC>>CN©CC#CCSCCNC1=NS(=O)(=O)N=C1N'这样的反应进行规范化。
摘要由CSDN通过智能技术生成

标准化反应

from indigo import *

indigo = Indigo()
rxn = indigo.loadReaction("CC(=O)c1ccccc1.C(=N/c1ccccc1)\c1ccccc1>>O=C(CC(Nc1ccccc1)c1ccccc1)c1ccccc1")
rxn.canonicalSmiles
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rdkit&python | 标准化检查分子正确性
ASKCOS博客
08-21 1984
分子结构处理 Molecular Sanitization 默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（Molecular Sanitization）。 结构处理的过程中会自动计算一些有用信息，如杂化、环信息等，保证分子的结构在化学上是合理的：价键合理。 Sanitization的检查过程，包含11步。 clearComputedProps: 清除已有的分子、原子、键的计算性质，如 This step is always performed. cleanUp: 对非标准价键进行标准化处理，
RDKit在数据科学中的应用|药物筛选中的数据清理与标准化
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08-19 103
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DJJ5210的博客
11-08 1323
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rdkit&python | 自动提取化学反应模板代码
ASKCOS博客
06-17 1400
''' This script (generate_reaction_templates) uses a MongoDB collection with atom-mapped reaction SMILES strings and parses them into a new collection containing the transforms. This is intended to be used with the Reaxys database. In the database, reagent
rdkit&python | 化学反应指纹应用于反应分类与相似性计算
ASKCOS博客
12-30 940
生成反应指纹 最终的指纹图是由产物和反应物的原子对指纹图的差值构成的，并通过计算物化性质将试剂包含在内 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import rdChemReactions from rdkit.Chem import DataStructs rxn1 = rdChemReactions.ReactionFromSmarts('CCCO>>CCC=O') rxn2 = rdChemReactions.ReactionFromSmarts(
indigo&python | 化学反应Atom–Atom Mapping
ASKCOS博客
07-09 979
indigo通用化学信息库 安装indigo方法 反应中心指的是在化学反应中，周围环境发发生了变化的原子，需要对这些原子进行编号 # 用indigo对反应中的原子做了mapping之后才能提取反应中心 from indigo import * indigo = Indigo() # time unit: milliseconds indigo.setOption("aam-timeout", 60000); def addMapID(rxnsmi): rxn = indigo.loadReac
chemoinformatics&python | 化学信息学软件包安装方法集合
ASKCOS博客
11-23 1369
在原有环境下使用pip和在conda里手动安装无作用 正确方式: conda install -c conda-forge rdkit
RDKit | RDKit分子结构图的详细说明
DrugAI
06-20 5392
二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。 RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。 导入模块和载入数据 首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem i...
indigo-grafana-dashboard:一个Indigo家庭自动化插件，用于使用InfluxDB构建Grafana仪表板
05-17
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发呆的比目鱼的博客
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Ubuntu安装ROS Indigo & Kinetic版本指南
- RViz可视化工具，帮助用户查看和交互ROS数据。 - Rqt图形界面工具集，提供多种ROS开发和调试工具。 - Rosbag数据记录和回放，方便数据收集和分析。 - Rosbridge，实现ROS系统与Web应用程序的交互。 - moveit!...
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